3bp8

Crystal structure of Mlc/EIIB complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative NAGC-like transcriptional regulator

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–406 链 B； UniProt 1–406	未记录	PTS system glucose-specific EIICB component × 2 （P69786） ACT ACETATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.301
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–406 链 B； UniProt 1–406	未记录	ACT ACETATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8X787_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–406； UniProt 1–406 作者链 B； PDB构建体 1–406； UniProt 1–406

PTS system glucose-specific EIICB component

Escherichia coli

UniProt P69786

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 401–475 链 D； UniProt 401–475	片段：UNP residues 401-475	Putative NAGC-like transcriptional regulator × 2 （Q8X787） ACT ACETATE ION × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.301
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 401–475	片段：UNP residues 401-475	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.301
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 401–475	片段：UNP residues 401-475	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；6% PEG 6K, 0.1M MgCl2, 0.1M sodium acetate, pH5.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3BP8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IBA GLUCOSE PERMEASE (DOMAIN IIB), NMR, 11 STRUCTURES 提交 1996-03-23	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 391–476（86 aa）片段：DOMAIN IIB	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1O2F COMPLEX OF ENZYME IIAGLC AND IIBGLC PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 2003-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 387–476（90 aa）	未记录	PO3 PHOSPHITE ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
3BP3 Crystal structure of EIIB 提交 2007-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–477（82 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
3BP3 Crystal structure of EIIB 提交 2007-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 396–477（82 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å R-free 0.241
8QSR Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward-facing conformation 提交 2023-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–477（477 aa）链 B 1–477（477 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.56 Å
8QST Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in the inward- and outward-facing conformation 提交 2023-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–477（477 aa）链 B 1–477（477 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
9HNP Cryo-EM structure of the glucose-specific PTS transporter IICB from E. coli in an intermediate state 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–477（477 aa）链 B 1–477（477 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTGCB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–75； UniProt 401–475 作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 401–475

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3bp8
沉积日期 deposition_date	2007-12-18
结构标题 title	Crystal structure of Mlc/EIIB complex
关键词 keywords	;enzyme, IICBGlc, glucose signaling, Mlc, protein-protein interaction, transcription regulation, Inner membrane, Kinase, Membrane, Phosphoprotein, Phosphotransferase system, Sugar transport, Transferase, Transmembrane, Transport, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.63 Å
零角强度 I(0) i0	151897000.00
分子量 molecular_weight	98968.0 kDa
排除体积 excluded_volume	124430 Å³
包络体积 envelope_volume	159980 Å³
水化壳体积 shell_volume	41434 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.78 Å
包络 Rg envelope_rg	32.64 Å
形状 Rg shape_rg	32.61 Å
总 Rg total_rg	33.18 Å
总原子数 total_atoms	6943
残基数 n_residues	911
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	151900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8146
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative NAGC-like transcriptional regulator
分子量 formula_weight	44339.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6943

MVAENQPGHIDQIKQTNAGAVYRLIDQLGPVSRIDLSRLAQLAPASITKIVREMLEAHLVQELEIKEAGNRGRPAVGLVVETEAWHYLSLRISRGEIFLALRDLSSKLVVEESQELALKDDSPLLDRIISHIDQFFIRHQKKLERLTSIAITLPGIIDTENGIVHRMPFYEDVKEMPLGEALEQHTGVPVYIQHDISAWTMAEALFGASRGARDVIQVVIDHNVGAGVITDGHLLHAGSSSLVEIGHTQVDPYGKRCYCGNHGCLETIASVDSILELAQLRLNQSMSSMLHGQPLTVDSLCQAALRGDLLAKDIITGVGAHVGRILAIMVNLFNPQKILIGSPLSKAADILFPVISDSIRQQALPAYSQHISVESTQFSNQGTMAGAALVKDAMYNGSLLIRLLQG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
宿主生物 host_organism	Escherichia Coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PTS system glucose-specific EIICB component
分子量 formula_weight	7760.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAPALVAAFGGKENITNLDACITRLRVSVADVSKVDQAGLKKLGAAGVVVAGSGVQAIFGTKSDNLKTEMDEYIR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
宿主生物 host_organism	Escherichia Coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3bp8a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.63 — ROK associated domain

结构域编号 domain_id	d3bp8a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.10 — ROK

结构域编号 domain_id	d3bp8a3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.10 — ROK

结构域编号 domain_id	d3bp8b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.63 — ROK associated domain

结构域编号 domain_id	d3bp8b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.10 — ROK

结构域编号 domain_id	d3bp8b3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.10 — ROK

结构域编号 domain_id	d3bp8c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.1 — Glucose permease domain IIB
家族 Family family	d.95.1.1 — Glucose permease domain IIB

结构域编号 domain_id	d3bp8d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.1 — Glucose permease domain IIB
家族 Family family	d.95.1.1 — Glucose permease domain IIB

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3bp8A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3bp8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3bp8A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3bp8B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3bp8B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3bp8B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	3bp8C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Glucose permease domain IIB

结构域编号 domain_id	3bp8D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Glucose permease domain IIB

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	201.427 Å
晶胞边长 b length_b	55.424 Å
晶胞边长 c length_c	82.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.3010

fit	/app/data/saxs_computation/bp/3bp8/3bp8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bp/3bp8/3bp8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bp/3bp8/3bp8.dat

Crystal structure of Mlc/EIIB complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative NAGC-like transcriptional regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PTS system glucose-specific EIICB component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)