SAXSdb — 3d3c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N utilization substance protein B

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	30S ribosomal protein S10 × 1 （P0A7R5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	30S ribosomal protein S10 × 1 （P0A7R5） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	30S ribosomal protein S10 × 1 （P0A7R5） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUSB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–141； UniProt 1–139 作者链 B； PDB构建体 3–141； UniProt 1–139 作者链 C； PDB构建体 3–141； UniProt 1–139

30S ribosomal protein S10

Escherichia coli

UniProt P0A7R5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	N utilization substance protein B × 1 （P0A780） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	N utilization substance protein B × 1 （P0A780） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	N utilization substance protein B × 1 （P0A780） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS10_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 6–50； UniProt 1–45 作者链 J； PDB构建体 52–87； UniProt 68–103 作者链 K； PDB构建体 6–50； UniProt 1–45 作者链 K； PDB构建体 52–87； UniProt 68–103 作者链 L； PDB构建体 6–50； UniProt 1–45 作者链 L； PDB构建体 52–87； UniProt 68–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3d3c
沉积日期 deposition_date	2008-05-09
结构标题 title	Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex.
关键词 keywords	;NusB, S10, NusE, Nut, phage lambda, lambda N antitermination, rrn antitermination, transcription regulation, RNA-binding, Transcription, Transcription termination, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3d3c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3d3c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3d3c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.12 Å
Rg（电子密度）	18.13 Å
总 Rg	19.22 Å
原子数	1762
残基数	223
排除体积	31505 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3d3c__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3d3c__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3d3c__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N utilization substance protein B
分子量 formula_weight	15838.1 kDa
突变 mutation	K2E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5505

GAMEPAARRRARECAVQALYSWQLSQNDIADVEYQFLAEQDVKDVDVLYFRELLAGVATNTAYLDGLMKPYLSRLLEELGQVEKAVLRIALYELSKRSDVPYKVAINEAIELAKSFGAEDSHKFVNGVLDKAAPVIRPNKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	9652.2 kDa
突变 mutation	A86D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

GPLGSMQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRSRTHLRLVDIVEPTEKTVDDLMRLDLAAGVDVQISLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3d3ca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.79 — NusB-like
超家族 Superfamily superfamily	a.79.1 — NusB-like
家族 Family family	a.79.1.1 — Antitermination factor NusB

结构域编号 domain_id	d3d3cb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.79 — NusB-like
超家族 Superfamily superfamily	a.79.1 — NusB-like
家族 Family family	a.79.1.1 — Antitermination factor NusB

结构域编号 domain_id	d3d3cc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.79 — NusB-like
超家族 Superfamily superfamily	a.79.1 — NusB-like
家族 Family family	a.79.1.1 — Antitermination factor NusB

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3d3cA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusB-like

结构域编号 domain_id	3d3cB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusB-like

结构域编号 domain_id	3d3cC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	940 — N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — NusB-like

结构域编号 domain_id	3d3cJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

结构域编号 domain_id	3d3cK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

结构域编号 domain_id	3d3cL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

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晶胞边长 a length_a	113.000 Å
晶胞边长 b length_b	113.000 Å
晶胞边长 c length_c	267.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2208
R_work r_work	0.2177
R_free r_free	0.2799

Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N utilization substance protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d3c__assembly_1__model_1

3d3c__assembly_1__model_1 | I(q)

3d3c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural and functional analysis of the E. coli NusB-S10 transcription antitermination complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N utilization substance protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3d3c__assembly_1__model_1

3d3c__assembly_1__model_1 | I(q)

3d3c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)