3bxk

Crystal structure of the P/Q-type calcium channel (CaV2.1) IQ domain and CA2+calmodulin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin

Rattus norvegicus

UniProt P62161

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–149 未记录 Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A peptide × 1 (O00555) CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.55 Å R-free 0.267
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–149 未记录 Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A peptide × 1 (O00555) CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.55 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–148; UniProt 2–149 作者链 C; PDB构建体 1–148; UniProt 2–149

Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A peptide

物种未注明

UniProt O00555

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1955–1975 未记录 Calmodulin × 1 (P62161) CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.55 Å R-free 0.267
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1955–1975 未记录 Calmodulin × 1 (P62161) CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.55 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–21; UniProt 1955–1975 作者链 D; PDB构建体 1–21; UniProt 1955–1975

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3bxk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3bxk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3bxk
沉积日期 deposition_date2008-01-14
结构标题 titleCrystal structure of the P/Q-type calcium channel (CaV2.1) IQ domain and CA2+calmodulin complex
关键词 keywords;ION CHANNEL, CALMODULIN, CALCIUM CHANNEL, IQ DOMAIN, FACILLITATION, INACTIVATION, CALCIUM-DEPENDENT, VOLTAGE-GATED, ROBETTA, SIMULATIONS; Acetylation, Methylation, Phosphoprotein, Calcium transport, Glycoprotein, Ion transport, Ionic channel, Membrane, Transmembrane, Transport, Voltage-gated channel, MEMBRANE PROTEIN, SIGNALING PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN, SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.60
零角强度 I(0) i025428100.00
分子量 molecular_weight36516.0 kDa
排除体积 excluded_volume44740 ų
包络体积 envelope_volume56148 ų
水化壳体积 shell_volume21389 ų
包络直径 envelope_diameter75.0
壳层 Rg shell_rg28.63
包络 Rg envelope_rg22.46
形状 Rg shape_rg22.59
总 Rg total_rg23.37
总原子数 total_atoms2531
残基数 n_residues315
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.0
Rg (实空间) rg_real23.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real2.5430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25430000.0000
解质量估计 total_estimate0.9006
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.7
偏度 Skewness skewness0.281
峰度 Kurtosis kurtosis-0.531
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5439000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3bxka_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd3bxkc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3bxkA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id3bxkC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)