3c5g

Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase lambda

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 242–575	片段：DNA binding region 突变：R517K	;DNA (5'-D(DCPDGPDGPDCPDAPDAPDTPDAPDCPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDAPDGPDTPDAP(2DT))-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDCPDCPDG)-3') ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T* 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 242–575	片段：DNA binding region 突变：R517K	;DNA (5'-D(DCPDGPDGPDCPDAPDAPDTPDAPDCPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDAPDGPDTPDAP(2DT))-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDCPDCPDG)-3') ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T* 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3C5G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NZP Solution Structure of the Lyase Domain of Human DNA Polymerase Lambda 提交 2003-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–327（86 aa）片段：POLYMERASE LAMBDA LYASE DOMAIN(RESIDUES 242 - 327)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）5mM Tris, 100mM NaCl, 5mM NaN3；压力 ambient NMR样品组成 2mM pol lambda 8 kDa domain U-15N,13C; 5mM Tris-d11; 100mM NaCl; 1mM DTT; 5mM NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 245–575（331 aa）片段：catalytic domain of polymerase lambda	突变：residues 245-575	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 245–575（331 aa）片段：catalytic domain of polymerase lambda	突变：residues 245-575	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 245–575（331 aa）片段：catalytic domain of polymerase lambda	突变：residues 245-575	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 245–575（331 aa）片段：catalytic domain of polymerase lambda	突变：residues 245-575	NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：39 kDa catalytic C-terminal domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 242–575（334 aa）片段：39 kDa catalytic C-terminal domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 242–575（334 aa）片段：39 kDa catalytic C-terminal domain	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 242–575（334 aa）片段：39 kDa catalytic C-terminal domain	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSN Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap and ddTTP 提交 2004-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：39 kDa catalytic C-terminal domain	突变：C543A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium Citrate, 2-propanol, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
1XSP Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with nicked DNA and pyrophosphate 提交 2004-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：39 kDa catalytic C-terminal domain	突变：C543A	NA SODIUM ION × 4 PPV PYROPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；2-propanol, sodium citrate, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
2BCQ DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Dtmp 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.230
2BCR DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Damp 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.231
2BCS DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Dcmp 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
2BCU DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Damp and a T:T mismatch 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2BCV DNA polymerase lambda in complex with Dttp and a DNA duplex containing an unpaired Dtmp 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 CAC CACODYLATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2JW5 Polymerase Lambda BRCT domain 提交 2007-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–135（102 aa）片段：BRCT domain (residues 34-135)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0.075；压力 ambient NMR样品组成 10 uM DSS, 25 mM TRIS, 75 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 uM DSS, 25 mM TRIS, 75 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PFN Na in the active site of DNA Polymerase lambda 提交 2007-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	NA SODIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
2PFO DNA Polymerase lambda in complex with DNA and dUPNPP 提交 2007-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 4 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
2PFP DNA Polymerase lambda in complex with DNA and dCTP 提交 2007-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	NA SODIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.10 Å R-free 0.245
2PFQ Manganese promotes catalysis in a DNA polymerase lambda-DNA crystal 提交 2007-04-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.10 Å R-free 0.287
3C5F Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant 提交 2008-01-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：DNA binding region	突变：R517A	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.263
3C5F Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant 提交 2008-01-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 242–575（334 aa）片段：DNA binding region	突变：R517A	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.263
3HW8 ternary complex of DNA polymerase lambda of a two nucleotide gapped DNA substrate with a C in the scrunch site 提交 2009-06-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575, 39 kDa catalytic domain	突变：C543A	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
3HWT Ternary complex of DNA polymerase lambda bound to a two nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：C543A	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；19% 2-propanol, ).1 M Na Cacodylate, pH 5.5, Na Citrate 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.261
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain	突变：L277A, H511A, R514A ,C543A	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 F 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain	突变：L277A, H511A, R514A ,C543A	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 K 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain	突变：L277A, H511A, R514A ,C543A	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 P 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain	突变：L277A, H511A, R514A ,C543A	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3MDA DNA polymerase lambda in complex with araC 提交 2010-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 252–575（324 aa）	未记录	PPV PYROPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.03 Å R-free 0.259
3MDC DNA polymerase lambda in complex with dFdCTP 提交 2010-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 252–575（324 aa）	未记录	GTF 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 1 NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
3MGH Binary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda 链 A 472–575（104 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；2-propanol, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
3MGH Binary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 242–462（221 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda 链 C 472–575（104 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；2-propanol, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
3MGI Ternary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda 链 A 472–575（104 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET	D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
3PML crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T 提交 2010-11-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
3PML crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T 提交 2010-11-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
3PMN ternary crystal structure of polymerase lambda variant with a GT mispair at the primer terminus with Mn2+ in the active site 提交 2010-11-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2M formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
3PNC Ternary crystal structure of a polymerase lambda variant with a GT mispair at the primer terminus and sodium at catalytic metal site 提交 2010-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；277 K；2M formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
3UPQ Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of polymerase lambda with an rATP analog opposite a templating T. 提交 2011-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET	ZAN 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Na HEPES pH 7.5, 1.0M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.244
3UQ0 Crystal structure of the post-catalytic product complex of polymerase lambda with an rAMP at the primer terminus. 提交 2011-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET	NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Na HEPES pH 7.5, 1.0M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.14 Å R-free 0.239
3UQ2 Crystal structure of the post-catalytic product complex of polymerase lambda with an rCMP inserted opposite a templating G and dAMP inserted opposite a templating T at the primer terminus. 提交 2011-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET	PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；170mM ammonium acetate, 85mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.254
4FO6 Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of polymerase lambda with a dATP analog opposite a templating T and an rCMP at the primer terminus. 提交 2012-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric	链 A 242–575（334 aa）片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda	突变：SQEENGQQQ to KGET	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 F2A 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES pH 6.5, 9%(v/v) PEG400, 100mM KCL, 10mM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.01 Å R-free 0.231
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 245–575（331 aa）	未记录	1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 245–575（331 aa）	未记录	1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 245–575（331 aa）	未记录	1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 245–575（331 aa）	未记录	1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 245–575（331 aa）	未记录	1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 7 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 245–575（331 aa）	未记录	1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 245–575（331 aa）	未记录	1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 245–575（331 aa）	未记录	1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 245–575（331 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 7 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 245–575（331 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 245–575（331 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 245–575（331 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4X5V Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating A and incorporated 8-oxo-dGMP 提交 2014-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 251–575（325 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6 and 1 M ammonium phosphate monobasic	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4XA5 Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating A and an incoming 8-oxo-dGTP 提交 2014-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 251–575（325 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	8DG 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 7.4 and 1.9 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
4XQ8 Human DNA polymerase lambda- MgdATP binary complex and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES-Sodium, 0.1 M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.80 Å R-free 0.240
4XQ8 Human DNA polymerase lambda- MgdATP binary complex and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES-Sodium, 0.1 M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.80 Å R-free 0.240
4XRH Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 3.00 Å R-free 0.251
4XRH Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 3.00 Å R-free 0.251
4XUS Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating A and an incoming dTTP 提交 2015-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 251–575（325 aa）片段：UNP residues 251-575	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium acetate trihydrate 2.0 M sodium formate	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
5CA7 Human DNA polymerase lambda- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.52 Å R-free 0.246
5CA7 Human DNA polymerase lambda- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.52 Å R-free 0.246
5CB1 Apo enzyme of human Polymerase lambda 提交 2015-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 250–575（326 aa）片段：UNP residues 250-575	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.264
5CB1 Apo enzyme of human Polymerase lambda 提交 2015-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 250–575（326 aa）片段：UNP residues 250-575	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride	分辨率 3.30 Å R-free 0.264
5CHG Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
5CHG Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
5CJ7 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
5CJ7 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
5CP2 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.36 Å R-free 0.238
5CP2 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.36 Å R-free 0.238
5CR0 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdCTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.75 Å R-free 0.281
5CR0 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdCTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	突变：L431A	MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.75 Å R-free 0.281
5CWR Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP 提交 2015-07-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 250–575（326 aa）片段：UNP residues 250-575	突变：L431A	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5CWR Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP 提交 2015-07-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 250–575（326 aa）片段：UNP residues 250-575	突变：L431A	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5DDM Human DNA polymerase lambda- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.80 Å R-free 0.239
5DDM Human DNA polymerase lambda- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate	分辨率 2.80 Å R-free 0.239
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride	分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride	分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride	分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 242–575（334 aa）片段：UNP residues 242-575	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride	分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DKW Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active 提交 2015-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 249–575（327 aa）片段：UNP residues 249-575	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent	分辨率 2.69 Å R-free 0.233
5DKW Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active 提交 2015-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 249–575（327 aa）片段：UNP residues 249-575	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent	分辨率 2.69 Å R-free 0.233
5III Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and an incoming dATP 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
5IIJ Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and an incoming dCTP 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 7.0 and 1.0 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.72 Å R-free 0.224
5IIK Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and incorporated dC 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 2-7% PEG 4000	分辨率 1.98 Å R-free 0.238
5IIL Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and incorporated dA 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000	分辨率 1.96 Å R-free 0.217
5IIM Crystal structure of the pre-catalytic ternary extension complex of DNA polymerase lambda with an 8-oxo-dG:dA base-pair 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000	分辨率 1.94 Å R-free 0.216
5IIN Crystal structure of the pre-catalytic ternary extension complex of DNA polymerase lambda with an 8-oxo-dG:dC base-pair 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000	分辨率 2.15 Å R-free 0.231
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400	分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400	分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400	分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 242–575（334 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400	分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5W4G Importin binding to NLS peptide of DNA polymerase lambda 提交 2017-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–32（29 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis Tris Propane 1.4 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.04 Å R-free 0.200
7M07 Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；37.5mM Na cacodylate pH 6.5, 150mM KCl, 75mM magnesium acetate, 7.5% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.57 Å R-free 0.188
7M08 Post-catalytic nicked complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；37.5mM Na cacodylate pH 6.5, 150mM KCl, 75mM magnesium acetate, 7.5% (w/v) PEG8000	分辨率 1.70 Å R-free 0.209
7M09 Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with blunt-ended DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；80mM Na cacodylate pH 6.5, 0.16mM calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol	分辨率 1.65 Å R-free 0.186
7M0A Incomplete in crystallo incorporation by DNA Polymerase Lambda bound to blunt-ended DSB substrate and incoming dTTP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；80mM Na cacodylate pH 6.5, 0.16M calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol	分辨率 1.83 Å R-free 0.193
7M0B Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound mismatched DSB and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；76.5mM Na cacodylate pH 6.5, 0.153M ammonium sulfate, 22.95% (w/v) PEG8000, 13.5% (v/v) glycerol, 0.2M NDSB-201	分辨率 2.00 Å R-free 0.200
7M0C Post-catalytic nicked complex of DNA Polymerase Lambda with bound mismatched DSB substrate 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；76.5mM Na cacodylate pH 6.5, 0.153M ammonium sulfate, 22.95% (w/v) PEG 8000, 13.5% (v/v) glycerol, 0.2M NDSB-201	分辨率 2.65 Å R-free 0.229
7M0D Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
7M0D Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 234–575（342 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 232–575（344 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 232–575（344 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 232–575（344 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 232–575（344 aa）	未记录	DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M43 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：Loop1, C543A	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 5 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.98 Å R-free 0.231
7M44 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 90 sec 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
7M45 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 120 sec 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	PPV PYROPHOSPHATE × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.89 Å R-free 0.242
7M46 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 5 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PPV PYROPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.92 Å R-free 0.216
7M47 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.65 Å R-free 0.208
7M48 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 OXL OXALATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.93 Å R-free 0.220
7M49 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Reaction State Ternary Complex, 5 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	NA SODIUM ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.60 Å R-free 0.216
7M4A DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 20 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	PPV PYROPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.87 Å R-free 0.220
7M4B DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：loop1, C543A	MN MANGANESE (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.66 Å R-free 0.202
7M4C DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	PPV PYROPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
7M4D DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.82 Å R-free 0.254
7M4E DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 120 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.90 Å R-free 0.233
7M4F DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 300 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.95 Å R-free 0.241
7M4G DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.88 Å R-free 0.239
7M4H DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Reaction State Ternary Complex, 225 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.92 Å R-free 0.228
7M4I DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 420 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7M4J DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 2.38 Å R-free 0.261
7M4K DNA Polymerase Lambda, TTPaS:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 YQS [[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.72 Å R-free 0.227
7M4L DNA Polymerase Lambda, TTPaS:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
7UN7 DNA Polymerase lambda in complex with a 1nt microhomology substrate 提交 2022-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 242–575（334 aa）	突变：C543A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG	分辨率 2.04 Å R-free 0.247
8U0O Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a DNA double-strand break containing an unpaired 3' primer terminus 提交 2023-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 234–575（342 aa）	突变：Ser463-Gln471 deletion and replacement with KGET	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M ADA pH 6.5, 1 M ammonium phosphate dibasic	分辨率 2.05 Å R-free 0.259
8U0P Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a noncomplementary DNA double-strand break 提交 2023-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 234–464（231 aa）链 A 472–575（104 aa）	突变：Glu465-Gln471 deletion and replacement with single glycine 突变：Glu465-Gln471 deletion and replacement with single glycine	MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；85 mM Na cacodylate pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5 % (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
9EWB DNA Polymerase Lambda I493R, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）链 A 472–575（104 aa）	突变：I493R 突变：I493R	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7,5, 300 mM Na-K tartrate, 22,5% PEG Smear high	分辨率 2.32 Å R-free 0.225
9EWC DNA Polymerase Lambda I493R 528-530 NEY, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）链 A 472–575（104 aa）	突变：I493R,[528-530] NEY 突变：I493R,[528-530] NEY	NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7.5 300 mM Na-K tartrate 20% PEG 1000	分辨率 3.67 Å R-free 0.293
9EWC DNA Polymerase Lambda I493R 528-530 NEY, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 242–462（221 aa）链 C 472–575（104 aa）	突变：I493R,[528-530] NEY 突变：I493R,[528-530] NEY	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7.5 300 mM Na-K tartrate 20% PEG 1000	分辨率 3.67 Å R-free 0.293
9EWD DNA Polymerase Lambda I493K E529D, TMP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）链 A 472–575（104 aa）	未记录	TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5 300 mM Na-K tartrate 20% PEG 20K	分辨率 2.12 Å R-free 0.245
9EWE DNA Polymerase Lambda I493K, E529D, Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）链 A 472–575（104 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5 300 mM Na-K tartrate 14% PEG 10K	分辨率 3.04 Å R-free 0.279
9EWG DNA Polymerase Lambda I493K, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 242–462（221 aa）链 A 472–575（104 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5 300 mM Na-K tartrate 17.5% PEG 20K 10 mM praseodyme acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 F 1–575（575 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.63 Å
9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
9NPU Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate containing template ribonucleotide opposite primer terminus, and incoming dUMPNPP 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 234–575（342 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；68 mM Na cacodylate pH 6.5, 20.4% (w/v) PEG8000, 136 mM ammonium sulfate, 12% (v/v) glycerol	分辨率 1.63 Å R-free 0.199

共 95 个其他 PDB 条目、141 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–335； UniProt 242–575 作者链 B； PDB构建体 2–335； UniProt 242–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c5g
沉积日期 deposition_date	2008-01-31
结构标题 title	Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant
关键词 keywords	;helix-hairpin-helix, DNA damage, DNA repair, DNA replication, DNA synthesis, DNA-binding, DNA-directed DNA polymerase, Lyase, Manganese, Metal-binding, Nucleotidyltransferase, Nucleus, Phosphoprotein, Transferase, Transferase/DNA, Lyase-DNA COMPLEX, Transferase-DNA ;; Transferase/DNA, Lyase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.29 Å
零角强度 I(0) i0	145978000.00
分子量 molecular_weight	86273.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103830 Å³
包络体积 envelope_volume	134520 Å³
水化壳体积 shell_volume	37760 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.84 Å
包络 Rg envelope_rg	30.03 Å
形状 Rg shape_rg	30.32 Å
总 Rg total_rg	30.73 Å
总原子数 total_atoms	6005
残基数 n_residues	693
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8844
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.385
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.923

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase lambda
分子量 formula_weight	37451.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7, 4.2.99.-
突变 mutation	R517K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6914

MAQPSSQKATNHNLHITEKLEVLAKAYSVQGDKWRALGYAKAINALKSFHKPVTSYQEACSIPGIGKRMAEKIIEILESGHLRKLDHISESVPVLELFSNIWGAGTKTAQMWYQQGFRSLEDIRSQASLTTQQAIGLKHYSDFLERMPREEATEIEQTVQKAAQAFNSGLLCVACGSYRRGKATCGDVDVLITHPDGRSHRGIFSRLLDSLRQEGFLTDDLVSQEENGQQQKYLGVCRLPGPGRRHRRLDIIVVPYSEFACALLYFTGSAHFNRSMKALAKTKGMSLSEHALSTAVVRNTHGCKVGPGRVLPTPTEKDVFRLLGLPYREPAERDW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDGPDGPDCPDAPDAPDTPDAPDCPDTP*DG)-3') ;
分子量 formula_weight	3358.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T,U

CGGCAATACTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDAPDGPDTPDAP(2DT))-3') ;
分子量 formula_weight	1792.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,Q

CAGTAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDCPDCPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	1191.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E

GCCG

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	466.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	838

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3c5ga1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.6 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
家族 Family family	a.60.6.1 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3c5ga2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.12 — PsbU/PolX domain-like
家族 Family family	a.60.12.1 — DNA polymerase beta-like, second domain

结构域编号 domain_id	d3c5ga3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.2 — DNA polymerase beta-like

结构域编号 domain_id	d3c5gb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.6 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
家族 Family family	a.60.6.1 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d3c5gb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.12 — PsbU/PolX domain-like
家族 Family family	a.60.12.1 — DNA polymerase beta-like, second domain

结构域编号 domain_id	d3c5gb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.218 — Nucleotidyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	d.218.1 — Nucleotidyltransferase
家族 Family family	d.218.1.2 — DNA polymerase beta-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3c5gA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	3c5gA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3c5gA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3c5gA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	3c5gB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	3c5gB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	3c5gB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3c5gB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.335 Å
晶胞边长 b length_b	150.819 Å
晶胞边长 c length_c	85.822 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2360

fit	/app/data/saxs_computation/c5/3c5g/3c5g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/3c5g/3c5g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/3c5g/3c5g.dat

Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase lambda

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)