3d96

Crystal Structure of the R132K:Y134F Mutant of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II at 1.71 Angstroms Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cellular retinoic acid-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P29373

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–138 突变:R132K, Y134F 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;30% (W/V) PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M SODIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.71 Å R-free 0.222
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–138 突变:R132K, Y134F ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;30% (W/V) PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M SODIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.71 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、137 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RABP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–137; UniProt 2–138 作者链 B; PDB构建体 1–137; UniProt 2–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3d96

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3d96
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3d96
沉积日期 deposition_date2008-05-26
结构标题 titleCrystal Structure of the R132K:Y134F Mutant of Apo-Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II at 1.71 Angstroms Resolution
关键词 keywords;CRABPII, RETINOIC ACID, RETINOIDS, BETA BARREL, HIGH RESOLUTION, MUTANT, Nucleus, Retinol-binding, Transport, Vitamin A, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.17
零角强度 I(0) i015885200.00
分子量 molecular_weight30204.0 kDa
排除体积 excluded_volume37876 ų
包络体积 envelope_volume48456 ų
水化壳体积 shell_volume18972 ų
包络直径 envelope_diameter75.9
壳层 Rg shell_rg27.75
包络 Rg envelope_rg21.70
形状 Rg shape_rg22.18
总 Rg total_rg22.90
总原子数 total_atoms2121
残基数 n_residues274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.5
Rg (实空间) rg_real22.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real1.5890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15890000.0000
解质量估计 total_estimate0.8878
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness0.327
峰度 Kurtosis kurtosis-0.511
角度范围 angular_range— – 0.3500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3354000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3d96a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd3d96b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3d96A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id3d96B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)