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3dp4

Crystal structure of the binding domain of the AMPA subunit GluR3 bound to AMPA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor 3

Rattus norvegicus

UniProt P19492

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 416–530 链 A； UniProt 658–800 片段：S1S2 binding domain ZN ZINC ION × 2 AMQ (S)-ALPHA-AMINO-3-HYDROXY-5-METHYL-4-ISOXAZOLEPROPIONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；277 K；15-17% PEG 1450, 0.2 M Zn acetate, 0.2 M Ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.11 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 3DP4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3DLN Crystal structure of the binding domain of the AMPA subunit GluR3 bound to glutamate 提交 2008-06-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 416–530（115 aa） 片段：S1S2 binding domain
链 A 658–800（143 aa） 片段：S1S2 binding domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；15% PEG 8000, 0.2 M Zn acetate, 0.1 M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.91 Å R-free 0.235
3LSW Aniracetam bound to the ligand binding domain of GluA3 提交 2010-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 4MP 1-(4-METHOXYBENZOYL)-2-PYRROLIDINONE × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16-18% PEG8K, 0.1 M Na Cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.217
3LSX Piracetam bound to the ligand binding domain of GluA3 提交 2010-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 PZI 2-(2-oxopyrrolidin-1-yl)acetamide × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16-18% PEG8K, 0.1 M Na Cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.01 Å R-free 0.222
3M3F PEPA bound to the ligand binding domain of GluA3 (flop form) 提交 2010-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
链 A 658–799（142 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 P99 2-[2,6-difluoro-4-({2-[(phenylsulfonyl)amino]ethyl}sulfanyl)phenoxy]acetamide × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.285
3M3K Ligand binding domain (S1S2) of GluA3 (flop) 提交 2010-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
链 A 658–799（142 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
链 C 417–530（114 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
链 C 658–799（142 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.79 Å R-free 0.240
3M3K Ligand binding domain (S1S2) of GluA3 (flop) 提交 2010-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 417–530（114 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
链 E 658–799（142 aa） 片段：UNP residues 417-530, 658-799
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.79 Å R-free 0.240
3O21 High resolution structure of GluA3 N-terminal domain (NTD) 提交 2010-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
链 B 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；18% PEG 3350, 230mM sodium dihydrogen phosphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.258
3O21 High resolution structure of GluA3 N-terminal domain (NTD) 提交 2010-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
链 D 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；18% PEG 3350, 230mM sodium dihydrogen phosphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.258
3P3W Structure of a dimeric GluA3 N-terminal domain (NTD) at 4.2 A resolution 提交 2010-10-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
链 C 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；293 K；200mM ammonium phosphate, 20% PEG3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 4.20 Å R-free 0.338
3P3W Structure of a dimeric GluA3 N-terminal domain (NTD) at 4.2 A resolution 提交 2010-10-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
链 D 23–403（381 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；293 K；200mM ammonium phosphate, 20% PEG3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 4.20 Å R-free 0.338
3RT6 Fluorowillardiine bound to the ligand binding domain of GluA3 提交 2011-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 417–530（114 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 658–799（142 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 FWD 2-AMINO-3-(5-FLUORO-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-PROPIONIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG8000, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.84 Å R-free 0.255
3RT8 Chlorowillardiine bound to the ligand binding domain of GluA3 提交 2011-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 A 658–799（142 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 CWD 3-(5-chloro-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-L-alanine × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG8000, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.43 Å R-free 0.278
4F1Y CNQX bound to the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
链 C 417–530（114 aa）
链 C 658–799（142 aa）
未记录 CNI 7-nitro-2,3-dioxo-2,3-dihydroquinoxaline-6-carbonitrile × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.79 Å R-free 0.251
4F22 Kainate bound to the K660A mutant of the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
突变：K660A 突变：K660A KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.06 Å R-free 0.244
4F29 Quisqualate bound to the ligand binding domain of GluA3i 提交 2012-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
未记录 QUS (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.240
4F2O Quisqualate bound to the D655A mutant of the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
突变：D655A 突变：D655A QUS (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.91 Å R-free 0.228
4F2O Quisqualate bound to the D655A mutant of the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
突变：D655A 突变：D655A QUS (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.91 Å R-free 0.228
4F2Q Quisqualate bound to the D655A mutant of the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
突变：D655A 突变：D655A QUS (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.261
4F31 Kainate bound to the D655A mutant of the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 417–530（114 aa）
链 B 658–799（142 aa）
链 D 417–530（114 aa）
链 D 658–799（142 aa）
突变：D655A 突变：D655A 突变：D655A 突变：D655A KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.29 Å R-free 0.248
4F39 Kainate bound to the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.83 Å R-free 0.225
4F3B Glutamate bound to the D655A mutant of the ligand binding domain of GluA3 提交 2012-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
突变：D655A 突变：D655A GLU GLUTAMIC ACID × 2 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.82 Å R-free 0.238
4F3G Kainate bound to the ligand binding domain of GluA3i 提交 2012-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 417–530（114 aa）
链 A 658–799（142 aa）
未记录 KAI 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；14-15% PEG 8K, 0.1 M sodium cacodylate, 0.1-0.15 M zinc acetate, 0.25 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.06 Å R-free 0.245
5FWY Crystal structure of the AMPA receptor GluA2/A3 N-terminal domain heterodimer 提交 2016-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–403（381 aa） 片段：RESIDUES 23-403
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 14-16 % PEG 3350, 0.27 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M BICINE PH 9
分辨率 2.12 Å R-free 0.231
5FWY Crystal structure of the AMPA receptor GluA2/A3 N-terminal domain heterodimer 提交 2016-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–403（381 aa） 片段：RESIDUES 23-403
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 14-16 % PEG 3350, 0.27 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M BICINE PH 9
分辨率 2.12 Å R-free 0.231
5IDE Cryo-EM structure of GluA2/3 AMPA receptor heterotetramer (model I) 提交 2016-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 24–888（865 aa）
链 D 24–888（865 aa）
突变：R439G, R265C 突变：R439G, R265C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM Tris pH 7.4, 0.25 % DDM, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Incubated for 1 minute, blotted for 3 seconds
分辨率 8.25 Å
5IDF Cryo-EM structure of GluA2/3 AMPA receptor heterotetramer (model II) 提交 2016-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 24–888（865 aa）
链 D 24–888（865 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM Tris pH 7.4, 0.25 % DDM, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Incubated for 1 minute, blotted for 3 seconds
分辨率 10.31 Å
6FLR Super-open structure of the AMPAR GluA3 N-terminal domain 提交 2018-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–403（381 aa）
链 B 23–403（381 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18% PEG3350 and 0.2 M ammonium citrate
分辨率 2.51 Å R-free 0.257
6FPJ Structure of the AMPAR GluA3 N-terminal domain bound to phosphate 提交 2018-02-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–403（381 aa）
链 C 23–403（381 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Ammonium dihydrogen phosphate pH 4.6 PEG3350
分辨率 1.96 Å R-free 0.219
6FPJ Structure of the AMPAR GluA3 N-terminal domain bound to phosphate 提交 2018-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–403（381 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Ammonium dihydrogen phosphate pH 4.6 PEG3350
分辨率 1.96 Å R-free 0.219
6NJM Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–888（888 aa）
链 C 1–888（888 aa）
未记录 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
6NJN Architecture and subunit arrangement of native AMPA receptors 提交 2019-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–888（888 aa）
未记录 ZK1 {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
9HPC The TMD and the LBD region of the AMPAR complex GluA3- TARP gamma2 in the apo state. 提交 2024-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 24–865（842 aa）
链 B 24–865（842 aa）
链 C 24–865（842 aa）
链 D 24–865（842 aa）
链 W 24–865（842 aa）
链 X 24–865（842 aa）
链 Y 24–865（842 aa）
链 Z 24–865（842 aa）
突变：R439G 突变：R439G 突变：R439G 突变：R439G 突变：R439G 突变：R439G 突变：R439G 突变：R439G 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
9HPD The NTD dimer and the interfacing LBD region of the AMPAR complex GluA3- TARP gamma2 in the open state. 提交 2024-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–865（842 aa）
链 C 24–865（842 aa）
突变：R439G 突变：R439G 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9HPE The NTD dimer and the interfacing LBD region of the AMPAR complex GluA3- TARP gamma2 in the apo state 提交 2024-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–865（842 aa）
链 C 24–865（842 aa）
突变：R439G 突变：R439G NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9HPF The NTD dimer and the interfacing LBD region of the AMPAR complex GluA3- TARP gamma2 in the desensitised state. 提交 2024-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–865（842 aa）
链 B 24–865（842 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
9HPG The NTD dimer and the interfacing LBD region of the AMPAR complex GluA3(R439G,R163I)- TARP gamma2 in the apo state. 提交 2024-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–865（842 aa）
链 C 24–865（842 aa）
突变：R439G,R163I 突变：R439G,R163I 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9HPK Open state TMD-LBD of the GluA3(R439G) with TARP gamma2 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 24–865（842 aa）
链 B 24–865（842 aa）
链 C 24–865（842 aa）
链 D 24–865（842 aa）
链 W 24–865（842 aa）
链 X 24–865（842 aa）
链 Y 24–865（842 aa）
链 Z 24–865（842 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
9QFH The composite map of of the AMPAR complex GluA3- TARP gamma2 in the apo state. 提交 2025-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 24–865（842 aa）
链 B 24–865（842 aa）
链 C 24–865（842 aa）
链 D 24–865（842 aa）
链 W 24–865（842 aa）
链 X 24–865（842 aa）
链 Y 24–865（842 aa）
链 Z 24–865（842 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 32 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA3_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 19–133； UniProt 416–530 作者链 A； PDB构建体 136–278； UniProt 658–800

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3dp4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3dp4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dp4
沉积日期 deposition_date2008-07-07
结构标题 titleCrystal structure of the binding domain of the AMPA subunit GluR3 bound to AMPA
关键词 keywords;glutamate receptor, GluR3, AMPA receptor, neurotransmitter receptor, S1S2, Alternative splicing, Cell junction, Glycoprotein, Ion transport, Ionic channel, Lipoprotein, Membrane, Palmitate, Phosphoprotein, Postsynaptic cell membrane, Synapse, Transmembrane, Transport, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.51 Å
零角强度 I(0) i014403600.00
分子量 molecular_weight29221.0 kDa
排除体积 excluded_volume36871 ų
包络体积 envelope_volume42098 ų
水化壳体积 shell_volume18965 ų
包络直径 envelope_diameter64.7 Å
壳层 Rg shell_rg24.72 Å
包络 Rg envelope_rg18.77 Å
形状 Rg shape_rg18.48 Å
总 Rg total_rg19.51 Å
总原子数 total_atoms2046
残基数 n_residues258
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.4 Å
Rg (实空间) rg_real19.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8167
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.7 Å
偏度 Skewness skewness0.201
峰度 Kurtosis kurtosis-0.408
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3073000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3dp4a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3dp4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3dp4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)