3d9o

Snapshots of the RNA processing factor SCAF8 bound to different phosphorylated forms of the Carboxy-Terminal Domain of RNA-Polymerase II

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein 16

Homo sapiens

UniProt Q9UPN6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 CTD-PEPTIDE × 1 AMMONIUM ION × 1 SULFATE ION × 3 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 AMMONIUM ION × 1 SULFATE ION × 3 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBM16_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 B; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3d9o
沉积日期 deposition_date2008-05-27
结构标题 titleSnapshots of the RNA processing factor SCAF8 bound to different phosphorylated forms of the Carboxy-Terminal Domain of RNA-Polymerase II
关键词 keywordsSCAF8, RNA POLYMERASE II CTD INTERACTING DOMAIN, ARM REPEATS, PHOSPHO-CTD, Phosphoprotein, RNA-binding, Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3d9o__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3d9o__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3d9o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)15.77 Å
Rg(电子密度)14.31 Å
总 Rg15.68 Å
原子数1128
残基数133
排除体积20439 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3d9o__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3d9o__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd3d9oa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family familya.118.9.4 — RNA Polymerase II carboxy-terminal domain (CTD)-interacting (CID) domain (RPR domain)
结构域编号 domain_idd3d9oa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3d9ob1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family familya.118.9.4 — RNA Polymerase II carboxy-terminal domain (CTD)-interacting (CID) domain (RPR domain)
结构域编号 domain_idd3d9ob2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3d9oz_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.133 — RNA polymerase II fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.133.1 — RNA polymerase II fragments
家族 Family familyj.133.1.1 — RNA polymerase II fragments

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3d9oA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
结构域编号 domain_id3d9oB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
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7. 引用文献 (1)