SAXSdb — 3dfx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(DTPDTPDGPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDCPDAPDGPDAPDGPDAPDTPDAPDAPDCPDC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DAPDAPDGPDGPDTPDTPDAPDTPDCPDTPDCPDTPDGPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDC)-3') ; × 1 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATA3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–63； UniProt 308–370 作者链 B； PDB构建体 1–63； UniProt 308–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dfx
沉积日期 deposition_date	2008-06-12
结构标题 title	Opposite GATA DNA binding
关键词 keywords	;Activator, DNA-binding, Metal-binding, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, Zinc, Zinc-finger, Transcription-DNA COMPLEX ;; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dfx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dfx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.50 Å
Rg（电子密度）	20.14 Å
总 Rg	20.79 Å
原子数	1710
残基数	156
排除体积	27621 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dfx__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDTPDGPDAPDTPDAPDAPDAPDTPDCPDAPDGPDAPDGPDAPDTPDAPDAPDCPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	6150.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	1710

TTGATAAATCAGAGATAACC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDAPDGPDGPDTPDTPDAPDTPDCPDTPDCPDTPDGPDAPDTPDTPDTPDAPDTPDC)-3') ;
分子量 formula_weight	6114.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

AAGGTTATCTCTGATTTATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3
分子量 formula_weight	7044.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

SAARRAGTSCANCQTTTTTLWRRNANGDPVCNACGLYYKLHNINRPLTMKKEGIQTRNRKMSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3dfxa_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.1 — Erythroid transcription factor GATA-1

结构域编号 domain_id	d3dfxb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.1 — Erythroid transcription factor GATA-1

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3dfxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	3dfxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

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晶胞边长 a length_a	128.882 Å
晶胞边长 b length_b	30.370 Å
晶胞边长 c length_c	75.648 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	25.320 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2760
R_free r_free	0.2980

Opposite GATA DNA binding

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dfx__assembly_1__model_1

3dfx__assembly_1__model_1 | I(q)

3dfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Opposite GATA DNA binding

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trans-acting T-cell-specific transcription factor GATA-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dfx__assembly_1__model_1

3dfx__assembly_1__model_1 | I(q)

3dfx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)