← 返回搜索
3cvd

Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.3 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plastocyanin

Phormidium laminosum

UniProt Q51883

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 35–139 未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.184
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 35–139 未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.184
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 35–139 未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3CVD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BAW PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM 提交 1998-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 35–139（105 aa）
链 B 35–139（105 aa）
链 C 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.258
1BAW PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM 提交 1998-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–139（105 aa）
链 B 35–139（105 aa）
链 C 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.258
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–139（105 aa）
链 B 35–139（105 aa）
链 C 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–139（105 aa）
链 B 35–139（105 aa）
链 C 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2W88 Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - open structure 提交 2009-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 35–139（105 aa）
链 B 35–139（105 aa）
链 C 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1 M ZINC ACETATE, 0.4 M SODIUM ACETATE
分辨率 2.89 Å R-free 0.223
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 35–139（105 aa）
链 B 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
3BQV Crystal Structure of the double mutant D44A D45A Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–139（105 aa） 片段：UNP residues 35-139
突变：D44A, D45A CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, 0.2 M Sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.50 Å R-free 0.245
3CVB Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–139（105 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.40 Å R-free 0.183
3CVB Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 35–139（105 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.40 Å R-free 0.183
3CVC Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–139（105 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.72 Å R-free 0.192
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–139（105 aa） 片段：UNP residues 35-139
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 35–139（105 aa） 片段：UNP residues 35-139
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 35–139（105 aa） 片段：UNP residues 35-139
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 35–139（105 aa） 片段：UNP residues 35-139
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 4.20 Å R-free 0.270

共 8 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLAS_PHOLA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139 作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3cvd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3cvd
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3cvd
沉积日期 deposition_date2008-04-18
结构标题 titleRegulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization
关键词 keywordsCupredoxin, Self Assemby, Copper, Electron transport, Metal-binding, Transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.10 Å
零角强度 I(0) i020016300.00
分子量 molecular_weight33931.0 kDa
排除体积 excluded_volume42228 ų
包络体积 envelope_volume50183 ų
水化壳体积 shell_volume20185 ų
包络直径 envelope_diameter66.3 Å
壳层 Rg shell_rg26.87 Å
包络 Rg envelope_rg20.90 Å
形状 Rg shape_rg21.08 Å
总 Rg total_rg21.91 Å
总原子数 total_atoms2372
残基数 n_residues312
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.3 Å
Rg (实空间) rg_real21.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20020000.0000
解质量估计 total_estimate0.9195
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.076
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1770000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.984; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.997
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3cvda_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd3cvdb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd3cvdc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3cvdA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id3cvdB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id3cvdC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
▶

8. 引用文献 (2)

▶

9. 文件与曲线 (10)