SAXSdb — 3c6d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyprotein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric（360）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–675 链 B； UniProt 281–675 链 C； UniProt 281–675	未记录	prM × 180 （P14337）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–675 链 B； UniProt 281–675 链 C； UniProt 281–675	未记录	prM × 3 （P14337）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–675 链 B； UniProt 281–675 链 C； UniProt 281–675	未记录	prM × 15 （P14337）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–675 链 B； UniProt 281–675 链 C； UniProt 281–675	未记录	prM × 18 （P14337）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–675 链 B； UniProt 281–675 链 C； UniProt 281–675	未记录	prM × 3 （P14337）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3C6D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3IXY The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53 提交 2009-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-MERIC	链 A 281–675（395 aa）链 B 281–675（395 aa）链 C 281–675（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.；冷冻剂 ETHANE	分辨率 23.00 Å
3IXY The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53 提交 2009-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 281–675（395 aa）链 B 281–675（395 aa）链 C 281–675（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.；冷冻剂 ETHANE	分辨率 23.00 Å
3IXY The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53 提交 2009-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：50-meric	链 A 281–675（395 aa）链 B 281–675（395 aa）链 C 281–675（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.；冷冻剂 ETHANE	分辨率 23.00 Å
3IXY The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53 提交 2009-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 281–675（395 aa）链 B 281–675（395 aa）链 C 281–675（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.；冷冻剂 ETHANE	分辨率 23.00 Å
3IXY The pseudo-atomic structure of dengue immature virus in complex with Fab fragments of the anti-fusion loop antibody E53 提交 2009-02-26	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 281–675（395 aa）链 B 281–675（395 aa）链 C 281–675（395 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope.；冷冻剂 ETHANE	分辨率 23.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
6ZQU Cryo-EM structure of mature Dengue virus 2 at 3.1 angstrom resolution 提交 2020-07-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 B 206–280（75 aa）链 D 206–280（75 aa）链 F 206–280（75 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 360	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O11875_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 281–675 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 281–675 作者链 C； PDB构建体 1–395； UniProt 281–675

prM

物种未注明

UniProt P14337

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric（360）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 115–195 链 E； UniProt 115–195 链 F； UniProt 115–195	未记录	Polyprotein × 180 （O11875）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 115–195 链 E； UniProt 115–195 链 F； UniProt 115–195	未记录	Polyprotein × 3 （O11875）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 115–195 链 E； UniProt 115–195 链 F； UniProt 115–195	未记录	Polyprotein × 15 （O11875）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 115–195 链 E； UniProt 115–195 链 F； UniProt 115–195	未记录	Polyprotein × 18 （O11875）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 115–195 链 E； UniProt 115–195 链 F； UniProt 115–195	未记录	Polyprotein × 3 （O11875）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3C6D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9T4P Dengue 2 Virus NS2B-NS3 protease fusion protein with crystal epitope mutation K174Q 提交 2025-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1394–1440（47 aa）链 A 1476–1660（185 aa）	突变：K174Q 突变：K174Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；LFS Eco well C09 0.1M HEPES pH 7, 0.2M Lithium chloride, 20% w/v PEG 6000, 10% v/v Ethylene glycol	分辨率 1.95 Å R-free 0.294

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_DEN28
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–81； UniProt 115–195 作者链 E； PDB构建体 1–81； UniProt 115–195 作者链 F； PDB构建体 1–81； UniProt 115–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3c6d
沉积日期 deposition_date	2008-02-04
结构标题 title	The pseudo-atomic structure of dengue immature virus
关键词 keywords	;icosahedral virion, Helicase, Hydrolase, Nucleotide-binding, RNA replication, Transmembrane, ATP-binding, Capsid protein, Cleavage on pair of basic residues, Endoplasmic reticulum, Envelope protein, Glycoprotein, Metal-binding, Multifunctional enzyme, Nucleotidyltransferase, Nucleus, Phosphoprotein, Protease, Ribonucleoprotein, RNA-binding, RNA-directed RNA polymerase, Secreted, Serine protease, Transcription, Transcription regulation, Transferase, Viral nucleoprotein, icosahedral virus, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.68 Å
零角强度 I(0) i0	369306000.00
分子量 molecular_weight	157790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	192350 Å³
包络体积 envelope_volume	219360 Å³
水化壳体积 shell_volume	37274 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.37 Å
包络 Rg envelope_rg	50.84 Å
形状 Rg shape_rg	55.78 Å
总 Rg total_rg	55.56 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	179.9 Å
Rg (实空间) rg_real	55.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	369300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8616
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	83.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.002
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.803
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	9039000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.783

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

分辨率 resolution	12.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2741

描述 description	Polyprotein
分子量 formula_weight	43904.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	1413

描述 description	prM
分子量 formula_weight	9261.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

The pseudo-atomic structure of dengue immature virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

prM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/c6/3c6d/3c6d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c6/3c6d/3c6d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c6/3c6d/3c6d.dat