3cvs

Crystal Structure of an AlkA Host/Guest Complex 8oxoGuanine:Adenine Base Pair

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase 2

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;DNA (5'-D(DGPDAPDCPDAPDTPDGPDAP(8OG)PDTPDGPDCPDC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(DGPDGPDCPDAPDAPDTPDCPDAPDTPDGPDTPDC)-3') ; × 2 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3MG2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 B； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 C； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282 作者链 D； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cvs
沉积日期 deposition_date	2008-04-19
结构标题 title	Crystal Structure of an AlkA Host/Guest Complex 8oxoGuanine:Adenine Base Pair
关键词 keywords	AlkA, 8oxoguanine, DNA repair, host-guest complex, DNA structure, DNA damage, Hydrolase, hydrolase-DNA COMPLEX; hydrolase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cvs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cvs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cvs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.67 Å
Rg（电子密度）	36.44 Å
总 Rg	36.77 Å
原子数	9838
残基数	1174
排除体积	172730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cvs__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-3-methyladenine glycosylase 2
分子量 formula_weight	31425.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10005

MYTLNWQPPYDWSWMLGFLAARAVSSVETVADSYYARSLAVGEYRGVVTAIPDIARHTLHINLSAGLEPVAAECLAKMSRLFDLQCNPQIVNGALGRLGAARPGLRLPGCVDAFEQGVRAILGQLVSVAMAAKLTARVAQLYGERLDDFPEYICFPTPQRLAAADPQALKALGMPLKRAEALIHLANAALEGTLPMTIPGDVEQAMKTLQTFPGIGRWTANYFALRGWQAKDVFLPDDYLIKQRFPGMTPAQIRRYAERWKPWRSYALLHIWYTEGWQPDEA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDAPDCPDAPDTPDGPDAP(8OG)PDTPDGPDCPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3703.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

GACATGAGTGCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DGPDGPDCPDAPDAPDTPDCPDAPDTPDGPDTPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	3662.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

GGCAATCATGTC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	167

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3cvsa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamily	a.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family family	a.96.1.3 — DNA repair glycosylase, 2 C-terminal domains

结构域编号 domain_id	d3cvsa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.2 — DNA repair glycosylase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3cvsb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamily	a.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family family	a.96.1.3 — DNA repair glycosylase, 2 C-terminal domains

结构域编号 domain_id	d3cvsb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.2 — DNA repair glycosylase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3cvsc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamily	a.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family family	a.96.1.3 — DNA repair glycosylase, 2 C-terminal domains

结构域编号 domain_id	d3cvsc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.2 — DNA repair glycosylase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3cvsd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.96 — DNA-glycosylase
超家族 Superfamily superfamily	a.96.1 — DNA-glycosylase
家族 Family family	a.96.1.3 — DNA repair glycosylase, 2 C-terminal domains

结构域编号 domain_id	d3cvsd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.2 — DNA repair glycosylase, N-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3cvsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cvsA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

结构域编号 domain_id	3cvsA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

结构域编号 domain_id	3cvsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cvsB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

结构域编号 domain_id	3cvsB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

结构域编号 domain_id	3cvsC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cvsC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

结构域编号 domain_id	3cvsC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

结构域编号 domain_id	3cvsD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cvsD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Hypothetical protein; domain 2

结构域编号 domain_id	3cvsD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)

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晶胞边长 a length_a	75.174 Å
晶胞边长 b length_b	101.247 Å
晶胞边长 c length_c	102.917 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2700

Crystal Structure of an AlkA Host/Guest Complex 8oxoGuanine:Adenine Base Pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cvs__assembly_1__model_1

3cvs__assembly_1__model_1 | I(q)

3cvs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of an AlkA Host/Guest Complex 8oxoGuanine:Adenine Base Pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-3-methyladenine glycosylase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cvs__assembly_1__model_1

3cvs__assembly_1__model_1 | I(q)

3cvs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)