3cep

Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase beta chain × 2 （P0A2K1） SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 INDOLINE × 4 CESIUM ION × 6 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 3-hydroxy-2-iminopropanoic acid × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPA_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

Tryptophan synthase beta chain

Salmonella typhimurium

UniProt P0A2K1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase alpha chain × 2 （P00929） SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 INDOLINE × 4 CESIUM ION × 6 PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 3-hydroxy-2-iminopropanoic acid × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPB_SALTY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–396； UniProt 2–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cep
沉积日期 deposition_date	2008-02-29
结构标题 title	Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate
关键词 keywords	;LYASE, CARBON-OXYGEN LYASE, TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS, Allosteric enzyme, Amino-acid biosynthesis, Aromatic amino acid biosynthesis, Pyridoxal phosphate ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cep__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cep__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.93 Å
Rg（电子密度）	39.26 Å
总 Rg	39.14 Å
原子数	9976
残基数	1318
排除体积	178140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cep__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan synthase alpha chain
分子量 formula_weight	28698.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5266

MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tryptophan synthase beta chain
分子量 formula_weight	42787.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TTLLNPYFGEFGGMYVPQILMPALNQLEEAFVSAQKDPEFQAQFADLLKNYAGRPTALTKCQNITAGTRTTLYLKREDLLHGGAHKTNQVLGQALLAKRMGKSEIIAETGAGQHGVASALASALLGLKCRIYMGAKDVERQSPNVFRMRLMGAEVIPVHSGSATLKDACNEALRDWSGSYETAHYMLGTAAGPHPYPTIVREFQRMIGEETKAQILDKEGRLPDAVIACVGGGSNAIGMFADFINDTSVGLIGVEPGGHGIETGEHGAPLKHGRVGIYFGMKAPMMQTADGQIEESYSISAGLDFPSVGPQHAYLNSIGRADYVSITDDEALEAFKTLCRHEGIIPALESSHALAHALKMMREQPEKEQLLVVNLSGRGDKDIFTVHDILKARGEI

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	172.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	INDOLINE
分子量 formula_weight	119.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CESIUM ION
分子量 formula_weight	132.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3-hydroxy-2-iminopropanoic acid
分子量 formula_weight	103.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	278

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3cepa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d3cepb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3cepA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3cepB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	3cepB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

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晶胞边长 a length_a	184.024 Å
晶胞边长 b length_b	58.908 Å
晶胞边长 c length_c	67.086 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	23.700 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2384

Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tryptophan synthase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cep__assembly_1__model_1

3cep__assembly_1__model_1 | I(q)

3cep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tryptophan synthase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cep__assembly_1__model_1

3cep__assembly_1__model_1 | I(q)

3cep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)