3cda

Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;(3R,5R)-7-{3-(4-fluorophenyl)-1-(1-methylethyl)-4-phenyl-5-[(4-sulfamoylphenyl)carbamoyl]-1H-pyrrol-2-yl}-3,5-dihydroxyheptanoic acid ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMDH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–441； UniProt 441–875 作者链 B； PDB构建体 7–441； UniProt 441–875 作者链 C； PDB构建体 7–441； UniProt 441–875 作者链 D； PDB构建体 7–441； UniProt 441–875

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cda
沉积日期 deposition_date	2008-02-26
结构标题 title	Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS, HMG-COA, NADPH, STATIN, Alternative splicing, Endoplasmic reticulum, Glycoprotein, Lipid synthesis, Membrane, Peroxisome, Polymorphism, Steroid biosynthesis, Transmembrane ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cda__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cda__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cda__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.93 Å
Rg（电子密度）	34.57 Å
总 Rg	34.96 Å
原子数	12478
残基数	1655
排除体积	222850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cda__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
分子量 formula_weight	47479.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.34
突变 mutation	M485I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12971

HHHHHHEPRPNEECLQILGNAEKGAKFLSDAEIIQLVNAKHIPAYKLETLIETHERGVSIRRQLLSKKLSEPSSLQYLPYRDYNYSLVMGACCENVIGYMPIPVGVAGPLCLDEKEFQVPMATTEGCLVASTNRGCRAIGLGGGASSRVLADGMTRGPVVRLPRACDSAEVKAWLETSEGFAVIKEAFDSTSRFARLQKLHTSIAGRNLYIRFQSRSGDAMGMNMISKGTEKALSKLHEYFPEMQILAVSGNYCTDKKPAAINWIEGRGKSVVCEAVIPAKVVREVLKTTTEAMIEVNINKNLVGSAMAGSIGGYNAHAANIVTAIYIACGQDAAQNVGSSNCITLMEASGPTNEDLYISCTMPSIEIGTVGGGTNLLPQQACLQMLGVQGACKDNPGENARQLARIVCGTVMAGELSLMAALAAGHLVKSHMIHNRSKIN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(3R,5R)-7-{3-(4-fluorophenyl)-1-(1-methylethyl)-4-phenyl-5-[(4-sulfamoylphenyl)carbamoyl]-1H-pyrrol-2-yl}-3,5-dihydroxyheptanoic acid ;
分子量 formula_weight	637.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	493

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3cdaA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3270 — HMGR, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HMGR, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cdaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	770 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	3cdaA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain

结构域编号 domain_id	3cdaB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3270 — HMGR, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HMGR, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cdaB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	770 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	3cdaB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain

结构域编号 domain_id	3cdaC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3270 — HMGR, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HMGR, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cdaC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	770 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	3cdaC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain

结构域编号 domain_id	3cdaD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3270 — HMGR, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HMGR, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cdaD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	770 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A Reductase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	3cdaD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain

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晶胞边长 a length_a	72.611 Å
晶胞边长 b length_b	172.249 Å
晶胞边长 c length_c	75.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2570

Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cda__assembly_1__model_1

3cda__assembly_1__model_1 | I(q)

3cda__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Thermodynamic and structure guided design of statin hmg-coa reductase inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cda__assembly_1__model_1

3cda__assembly_1__model_1 | I(q)

3cda__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)