SAXSdb — 3dmw

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(III) chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1158–1199 链 B； UniProt 1158–1199 链 C； UniProt 1158–1199	片段：UNP residues 1158-1199 突变：Q1183M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；30% PEG 550, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DMW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V53 Crystal structure of a SPARC-collagen complex 提交 2008-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 564–584（21 aa）片段：RESIDUES 564-584 链 C 564–584（21 aa）片段：RESIDUES 564-584 链 D 564–584（21 aa）片段：RESIDUES 564-584	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.320
4AE2 Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer 提交 2012-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 B 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 C 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 NO3 NITRATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；20% PEG 3350, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 6.5, POTASSIUM NITRATE 0.2 M	分辨率 1.68 Å R-free 0.214
4AEJ Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 B 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466 链 C 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE OF PROCOLLAGEN III, RESIDUES 1222-1466	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 0.2 M NACL	分辨率 2.21 Å R-free 0.237
4AK3 Crystal structure of Human fibrillar procollagen type III C- propeptide trimer 提交 2012-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1222–1466（245 aa）片段：CPROPEPTIDE, RESIDUES 1222-1466	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.337
6FZV Crystal structure of the metalloproteinase enhancer PCPE-1 bound to the procollagen C propeptide trimer (short) 提交 2018-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1222–1466（245 aa）链 B 1222–1466（245 aa）链 C 1222–1466（245 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 FLC CITRATE ANION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 180 mM NaCl, 2.5 mM calcium chloride; 0.2 M potassium citrate, 16% PEG3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
6FZW Crystal structure of the metalloproteinase enhancer PCPE-1 bound to the procollagen C propeptide trimer (long) 提交 2018-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1185–1466（282 aa）链 B 1185–1466（282 aa）链 C 1185–1466（282 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 FLC CITRATE ANION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 180 mM NaCl, 2.5 mM calcium chloride; 0.2 M ammonium citrate, 18% PEG3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.271
7WWR Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec 提交 2022-02-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 973–1002（30 aa）链 B 973–1002（30 aa）链 C 973–1002（30 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MIB pH5.0, 25% PEG 1500	分辨率 1.30 Å R-free 0.194
7WWS Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec 提交 2022-02-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 976–1002（27 aa）链 B 976–1002（27 aa）链 C 976–1002（27 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M MgAc2, 0.1M Na cacodylate pH6.5, 20% PEG 8000	分辨率 1.30 Å R-free 0.158
7XAN Structure of a triple-helix region of human collagen type III from Trautec 提交 2022-03-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 922–948（27 aa）链 B 922–948（27 aa）链 C 922–948（27 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.04M K phosphate monobasic, 16% w/v PEG 8000, 20% v/v Glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.200

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO3A1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–42； UniProt 1158–1199 作者链 B； PDB构建体 1–42； UniProt 1158–1199 作者链 C； PDB构建体 1–42； UniProt 1158–1199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dmw
沉积日期 deposition_date	2008-07-01
结构标题 title	Crystal structure of human type III collagen G982-G1023 containing C-terminal cystine knot
关键词 keywords	;collagen III, cystine knot, triple helix, glycine, MAD phasing, Alternative splicing, Disease mutation, Ehlers-Danlos syndrome, Extracellular matrix, Glycoprotein, Hydroxylation, Phosphoprotein, Polymorphism, Secreted, Structural protein ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.36 Å
零角强度 I(0) i0	2907010.00
分子量 molecular_weight	10753.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12605 Å³
包络体积 envelope_volume	17969 Å³
水化壳体积 shell_volume	7345 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.03 Å
包络 Rg envelope_rg	31.64 Å
形状 Rg shape_rg	30.34 Å
总 Rg total_rg	29.88 Å
总原子数 total_atoms	740
残基数 n_residues	87
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9070e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7610e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2906000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3902
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	11.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.751
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.162
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62570.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.012; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.127; Positv: 1.000; Valcen: 0.003; Smooth: 0.653

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	31.980 Å
晶胞边长 b length_b	21.520 Å
晶胞边长 c length_c	68.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	34.450 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2740

描述 description	Collagen alpha-1(III) chain
分子量 formula_weight	3973.1 kDa
突变 mutation	Q1183M
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	801

Crystal structure of human type III collagen G982-G1023 containing C-terminal cystine knot

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(III) chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

fit	/app/data/saxs_computation/dm/3dmw/3dmw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dm/3dmw/3dmw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dm/3dmw/3dmw.dat