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3dt6

Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Paraoxon

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 54.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Brain Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha

Bos taurus

UniProt Q29460

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–232 突变：C55S DEP DIETHYL PHOSPHONATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.10 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3DT6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BWP PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1998-09-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–232（232 aa）
突变：L48A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.252
1BWQ PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1998-09-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–232（232 aa）
突变：L194A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7
分辨率 2.30 Å R-free 0.274
1BWR PROBING THE SUBSTRATE SPECIFICITY OF THE INTRACELLULAR BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1998-09-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–232（232 aa）
突变：T103S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1ES9 X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF R22K MUTANT OF THE MAMMALIAN BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASES (PAF-AH) 提交 2000-04-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–232（232 aa）
突变：R22K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；1.6M Ammonium sulphate, 100mM sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 1.30 Å R-free 0.217
1FXW CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT ALPHA1/ALPHA2 CATALYTIC HETERODIMER OF BOVINE BRAIN PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE IB. 提交 2000-09-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–232（232 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；17% PEG-MME 2000, 100 mM Na acetate, pH 6.4, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1WAB PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE 提交 1996-10-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–232（232 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
3DT8 Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Sarin 提交 2008-07-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–232（232 aa）
突变：C55S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.85 Å R-free 0.231
3DT9 Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Soman 提交 2008-07-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–232（232 aa）
突变：C55S GD7 (1R)-1,2,2-TRIMETHYLPROPYL (R)-METHYLPHOSPHINATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；Ammonium sulfate, Sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.228

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PA1B3_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3dt6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3dt6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3dt6
沉积日期 deposition_date2008-07-14
结构标题 titleCrystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Paraoxon
关键词 keywords;PLATELET ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE, PAF-AH IB, ALPHA-1 SUBUNIT, LIS1, GROUP VIII PHOSPHOLIPASE A2, 26 kDa, PARAOXON, Cytoplasm, Hydrolase, Lipid degradation, PLATELET FACTOR ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.22 Å
零角强度 I(0) i09622730.00
分子量 molecular_weight22859.0 kDa
排除体积 excluded_volume28535 ų
包络体积 envelope_volume31914 ų
水化壳体积 shell_volume16381 ų
包络直径 envelope_diameter56.3 Å
壳层 Rg shell_rg22.41 Å
包络 Rg envelope_rg16.47 Å
形状 Rg shape_rg16.23 Å
总 Rg total_rg17.16 Å
总原子数 total_atoms1617
残基数 n_residues212
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax54.5 Å
Rg (实空间) rg_real17.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real9.6230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9623000.0000
解质量估计 total_estimate0.8168
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.2 Å
偏度 Skewness skewness0.075
峰度 Kurtosis kurtosis-0.420
角度范围 angular_range— – 0.4550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1671000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3dt6a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.10 — SGNH hydrolase
家族 Family familyc.23.10.3 — Acetylhydrolase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3dt6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1110 — SGNH hydrolase
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)