3dmr

STRUCTURE OF DMSO REDUCTASE FROM RHODOBACTER CAPSULATUS AT PH 7.0

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DMSO REDUCTASE

物种未注明

UniProt Q52675

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 OXYGEN ATOM × 2 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DMSA_RHOCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–823; UniProt 1–823

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dmr
沉积日期 deposition_date1997-04-25
结构标题 titleSTRUCTURE OF DMSO REDUCTASE FROM RHODOBACTER CAPSULATUS AT PH 7.0
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, DMSO, MOLYBDOPTERIN, PH 7; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dmr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dmr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dmr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.71 Å
Rg(电子密度)25.88 Å
总 Rg26.76 Å
原子数6069
残基数779
排除体积107080 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3dmr__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3dmra1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.52.2 — ADC-like
家族 Family familyb.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3dmra2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamilyc.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family familyc.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3dmrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily740
结构域编号 domain_id3dmrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2
结构域编号 domain_id3dmrA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology55 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 3
结构域编号 domain_id3dmrA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

7. 引用文献 (2)