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3cr9

Crystal structure of the complex of Lactoferrin with 6-(Hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactotransferrin

物种未注明

UniProt O77811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–695 未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；50mM Tris, pH 8, 21% Ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.49 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3CR9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B1X STRUCTURE OF DIFERRIC MARE LACTOFERRIN AT 2.62A RESOLUTION 提交 1998-11-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–695（689 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；40MG/ML PROTEIN IN 10MM TRIS HCL, PH 8.5, MICRODIALYSED AGA AT 6 DEGREES CELSIUS
分辨率 2.62 Å R-free 0.264
1B7U Structure of Mare Apolactoferrin: the N and C Lobes are in the Closed Form 提交 1999-01-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–695（689 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
1B7Z STRUCTURE OF OXALATE SUBSTITUTED DIFERRIC MARE LACTOFERRIN FROM COLOSTRUM 提交 1999-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–695（689 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 OXL OXALATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30 MG/ML PROTEIN IN 0.025M TRIS-HCL DIALYZED AGAINST SAME BUFFER MADE AS 10% (V/V) ETHANOL AT PH 8.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.274
1F9B MELANIN PROTEIN INTERACTION: X-RAY STRUCTURE OF THE COMPLEX OF MARE LACTOFERRIN WITH MELANIN MONOMERS 提交 2000-07-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–695（695 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 2 BCT BICARBONATE ION × 2 3ID 3H-INDOLE-5,6-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 5；277 K；20mM Tris-Hcl, pH 5.0 concentration 50 mg/ml 10% ethanol soaked for 12hours in buffer containing DOPA, MICRODIALYSIS, temperature 4K
分辨率 2.70 Å R-free 0.287
1I6B STRUCTURE OF EQUINE APOLACTOFERRIN AT 3.2 A RESOLUTION USING CRYSTALS GROWN AT 303K 提交 2001-03-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–695（689 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 8；303 K；ethanol, pH 8.0, MICRODIALYSIS, temperature 303K
分辨率 3.20 Å R-free 0.291
1QJM Crystal Structure of a Complex of Lactoferrin with a Lanthanide Ion (SM3+) at 3.4 Angstrom Resolution 提交 1999-06-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–695（689 aa）
未记录 SM SAMARIUM (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；PROTEIN SOLUTION WITH A CONCENTRATION OF 40MG/ML IN 0.025M TRIS-HCL WAS EQUILIBRATED AGAINST THE SAME BUFFER CONTAINING 10% (V/V) ETHANOL AT PH 8.0 AT 4 DEGREE.
分辨率 3.40 Å R-free 0.316

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRFL_HORSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–689； UniProt 7–695

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3cr9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3cr9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cr9
沉积日期 deposition_date2008-04-05
结构标题 titleCrystal structure of the complex of Lactoferrin with 6-(Hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 A resolution
关键词 keywords;IRON BINDING PROTEIN, LACTOFERRIN, ANTIBACTERIAL, 6-(HYDROXYMETHYL)OXANE-2, 3, 4, 5-tetrol, Glycoprotein, Hydrolase, Metal Binding Protein, Ion transport, Iron, Iron transport, Metal-binding, Protease, Secreted, Serine protease, Transport, ANTIBIOTIC ;; ANTIBIOTIC
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.48 Å
零角强度 I(0) i098359000.00
分子量 molecular_weight75576.0 kDa
排除体积 excluded_volume93524 ų
包络体积 envelope_volume117220 ų
水化壳体积 shell_volume33512 ų
包络直径 envelope_diameter100.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.30 Å
包络 Rg envelope_rg29.23 Å
形状 Rg shape_rg29.46 Å
总 Rg total_rg30.15 Å
总原子数 total_atoms5295
残基数 n_residues689
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.0 Å
Rg (实空间) rg_real30.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real9.8360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal98360000.0000
解质量估计 total_estimate0.8933
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.9 Å
偏度 Skewness skewness0.313
峰度 Kurtosis kurtosis-0.623
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24080000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.934
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3cr9a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.2 — Transferrin
结构域编号 domain_idd3cr9a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.2 — Transferrin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3cr9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3cr9A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3cr9A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3cr9A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)