SAXSdb — 3cxd

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

a peptide from osteopontin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain × 1 Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OSTP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–12； UniProt 40–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cxd
沉积日期 deposition_date	2008-04-24
结构标题 title	Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with its epitope peptide
关键词 keywords	Fab, osteopontin, OPN, antibody-antigen complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cxd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cxd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.17 Å
Rg（电子密度）	25.30 Å
总 Rg	26.11 Å
原子数	3373
残基数	438
排除体积	59529 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cxd__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain
分子量 formula_weight	23070.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3373

YIQMTQSPASLSVSVGETVTITCRASENIYSFLAWYQQKQGKSPQLLVYAATNLADGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQSEDFGTYYCQHFWGTPFTFGSGTKLEIKRSDAAPTVSIFPPSAAQLSSGGGSVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGAERGNGVLNSWTSQDSADSTYSMSSTLTSGGDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain
分子量 formula_weight	23132.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPKGSLKISCAASGFTFNIYAMNWVRQAPGKGLEWVARIRSQSNNYTTYYADSVKDRFTISRDDSQSMLYLQMNNLKTEDTAMYYCVRQMGDYWGQGTTLTVSSAVKTPPSVYPLAPGGGAISNSMVTLGCLVNGYFPEPVTVTWNAGSLGSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPVSTWPSEAVTCNVAHPASATSVDKAISPV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	a peptide from osteopontin
分子量 formula_weight	1356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

VATWLNPDPSQK

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3cxdH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cxdH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cxdL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cxdL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	42.318 Å
晶胞边长 b length_b	92.020 Å
晶胞边长 c length_c	122.483 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2510
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2920

Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with its epitope peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

a peptide from osteopontin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cxd__assembly_1__model_1

3cxd__assembly_1__model_1 | I(q)

3cxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with its epitope peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

a peptide from osteopontin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cxd__assembly_1__model_1

3cxd__assembly_1__model_1 | I(q)

3cxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)