SAXSdb — 3cup

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–205	未记录	MHC class II H2-IA-beta chain linked to GAD221-235 peptide × 1 （Q6LDA5,Q31135） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；295 K；0.1M Hepes pH 7.5, 28% PEG 8000, 2% Jeffamine 900, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 7.50	分辨率 3.09 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ES0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MURINE CLASS II ALLELE I-A(G7) COMPLEXED WITH THE GLUTAMIC ACID DECARBOXYLASE (GAD65) PEPTIDE 207-220 提交 2000-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–205（182 aa）片段：ALPHA CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16-18% PEG 4000, 0.2 M LICL (PH 6.6), 1% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1F3J HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN I-AG7 提交 2000-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–208（182 aa）片段：A-D ALPHA CHAIN 链 D 27–208（182 aa）片段：A-D ALPHA CHAIN	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.4；pH 4.4	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
1IAO CLASS II MHC I-AD IN COMPLEX WITH OVALBUMIN PEPTIDE 323-339 提交 1998-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–209（186 aa）链 B 28–216（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；32% PEG 600, 0.1 IMIDAZOLE MALATE, PH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.320
1IAO CLASS II MHC I-AD IN COMPLEX WITH OVALBUMIN PEPTIDE 323-339 提交 1998-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–209（186 aa）链 B 28–216（189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；32% PEG 600, 0.1 IMIDAZOLE MALATE, PH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.320
2IAD CLASS II MHC I-AD IN COMPLEX WITH AN INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE 126-138 提交 1998-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–209（186 aa）片段：RESIDUES 126P - 138P OF CHAIN B ARE COVALENTLY LINKED INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；19% PEG 8000 0.2 M TRIS, PH 7.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.308
2IAD CLASS II MHC I-AD IN COMPLEX WITH AN INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE 126-138 提交 1998-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–209（186 aa）片段：RESIDUES 126P - 138P OF CHAIN B ARE COVALENTLY LINKED INFLUENZA HEMAGGLUTININ PEPTIDE	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；19% PEG 8000 0.2 M TRIS, PH 7.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.308
3MBE TCR 21.30 in complex with MHC class II I-Ag7HEL(11-27) 提交 2010-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–205（182 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG4000, 0.2M K formate, 0.1M Na Cacodylate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
3MBE TCR 21.30 in complex with MHC class II I-Ag7HEL(11-27) 提交 2010-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 24–205（182 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG4000, 0.2M K formate, 0.1M Na Cacodylate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–198（173 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–198（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 26–198（173 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 26–198（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
6BLQ Crystal Structure of IAg7 in complex with insulin mimotope p8E9E 提交 2017-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–208（185 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG3350, 100mM sodium citrate at pH5.0, 5% isopropanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
6BLR Crystal Structure of IAg7 in complex with insulin mimotope p8E9E6SS 提交 2017-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–208（183 aa）	突变：N64C	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；15% PEG4000, 10mM sodium citrate at pH5.0, 100 mM MgCl2	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
6BLX Crystal structure of IAg7 in complex with insulin mimotope p8G9E 提交 2017-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；18% PEG20000, 100mM sodium citrate at pH5.0	分辨率 2.32 Å R-free 0.220
6DFS mouse TCR I.29 in complex with IAg7-p8E9E6ss 提交 2018-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–208（183 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；12% PEG 20000, 100mM bicine pH9.0, 20% ethylene glycol	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
6DFW TCR 8F10 in complex with IAg7-p8G9E 提交 2018-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–208（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；11% PEG 3350, 100mM formate pH7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
6DFW TCR 8F10 in complex with IAg7-p8G9E 提交 2018-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 26–208（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；11% PEG 3350, 100mM formate pH7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
7QHP Structure of I-Ag7 with a bound hybrid insulin peptide 提交 2021-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–218（195 aa）	突变：I91C	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.17 M ammonium sulfate, 25% w/v PEG 4000, 15% glycerol	分辨率 1.82 Å R-free 0.219
7RDV TFH TCR bound to MHC Class II IAd presenting aggrecan epitope 提交 2021-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 28–205（178 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；0.1M Sodium Cacodylate pH6.0 15% w/v PEG4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.265
7Z50 Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7. 提交 2022-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 24–218（195 aa）	突变：I91C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M Na HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 4000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
7Z50 Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7. 提交 2022-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 24–218（195 aa）	突变：I91C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M Na HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 4000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261

共 14 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA2D_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 24–205

MHC class II H2-IA-beta chain linked to GAD221-235 peptide

Mus musculus

UniProt Q31135

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 28–214	未记录	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain × 1 （P04228） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；295 K；0.1M Hepes pH 7.5, 28% PEG 8000, 2% Jeffamine 900, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 7.50	分辨率 3.09 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F3J HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN I-AG7 提交 2000-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 31–217（187 aa）片段：BETA CHAIN 链 E 31–217（187 aa）片段：BETA CHAIN	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.4；pH 4.4	分辨率 3.10 Å R-free 0.299
3MBE TCR 21.30 in complex with MHC class II I-Ag7HEL(11-27) 提交 2010-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 28–214（187 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG4000, 0.2M K formate, 0.1M Na Cacodylate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
3MBE TCR 21.30 in complex with MHC class II I-Ag7HEL(11-27) 提交 2010-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 28–214（187 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG4000, 0.2M K formate, 0.1M Na Cacodylate., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.89 Å R-free 0.281
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–215（185 aa）片段：UNP residues 31-215	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–215（185 aa）片段：UNP residues 31-215	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 31–215（185 aa）片段：UNP residues 31-215	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
5DMK Crystal Structure of IAg7 in complex with RLGL-WE14 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 31–215（185 aa）片段：UNP residues 31-215	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1M Ammonium Citrate	分辨率 2.45 Å R-free 0.260
6BLQ Crystal Structure of IAg7 in complex with insulin mimotope p8E9E 提交 2017-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–217（188 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG3350, 100mM sodium citrate at pH5.0, 5% isopropanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.203
6BLR Crystal Structure of IAg7 in complex with insulin mimotope p8E9E6SS 提交 2017-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–217（188 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；15% PEG4000, 10mM sodium citrate at pH5.0, 100 mM MgCl2	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
6BLX Crystal structure of IAg7 in complex with insulin mimotope p8G9E 提交 2017-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 30–217（188 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；18% PEG20000, 100mM sodium citrate at pH5.0	分辨率 2.32 Å R-free 0.220
6DFS mouse TCR I.29 in complex with IAg7-p8E9E6ss 提交 2018-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 30–217（188 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；12% PEG 20000, 100mM bicine pH9.0, 20% ethylene glycol	分辨率 3.10 Å R-free 0.285
6DFW TCR 8F10 in complex with IAg7-p8G9E 提交 2018-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 30–217（188 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；11% PEG 3350, 100mM formate pH7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
6DFW TCR 8F10 in complex with IAg7-p8G9E 提交 2018-05-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 30–217（188 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；11% PEG 3350, 100mM formate pH7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
7Z50 Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7. 提交 2022-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 28–224（197 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M Na HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 4000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261
7Z50 Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7. 提交 2022-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 28–224（197 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M Na HEPES pH 7.0, 15% w/v PEG 4000	分辨率 2.65 Å R-free 0.261

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31135_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 28–214； UniProt 28–214

MHC class II H2-IA-beta chain linked to GAD221-235 peptide

Mus musculus

UniProt Q6LDA5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 47–61	未记录	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain × 1 （P04228） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；295 K；0.1M Hepes pH 7.5, 28% PEG 8000, 2% Jeffamine 900, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 7.50	分辨率 3.09 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6LDA5_9MURI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–21； UniProt 47–61

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cup
沉积日期 deposition_date	2008-04-16
结构标题 title	Crystal structure of the MHC class II molecule I-Ag7 in complex with the peptide GAD221-235
关键词 keywords	Histocompatability antigen, MHC class II, I-Ag7, Glycoprotein, Immune response, Membrane, MHC II, Transmembrane, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.24 Å
零角强度 I(0) i0	29266100.00
分子量 molecular_weight	41741.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52308 Å³
包络体积 envelope_volume	62992 Å³
水化壳体积 shell_volume	23658 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.23 Å
包络 Rg envelope_rg	22.72 Å
形状 Rg shape_rg	22.22 Å
总 Rg total_rg	23.21 Å
总原子数 total_atoms	2953
残基数 n_residues	357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8061
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.322
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
分子量 formula_weight	21623.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2953

EDDIEADHVGFYGTTVYQSPGDIGQYTHEFDGDELFYVDLDKKKTVWRLPEFGQLILFEPQGGLQNIAAEKHNLGILTKRSNFTPATNEAPQATVFPKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVTDGVYETSFLVNRDHSFHKLSYLTFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHWSSADLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC class II H2-IA-beta chain linked to GAD221-235 peptide
分子量 formula_weight	25539.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHSRGLKKMREIIGWPGGSGGSGSGSGDSERHFVHQFKGECYFTNGTQRIRLVTRYIYNREEYLRFDSDVGEYRAVTELGRHSAEYYNKQYLERTRAELDTACRHNYEETEVPTSLRRLEQPNVAISLSRTEALNHHNTLVCSVTDFYPAKIKVRWFRNGQEETVGVSSTQLIRNGDWTFQVLVMLEMTPHQGEVYTCHVEHPSLKSPITVEWSSADLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3cupa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d3cupa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cupa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3cupA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3cupA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cupB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	3cupB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.832 Å
晶胞边长 b length_b	55.832 Å
晶胞边长 c length_c	338.834 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.090 Å
最低分辨率 resolution_low	38.450 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2860

fit	/app/data/saxs_computation/cu/3cup/3cup.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cu/3cup/3cup.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cu/3cup/3cup.dat

Crystal structure of the MHC class II molecule I-Ag7 in complex with the peptide GAD221-235

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II H2-IA-beta chain linked to GAD221-235 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II H2-IA-beta chain linked to GAD221-235 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)