3da0

Crystal structure of a cleaved form of a chimeric receptor binding protein from Lactococcal phages subspecies TP901-1 and p2

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2

Lactococcus phage p2

UniProt Q71AW2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 3 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBP_BPLP2
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 32–133; UniProt 163–264 作者链 B; PDB构建体 32–133; UniProt 163–264 作者链 C; PDB构建体 32–133; UniProt 163–264

Cleaved chimeric receptor binding protein from bacteriophages TP901-1 and p2

Lactococcus phage p2

UniProt Q9G096

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 3 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9G096_9CAUD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–31; UniProt 33–63 作者链 B; PDB构建体 1–31; UniProt 33–63 作者链 C; PDB构建体 1–31; UniProt 33–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3da0
沉积日期 deposition_date2008-05-28
结构标题 titleCrystal structure of a cleaved form of a chimeric receptor binding protein from Lactococcal phages subspecies TP901-1 and p2
关键词 keywordslactococcal phage p2, lactococcal phage TP901-1 receptor binding protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3da0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3da0__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3da0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.88 Å
Rg(电子密度)21.83 Å
总 Rg22.71 Å
原子数3080
残基数400
排除体积54447 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3da0__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd3da0a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family familyb.108.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3da0a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamilyb.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family familyb.21.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3da0b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family familyb.108.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3da0b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamilyb.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family familyb.21.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3da0b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3da0c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family familyb.108.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3da0c2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamilyb.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family familyb.21.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3da0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain
结构域编号 domain_id3da0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain
结构域编号 domain_id3da0C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain
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7. 引用文献 (1)