3dom

Crystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II transcription factor B subunit 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q02939

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 (Q3E7C1) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 × 1 (Q3E7C1) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFB2_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 7–108; UniProt 412–513 作者链 C; PDB构建体 7–108; UniProt 412–513

RNA polymerase II transcription factor B subunit 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q3E7C1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 (Q02939) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 (Q02939) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFB5_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–71; UniProt 2–72 作者链 D; PDB构建体 1–71; UniProt 2–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dom
沉积日期 deposition_date2008-07-04
结构标题 titleCrystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2
关键词 keywords;protein-protein complex, heterodimer, beta-alpha-beta split, beta-strand addition, DNA damage, DNA excision, DNA repair, Nucleus, Transcription, Transcription regulation ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dom__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dom__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dom__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)17.70 Å
Rg(电子密度)16.92 Å
总 Rg17.97 Å
原子数1069
残基数131
排除体积19294 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3dom__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3dom__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3domb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.295 — TFB5-like
超家族 Superfamily superfamilyd.295.1 — TFB5-like
家族 Family familyd.295.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3domd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.295 — TFB5-like
超家族 Superfamily superfamilyd.295.1 — TFB5-like
家族 Family familyd.295.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3domA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2610 —
结构域编号 domain_id3domB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TFB5-like
结构域编号 domain_id3domC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2610 —
结构域编号 domain_id3domD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TFB5-like
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7. 引用文献 (2)