3buk

Crystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurotrophin-3

Homo sapiens

UniProt P20783

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 × 2 (P07174) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NT3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–119; UniProt 139–257 作者链 B; PDB构建体 1–119; UniProt 139–257

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16

Rattus norvegicus

UniProt P07174

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Neurotrophin-3 × 2 (P20783) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNR16_RAT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–161; UniProt 29–189 作者链 D; PDB构建体 1–161; UniProt 29–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3buk
沉积日期 deposition_date2008-01-02
结构标题 titleCrystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex
关键词 keywords;Ligand-receptor complex, BETA-sheet, Neurotrophin-3, p75NTR, Cleavage on pair of basic residues, Glycoprotein, Growth factor, Secreted, Apoptosis, Developmental protein, Differentiation, Membrane, Neurogenesis, Transmembrane, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3buk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3buk__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3buk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.16 Å
Rg(电子密度)29.58 Å
总 Rg30.18 Å
原子数4108
残基数540
排除体积71286 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3buk__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd3buka_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.3 — Neurotrophin
结构域编号 domain_idd3bukb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.3 — Neurotrophin
结构域编号 domain_idd3bukc1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukc2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukc3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukc4
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukd1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukd2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukd3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like
结构域编号 domain_idd3bukd4
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamilyg.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family familyg.24.1.1 — TNF receptor-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3bukA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id3bukB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id3bukC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2
结构域编号 domain_id3bukC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2
结构域编号 domain_id3bukD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2
结构域编号 domain_id3bukD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2
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7. 引用文献 (1)