3ci5

Complex of Phosphorylated Dictyostelium Discoideum Actin with Gelsolin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major actin

物种未注明

UniProt P07830

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–376 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Gelsolin × 1 (P06396) MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 10 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 1.7M Li2SO4, 2mM ATP, 1mM EDTA, 10% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.191
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–376 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Gelsolin × 2 (P06396) MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 20 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 10 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 1.7M Li2SO4, 2mM ATP, 1mM EDTA, 10% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACT1_DICDI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–375; UniProt 2–376

Gelsolin

Homo sapiens

UniProt P06396

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 52–176 片段:Gelsolin Segment 1 (UNP residues 52-176) Major actin × 1 (P07830) MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 10 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 5 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 1.7M Li2SO4, 2mM ATP, 1mM EDTA, 10% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.191
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 52–176 片段:Gelsolin Segment 1 (UNP residues 52-176) Major actin × 2 (P07830) MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 20 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 10 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;0.1M HEPES, 1.7M Li2SO4, 2mM ATP, 1mM EDTA, 10% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、93 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GELS_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 2–126; UniProt 52–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ci5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ci5
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ci5
沉积日期 deposition_date2008-03-10
结构标题 titleComplex of Phosphorylated Dictyostelium Discoideum Actin with Gelsolin
关键词 keywords;Actin, Gelsolin, Dictyostelium discoideum, Phosphorylated Tyrosine, Actin-Associated Protein, Methyl Histidine, ATP-binding, Cytoskeleton, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Structural protein, Actin capping, Actin-binding, Alternative initiation, Amyloid, Disease mutation, Secreted ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.38
零角强度 I(0) i057281000.00
分子量 molecular_weight57182.0 kDa
排除体积 excluded_volume70734 ų
包络体积 envelope_volume84104 ų
水化壳体积 shell_volume28629 ų
包络直径 envelope_diameter87.8
壳层 Rg shell_rg31.84
包络 Rg envelope_rg24.84
形状 Rg shape_rg24.39
总 Rg total_rg25.14
总原子数 total_atoms3996
残基数 n_residues492
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1
Rg (实空间) rg_real25.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real5.7280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57280000.0000
解质量估计 total_estimate0.6848
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4
偏度 Skewness skewness0.320
峰度 Kurtosis kurtosis-0.299
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14190000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.120; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3ci5a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3ci5a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd3ci5g2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.109 — Gelsolin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.109.1 — Actin depolymerizing proteins
家族 Family familyd.109.1.1 — Gelsolin-like
结构域编号 domain_idd3ci5g3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3ci5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ci5A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id3ci5A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id3ci5G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Severin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)