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3d90

Crystal structure of the human progesterone receptor ligand-binding domain bound to levonorgestrel

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Progesterone receptor

Homo sapiens

UniProt P06401

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 676–933 片段：Ligand-binding domain, UNP residues 676-933 NOG 13-BETA-ETHYL-17-ALPHA-ETHYNYL-17-BETA-HYDROXYGON-4-EN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG3350, x300mM MgSO4, 10% Glycerol 10%, 50mM PIPES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.26 Å R-free 0.279
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 676–933 片段：Ligand-binding domain, UNP residues 676-933 NOG 13-BETA-ETHYL-17-ALPHA-ETHYNYL-17-BETA-HYDROXYGON-4-EN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG3350, x300mM MgSO4, 10% Glycerol 10%, 50mM PIPES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.26 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3D90 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A28 HORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN 提交 1998-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN
未记录 STR PROGESTERONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 4000, 50 MM PIPES PH 6.5, 350 MM LI2SO4, THEN STABILIZED IN THE SAME BUFFER WITH 21% ETHYLENE GLYCOL
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1A28 HORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN 提交 1998-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN
未记录 STR PROGESTERONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 4000, 50 MM PIPES PH 6.5, 350 MM LI2SO4, THEN STABILIZED IN THE SAME BUFFER WITH 21% ETHYLENE GLYCOL
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1E3K Human Progesteron Receptor Ligand Binding Domain in complex with the ligand metribolone (R1881) 提交 2000-06-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 676–933（258 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN
未记录 R18 (17BETA)-17-HYDROXY-17-METHYLESTRA-4,9,11-TRIEN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；RESERVOIR SOLUTION: 10% ISO-PROPANOL, 100MM SODIUM CITRATE 50MM HEPES PH 7.5. THE DROPS WERE SET UP USING THE HANGING DROP METHOD AND WERE COMPOSED OF A 2:1 RATIO OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
分辨率 2.80 Å R-free 0.343
1E3K Human Progesteron Receptor Ligand Binding Domain in complex with the ligand metribolone (R1881) 提交 2000-06-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 676–933（258 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN
未记录 R18 (17BETA)-17-HYDROXY-17-METHYLESTRA-4,9,11-TRIEN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；RESERVOIR SOLUTION: 10% ISO-PROPANOL, 100MM SODIUM CITRATE 50MM HEPES PH 7.5. THE DROPS WERE SET UP USING THE HANGING DROP METHOD AND WERE COMPOSED OF A 2:1 RATIO OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
分辨率 2.80 Å R-free 0.343
1SQN Progesterone Receptor Ligand Binding Domain with bound Norethindrone 提交 2004-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 673–933（261 aa） 片段：residues 676-933, ligand binding domain
未记录 NDR (14beta,17alpha)-17-ethynyl-17-hydroxyestr-4-en-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；PEG 1000, Li2SO4. hepes pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.45 Å R-free 0.216
1SQN Progesterone Receptor Ligand Binding Domain with bound Norethindrone 提交 2004-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 673–933（261 aa） 片段：residues 676-933, ligand binding domain
未记录 NDR (14beta,17alpha)-17-ethynyl-17-hydroxyestr-4-en-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；PEG 1000, Li2SO4. hepes pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 1.45 Å R-free 0.216
1SR7 Progesterone Receptor Hormone Binding Domain with Bound Mometasone Furoate 提交 2004-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 676–933（258 aa） 片段：Ligand binding domain
链 B 676–933（258 aa） 片段：Ligand binding domain
未记录 MOF MOMETASONE FUROATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；PEG 1000, Li2SO4, hepes, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.46 Å R-free 0.211
1ZUC Progesterone receptor ligand binding domain in complex with the nonsteroidal agonist tanaproget 提交 2005-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 675–933（259 aa）
链 B 675–933（259 aa）
未记录 T98 5-(4,4-DIMETHYL-2-THIOXO-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-6-YL)-1-METHYL-1H-PYRROLE-2-CARBONITRILE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 3350, MgSO4, PIPES pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.228
2C7A STRUCTURE OF THE PROGESTERONE RECEPTOR-DNA COMPLEX 提交 2005-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 399–476（78 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 399-476
链 B 399–476（78 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 399-476
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.246
2OVH Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor SMRT 提交 2007-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：PR LBD
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1M Tris, 0.4M NaCl, 10% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2OVH Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor SMRT 提交 2007-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 678–933（256 aa） 片段：PR LBD
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1M Tris, 0.4M NaCl, 10% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2OVM Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor NCoR 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：Ligand Binding Domain (residues 678-933)
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.15M NaCl, 10% glycerol, pH 8.0, spontaneous crystallization, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2OVM Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor NCoR 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 678–933（256 aa） 片段：Ligand Binding Domain (residues 678-933)
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.15M NaCl, 10% glycerol, pH 8.0, spontaneous crystallization, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2W8Y RU486 bound to the progesterone receptor in a destabilized agonistic conformation 提交 2009-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：PR LBD, RESIDUES 678-933
未记录 486 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；22.5% PEG4000, 0.1M HEPES 6.5, 100 MM LI2SO4
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
2W8Y RU486 bound to the progesterone receptor in a destabilized agonistic conformation 提交 2009-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：PR LBD, RESIDUES 678-933
未记录 NDR (14beta,17alpha)-17-ethynyl-17-hydroxyestr-4-en-3-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；22.5% PEG4000, 0.1M HEPES 6.5, 100 MM LI2SO4
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
3G8O Progesterone Receptor with bound Pyrrolidine 1 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 673–933（261 aa） 片段：ligand binding domain
链 B 673–933（261 aa） 片段：ligand binding domain
未记录 30X N~2~-[4-cyano-3-(trifluoromethyl)phenyl]-N,N-dimethyl-N~2~-(2,2,2-trifluoroethyl)-L-alaninamide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7；298 K；0.1M Hepes, 0.2M Lithium Sulfate, 15% PEG3350, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.241
3HQ5 Progesterone Receptor bound to an Alkylpyrrolidine ligand. 提交 2009-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：residues 678-933
链 B 678–933（256 aa） 片段：residues 678-933
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 GKK 2-chloro-4-{[(3S)-1-methylpyrrolidin-3-yl][2-(trifluoromethyl)benzyl]amino}benzonitrile × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295.15 K；20 % Peg 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
3KBA Progesterone receptor bound to sulfonamide pyrrolidine partial agonist 提交 2009-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 681–933（253 aa） 片段：Steroid-binding region: UNP residues 681-933
未记录 WOW 2-chloro-4-{(2-methylbenzyl)[(3S)-1-(methylsulfonyl)pyrrolidin-3-yl]amino}benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 2mM Li2SO4, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3KBA Progesterone receptor bound to sulfonamide pyrrolidine partial agonist 提交 2009-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 681–933（253 aa） 片段：Steroid-binding region: UNP residues 681-933
未记录 WOW 2-chloro-4-{(2-methylbenzyl)[(3S)-1-(methylsulfonyl)pyrrolidin-3-yl]amino}benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 2mM Li2SO4, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3ZR7 Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.65 Å R-free 0.192
3ZR7 Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.65 Å R-free 0.192
3ZRA Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 ORB N-{(1R)-1-[4-(2-CHLORO-5-FLUOROPYRIDIN-3-YL)PHENYL]ETHYL}-3,5-DIMETHYLISOXAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
3ZRA Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 ORB N-{(1R)-1-[4-(2-CHLORO-5-FLUOROPYRIDIN-3-YL)PHENYL]ETHYL}-3,5-DIMETHYLISOXAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
3ZRB Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
3ZRB Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ORC (R)-N-[1-[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]ETHYL]-3,5-DIMETHYLISOXAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
4A2J PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2011-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4A2J PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2011-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4APU PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2012-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
4APU PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2012-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 A2K (8S,11R,13S,14S,16S,17S)-17-cyclopropylcarbonyl-16-ethenyl-13-methyl-11-(4-pyridin-3-ylphenyl)-2,6,7,8,11,12,14,15,16,17-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
4OAR Progesterone receptor with bound ulipristal acetate and a peptide from the co-repressor SMRT 提交 2014-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：Steroid-binding Region
未记录 2S0 [(8S,11R,13S,14S,17R)-17-acetyl-11-[4-(dimethylamino)phenyl]-13-methyl-3-oxo-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-decahydrocyclopen ta[a]phenanthren-17-yl] acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, Tris,HCl 50mM, NaCl 400mM, 10% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.234

共 18 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRGR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–258； UniProt 676–933 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 676–933

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3d90

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3d90
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3d90
沉积日期 deposition_date2008-05-26
结构标题 titleCrystal structure of the human progesterone receptor ligand-binding domain bound to levonorgestrel
关键词 keywords;progesterone receptor, steroid receptor, nuclear receptor, transcription factor, women health, contraception, Alternative splicing, DNA-binding, Lipid-binding, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Polymorphism, Receptor, Steroid-binding, Transcription, Transcription regulation, Zinc, Zinc-finger ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.47 Å
零角强度 I(0) i047499300.00
分子量 molecular_weight57066.0 kDa
排除体积 excluded_volume72941 ų
包络体积 envelope_volume87365 ų
水化壳体积 shell_volume27882 ų
包络直径 envelope_diameter93.0 Å
壳层 Rg shell_rg33.29 Å
包络 Rg envelope_rg26.45 Å
形状 Rg shape_rg26.47 Å
总 Rg total_rg27.22 Å
总原子数 total_atoms4013
残基数 n_residues496
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.6 Å
Rg (实空间) rg_real27.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9058
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.4 Å
偏度 Skewness skewness0.293
峰度 Kurtosis kurtosis-0.607
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12630000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.977
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3d90a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd3d90b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3d90A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id3d90B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)