SAXSdb — 3dsf

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

a peptide from osteopontin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 40–51	未记录	Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain × 1 Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；277 K；0.2M di-ammonium hydrogen phosphate, 20% PEG3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DSF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CXD Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with its epitope peptide 提交 2008-04-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 40–51（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.2M di-sodium tartrate, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.292
9EOU Crystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in complex with a peptide. 提交 2024-03-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 153–168（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M sodium malonate pH 6.0, 9% w/v PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.202

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OSTP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–12； UniProt 40–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dsf
沉积日期 deposition_date	2008-07-12
结构标题 title	Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with W43A mutated epitope peptide
关键词 keywords	Fab, osteopontin, OPN, antibody-antigen complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.23 Å
零角强度 I(0) i0	39371600.00
分子量 molecular_weight	47654.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59159 Å³
包络体积 envelope_volume	74867 Å³
水化壳体积 shell_volume	25163 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.91 Å
包络 Rg envelope_rg	25.21 Å
形状 Rg shape_rg	25.21 Å
总 Rg total_rg	26.05 Å
总原子数 total_atoms	3352
残基数 n_residues	436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8507
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.395
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.221
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8028000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.997

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Light chain
分子量 formula_weight	23070.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3352

YIQMTQSPASLSVSVGETVTITCRASENIYSFLAWYQQKQGKSPQLLVYAATNLADGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQSEDFGTYYCQHFWGTPFTFGSGTKLEIKRSDAAPTVSIFPPSAAQLSSGGGSVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGAERGNGVLNSWTSQDSADSTYSMSSTLTSGGDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab fragment of anti-osteopontin antibody 23C3, Heavy chain
分子量 formula_weight	23132.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPKGSLKISCAASGFTFNIYAMNWVRQAPGKGLEWVARIRSQSNNYTTYYADSVKDRFTISRDDSQSMLYLQMNNLKTEDTAMYYCVRQMGDYWGQGTTLTVSSAVKTPPSVYPLAPGGGAISNSMVTLGCLVNGYFPEPVTVTWNAGSLGSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPVSTWPSEAVTCNVAHPASATSVDKAISPV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	a peptide from osteopontin
分子量 formula_weight	1241.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

VATALNPDPSQK

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3dsfH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3dsfH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3dsfL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3dsfL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.730 Å
晶胞边长 b length_b	92.058 Å
晶胞边长 c length_c	122.104 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2438
R_work r_work	0.2409
R_free r_free	0.2973

fit	/app/data/saxs_computation/ds/3dsf/3dsf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ds/3dsf/3dsf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ds/3dsf/3dsf.dat

Crystal structure of anti-osteopontin antibody 23C3 in complex with W43A mutated epitope peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

a peptide from osteopontin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)