3dbl

Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190wt-NEDD8Ala72Gln)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit

Homo sapiens

UniProt Q13564

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ULA1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–531; UniProt 1–534 作者链 C; PDB构建体 3–531; UniProt 1–534 作者链 E; PDB构建体 3–531; UniProt 1–534 作者链 G; PDB构建体 3–531; UniProt 1–534

NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt Q8TBC4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8 × 1 (Q15843) ZINC ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBA3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–434; UniProt 33–463 作者链 D; PDB构建体 4–434; UniProt 33–463 作者链 F; PDB构建体 4–434; UniProt 33–463 作者链 H; PDB构建体 4–434; UniProt 33–463

NEDD8

Homo sapiens

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 (Q13564) NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 (Q8TBC4) ZINC ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEDD8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 13–88; UniProt 1–76 作者链 J; PDB构建体 13–88; UniProt 1–76 作者链 K; PDB构建体 13–88; UniProt 1–76 作者链 L; PDB构建体 13–88; UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dbl
沉积日期 deposition_date2008-06-01
结构标题 titleStructural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190wt-NEDD8Ala72Gln)
关键词 keywords;Cell cycle, activating enzyme, Apoptosis, Membrane, Ubl conjugation pathway, ATP-binding, Ligase, Nucleotide-binding, Polymorphism, Nucleus ;; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dbl__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dbl__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dbl__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.75 Å
Rg(电子密度)30.59 Å
总 Rg31.29 Å
原子数8138
残基数1028
排除体积145230 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3dbl__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3dbl__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3dbl__assembly_3__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3dbl__assembly_4__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 37 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_idd3dbla_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dblb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dblb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dblc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dbld2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dbld3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dble_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dblf2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dblf3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dblg_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dblh2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamilyc.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family familyc.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)
结构域编号 domain_idd3dblh3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dbli2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd3dbli3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3dblj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd3dblk_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related
结构域编号 domain_idd3dbll_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id3dblA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily520 — Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2
结构域编号 domain_id3dblB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit
结构域编号 domain_id3dblC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily520 — Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2
结构域编号 domain_id3dblD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit
结构域编号 domain_id3dblE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily520 — Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2
结构域编号 domain_id3dblF03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit
结构域编号 domain_id3dblG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id3dblH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily520 — Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2
结构域编号 domain_id3dblH03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily260 — NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit
结构域编号 domain_id3dblI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3dblJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3dblK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id3dblL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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7. 引用文献 (1)