3d7w

Mistletoe Lectin I in Complex with Zeatin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactoside-specific lectin 1

物种未注明

UniProt P81446

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 34–287 链 B; UniProt 302–564 片段:Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1 片段:Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 ZEA (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol × 1 ZEZ (2Z)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIQUID DIFFUSION;pH 2.5;293 K;counter diffusion under microgravity conditions during JAXA-GCF-flight number 6, pH 2.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 2.49 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ML1_VISAL
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–254; UniProt 34–287 作者链 B; PDB构建体 1–263; UniProt 302–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3d7w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3d7w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3d7w
沉积日期 deposition_date2008-05-22
结构标题 titleMistletoe Lectin I in Complex with Zeatin
关键词 keywords;mistletoe lectin I, cytokinin, zeatin, plant hormones, microgravity, Glycoprotein, Hydrolase, Lectin, Plant defense, Protein synthesis inhibitor, Toxin ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.03
零角强度 I(0) i057897800.00
分子量 molecular_weight57797.0 kDa
排除体积 excluded_volume71687 ų
包络体积 envelope_volume84179 ų
水化壳体积 shell_volume28419 ų
包络直径 envelope_diameter86.9
壳层 Rg shell_rg31.98
包络 Rg envelope_rg25.16
形状 Rg shape_rg25.03
总 Rg total_rg25.75
总原子数 total_atoms4061
残基数 n_residues511
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.0
Rg (实空间) rg_real25.98
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real5.7900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8910
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.9
偏度 Skewness skewness0.373
峰度 Kurtosis kurtosis-0.391
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10110000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.964

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3d7wa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.165 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
超家族 Superfamily superfamilyd.165.1 — Ribosome inactivating proteins (RIP)
家族 Family familyd.165.1.1 — Plant cytotoxins
结构域编号 domain_idd3d7wb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family familyb.42.2.1 — Ricin B-like
结构域编号 domain_idd3d7wb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family familyb.42.2.1 — Ricin B-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3d7wA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Ricin (A subunit); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ricin (A subunit), domain 1
结构域编号 domain_id3d7wA02
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology470 — Ricin (A Subunit), domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ricin (A Subunit), domain 2
结构域编号 domain_id3d7wB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3d7wB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)