3dm1

Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–86	片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 × 1 （Q96KQ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 29–86	片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 × 1 （Q96KQ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 29–86	片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 × 1 （Q96KQ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 29–86	片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 × 1 （Q96KQ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–86 链 C； UniProt 29–86 链 E； UniProt 29–86 链 G； UniProt 29–86	片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 × 4 （Q96KQ7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DM1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L11 Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide 提交 2010-07-22	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–81（53 aa）片段：UNP Residues 29-81	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3KUP Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain 提交 2009-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173) 链 B 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.261
3KUP Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain 提交 2009-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173) 链 D 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.261
3TZD Crystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3) 提交 2011-09-27	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–81（53 aa）片段：UNP residues 29-81	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；peg, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.81 Å R-free 0.231
5T1I CBX3 chromo shadow domain in complex with histone H3 peptide 提交 2016-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 110–176（67 aa）片段：unp residues 110-176 链 B 110–176（67 aa）片段：unp residues 110-176	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, 5% Ethylene Glycol	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
6HW2 The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains 提交 2018-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 109–183（75 aa）链 C 109–183（75 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.15 M NaCl, 12-14% PEG 3350 , pH 5.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.94 Å R-free 0.209
9OSC Crystal structure of HP1gamma chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2025-05-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–176（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000	分辨率 1.77 Å R-free 0.236

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–58； UniProt 29–86 作者链 C； PDB构建体 1–58； UniProt 29–86 作者链 E； PDB构建体 1–58； UniProt 29–86 作者链 G； PDB构建体 1–58； UniProt 29–86

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3

物种未注明

UniProt Q96KQ7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 179–190	片段：UNP residues 179-190 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Chromobox protein homolog 3 × 1 （Q13185）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 179–190	片段：UNP residues 179-190 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Chromobox protein homolog 3 × 1 （Q13185）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 179–190	片段：UNP residues 179-190 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Chromobox protein homolog 3 × 1 （Q13185）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 179–190	片段：UNP residues 179-190 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Chromobox protein homolog 3 × 1 （Q13185）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 179–190 链 D； UniProt 179–190 链 F； UniProt 179–190 链 H； UniProt 179–190	片段：UNP residues 179-190 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Chromobox protein homolog 3 × 4 （Q13185）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3DM1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain 链 B 913–1193（281 aa）片段：UNP residues 913-1193, SET domain	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3RJW Crystal structure of histone lysine methyltransferase g9a with an inhibitor 提交 2011-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：Sequence database residues 913-1193 链 B 913–1193（281 aa）片段：Sequence database residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 CIQ 2-cyclohexyl-6-methoxy-N-[1-(1-methylethyl)piperidin-4-yl]-7-(3-pyrrolidin-1-ylpropoxy)quinazolin-4-amine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 29	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M SODIUM FORMATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 25% PEG-3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.56 Å R-free 0.245
4NVQ Human G9a in Complex with Inhibitor A-366 提交 2013-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	2OD 5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；0.1 M BIS-TRIS, 17.0% PEG3350, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.03 Å R-free 0.239
5JHN Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9Ala mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.237
5JIN Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9M mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.240
5JIY Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9norLeucine mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.48 Å R-free 0.233
5JJ0 Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9M peptide and excess SAH 提交 2016-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 882–1155（274 aa）片段：SET domain of Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 G9a, UNP residues 882-1155 链 B 882–1155（274 aa）片段：SET domain of Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 G9a, UNP residues 882-1155	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.252
5T0K Structure of G9a SET-domain with H3K9M mutant peptide and SAM 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 879–1159（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
5T0K Structure of G9a SET-domain with H3K9M mutant peptide and SAM 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 879–1159（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
5T0M A histone H3K9M mutation traps histone methyltransferase Clr4 to prevent heterochromatin spreading 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 879–1159（281 aa）片段：unp residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5T0M A histone H3K9M mutation traps histone methyltransferase Clr4 to prevent heterochromatin spreading 提交 2016-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 879–1159（281 aa）片段：unp residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5TTF Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS012 提交 2016-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159 链 C 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7KZ N4-(1-methylpiperidin-4-yl)-N2-hexyl-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 CL CHLORIDE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.247
5TTF Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS012 提交 2016-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159 链 D 879–1159（281 aa）片段：UNP residues 879-1159	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7KZ N4-(1-methylpiperidin-4-yl)-N2-hexyl-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.72 Å R-free 0.247
5TUY Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor MS0124 提交 2016-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 887–1154（268 aa）片段：UNP residues 887-1154 链 B 887–1154（268 aa）片段：UNP residues 887-1154	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7L6 6,7-dimethoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)quinazolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20% (w/v) PEG 3,350, 0.2 M NaF, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
5V9I Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS0105 提交 2017-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 90P N~2~-cyclohexyl-N~4~-(1-ethylpiperidin-4-yl)-6,7-dimethoxy-N~2~-methylquinazoline-2,4-diamine × 2 GOL GLYCEROL × 6 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.275
5V9I Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS0105 提交 2017-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 D 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 90P N~2~-cyclohexyl-N~4~-(1-ethylpiperidin-4-yl)-6,7-dimethoxy-N~2~-methylquinazoline-2,4-diamine × 2 GOL GLYCEROL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5	分辨率 1.74 Å R-free 0.275
5VSC Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 13 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 916–1190（275 aa）片段：G9a catalytic SET-domain residues 916-1190 链 B 916–1190（275 aa）片段：G9a catalytic SET-domain residues 916-1190	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 9HJ 6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)-N~2~-propylquinazoline-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium bromide	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193) 链 B 883–1156（274 aa）片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 419–552（134 aa）片段：residues 419-552	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
7BTV Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 5. 提交 2020-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 N47 N~2~-{4-methoxy-3-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]phenyl}-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
7BUC Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 13 提交 2020-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 F80 N2-[4-methoxy-3-(2,3,4,7-tetrahydro-1H-azepin-5-yl)phenyl]-N4,6-dimethyl-pyrimidine-2,4-diamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium acetate, 20% polyethyleneglycol 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7DCF Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 10 提交 2020-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 H30 5'-methoxy-6'-(1-methyl-2,3,4,7-tetrahydroazepin-5-yl)spiro[cyclobutane-1,3'-indole]-2'-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M NaOAc, pH 7, 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
7T7L Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1) 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 C 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 G5U N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide × 1 G4R N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)prop-2-enamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7T7L Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1) 提交 2021-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193 链 D 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 G5U N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000	分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7X73 Structure of G9a in complex with RK-701 提交 2022-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 J26 N-[(2S)-1-[(4-cyanophenyl)amino]-4-cyclopropyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1H-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH 7.4), 0.2M sodium formate, 10% ethylene glycol, 25% PEG3350	分辨率 1.49 Å R-free 0.193
7XUA Structure of G9a in complex with compound 10a 提交 2022-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I5X ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-3-methylsulfanyl-propyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 23.5% PEG3350	分辨率 1.87 Å R-free 0.224
7XUB Structure of G9a in complex with compound 10d 提交 2022-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I6L ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)pentyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (7.75), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 26% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.215
7XUC Structure of G9a in complex with compound 11a 提交 2022-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I6S 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 25% PEG3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.186
7XUD Structure of G9a in complex with compound 26a 提交 2022-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 SFG SINEFUNGIN × 2 I6Z ~{N}-[(2~{S})-4-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-butan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 22% PEG3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.177
8VV8 Crystal Structure of EHMT2 bound to EZM8266 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1AEB (2R)-1-(azetidin-1-yl)-3-(2-methoxy-5-{[4-methyl-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl]amino}phenoxy)propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
8VV8 Crystal Structure of EHMT2 bound to EZM8266 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 913–1193（281 aa）片段：residues 913-1193	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1AEB (2R)-1-(azetidin-1-yl)-3-(2-methoxy-5-{[4-methyl-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl]amino}phenoxy)propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
8Z7C Structure of G9a in complex with compound 7i 提交 2024-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L07 3,6,6-trimethyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenyl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.52 Å R-free 0.196
8Z7D Structure of G9a in complex with compound 9a 提交 2024-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L08 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-[(phenylmethyl)amino]hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.58 Å R-free 0.183
8Z7E Structure of G9a in complex with compound 9b 提交 2024-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L09 ~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]methylamino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.54 Å R-free 0.195
9KLB G9a in complex with RK-133232 (compound 16g) 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L57 ~{N}-[(~{E},2~{S})-4-cyclopropyl-1-[(6-ethoxypyridin-3-yl)amino]-1-oxidanylidene-but-3-en-2-yl]-4-(pyridin-4-ylamino)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.221
9KLC G9a in complex with the S-isomer of RK-131902 (racemic compound rac-10a) 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L58 ~{N}-[(2~{S})-1-[[6-(1-methylpiperidin-4-yl)oxypyridin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3-(pyridin-4-ylamino)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.253
9LUS Structure of human G9a SET-domain in complex with FLAV27 inhibitor 提交 2025-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 913–1193（281 aa）链 B 913–1193（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1L7O 3-[1-[[(2~{S})-4-(phenylmethyl)-1,4-oxazepan-2-yl]methyl]piperidin-4-yl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；peg3350 20%, 10% Tacsimate (ph-8), Tris (ph-8.2), Glycerol 6%, 5 mM KSCN	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
9WRI Crystal structure of CtBP2 in complex with G9a 提交 2025-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 881–893（13 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 6% PVP, 30% pentaerythritol ethoxylate	分辨率 1.85 Å R-free 0.202
9YKS Crystal structure of the G9a (EHMT2) SET domain in complex with SAM and TNG917 提交 2025-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193) 链 B 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 A1CXM N~2~-[(7M)-6-fluoro-7-(2,5,6,7-tetrahydro-1H-azepin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；33% PEG4000, 200 mM sodium acetate, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.252
9YKS Crystal structure of the G9a (EHMT2) SET domain in complex with SAM and TNG917 提交 2025-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193) 链 D 912–1193（282 aa）片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)	未记录	ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 A1CXM N~2~-[(7M)-6-fluoro-7-(2,5,6,7-tetrahydro-1H-azepin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；33% PEG4000, 200 mM sodium acetate, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.252

共 34 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EHMT2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 179–190 作者链 D； PDB构建体 1–12； UniProt 179–190 作者链 F； PDB构建体 1–12； UniProt 179–190 作者链 H； PDB构建体 1–12； UniProt 179–190

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dm1
沉积日期 deposition_date	2008-06-30
结构标题 title	Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide
关键词 keywords	;Chromobox homolog 3, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Chromatin regulator, Nucleus, Phosphoprotein, Repressor, Transcription, Transcription regulation ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.51 Å
零角强度 I(0) i0	13941000.00
分子量 molecular_weight	28410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35708 Å³
包络体积 envelope_volume	42994 Å³
水化壳体积 shell_volume	18767 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.34 Å
包络 Rg envelope_rg	19.59 Å
形状 Rg shape_rg	19.51 Å
总 Rg total_rg	20.37 Å
总原子数 total_atoms	2010
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8984
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.471
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3771000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 3
分子量 formula_weight	6812.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	2109

EFVVEKVLDRRVVNGKVEYFLKWKGFTDADNTWEPEENLDCPELIEAFLNSQKAGKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3
分子量 formula_weight	1486.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

KVHRARKTMSKP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3dm1A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3dm1C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3dm1E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3dm1G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.671 Å
晶胞边长 b length_b	83.671 Å
晶胞边长 c length_c	110.288 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	39.100 Å
R 因子 r_factor	0.2219
R_work r_work	0.2195
R_free r_free	0.2672

fit	/app/data/saxs_computation/dm/3dm1/3dm1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/3dm1/3dm1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/3dm1/3dm1.dat

Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)