SAXSdb — 3cvb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plastocyanin

Phormidium laminosum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–139	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.183
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 35–139	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CVB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BAW PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM 提交 1998-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
1BAW PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM 提交 1998-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2W88 Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - open structure 提交 2009-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M ZINC ACETATE, 0.4 M SODIUM ACETATE	分辨率 2.89 Å R-free 0.223
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
3BQV Crystal Structure of the double mutant D44A D45A Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	突变：D44A, D45A	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, 0.2 M Sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.245
3CVC Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.72 Å R-free 0.192
3CVD Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
3CVD Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
3CVD Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270

共 8 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLAS_PHOLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cvb
沉积日期 deposition_date	2008-04-18
结构标题 title	Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization
关键词 keywords	Cupredoxin, Self Assembly, Copper, Electron transport, Metal-binding, Transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.67 Å
零角强度 I(0) i0	9142060.00
分子量 molecular_weight	22653.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28241 Å³
包络体积 envelope_volume	34402 Å³
水化壳体积 shell_volume	13448 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.00 Å
包络 Rg envelope_rg	23.64 Å
形状 Rg shape_rg	23.67 Å
总 Rg total_rg	24.28 Å
总原子数 total_atoms	1593
残基数 n_residues	210
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1420e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9142000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7361
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.476
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.715
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1085000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.447; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.253; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plastocyanin
分子量 formula_weight	11465.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1948

ETFTVKMGADSGLFQFEPANVTVHPGDTVKWVNNKLPPHNILFDDKQVPGASKELADKLSHSQLMFSPGESYEITFSSDFPAGTYTYYCAPHRGAGMVGKITVEG

来源 Source

来源生物 organism	Phormidium laminosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32059
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (I) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	324

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3cvba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d3cvbb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3cvbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3cvbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	33.735 Å
晶胞边长 b length_b	33.415 Å
晶胞边长 c length_c	78.471 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.890 Å
R 因子 r_factor	0.1400
R_work r_work	0.1380
R_free r_free	0.1830

fit	/app/data/saxs_computation/cv/3cvb/3cvb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cv/3cvb/3cvb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cv/3cvb/3cvb.dat

Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plastocyanin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution