3dtu

Catalytic core subunits (I and II) of cytochrome c oxidase from Rhodobacter sphaeroides complexed with deoxycholic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1

Rhodobacter sphaeroides

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （Q03736） DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 6 COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HYDROXIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 HEME-A × 2 TRIDECANE × 11 CADMIUM ION × 3 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c oxidase subunit 2 × 1 （Q03736） DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 3 COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HYDROXIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 HEME-A × 2 TRIDECANE × 12 CADMIUM ION × 2 (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX1_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 C； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566

Cytochrome c oxidase subunit 2

Rhodobacter sphaeroides

UniProt Q03736

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 1 （P33517） DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 6 COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HYDROXIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 HEME-A × 2 TRIDECANE × 11 CADMIUM ION × 3 HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c oxidase subunit 1 × 1 （P33517） DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 3 COPPER (II) ION × 3 MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 HYDROXIDE ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 HEME-A × 2 TRIDECANE × 12 CADMIUM ION × 2 (3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COX2_RHOSH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–256； UniProt 26–281 作者链 D； PDB构建体 1–256； UniProt 26–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dtu
沉积日期 deposition_date	2008-07-15
结构标题 title	Catalytic core subunits (I and II) of cytochrome c oxidase from Rhodobacter sphaeroides complexed with deoxycholic acid
关键词 keywords	;TRANSMEMBRANE PROTEIN COMPLEX, deoxycholic acid, Copper, Electron transport, Heme, Hydrogen ion transport, Ion transport, Iron, Membrane, Metal-binding, Oxidoreductase, Respiratory chain, Transmembrane, Transport ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3dtu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3dtu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3dtu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.84 Å
Rg（电子密度）	27.48 Å
总 Rg	28.50 Å
原子数	6707
残基数	798
排除体积	122740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3dtu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3dtu__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	63195.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	13976

MADAAIHGHEHDRRGFFTRWFMSTNHKDIGVLYLFTGGLVGLISVAFTVYMRMELMAPGVQFMCAEHLESGLVKGFFQSLWPSAVENCTPNGHLWNVMITGHGILMMFFVVIPALFGGFGNYFMPLHIGAPDMAFPRMNNLSYWLYVAGTSLAVASLFAPGGNGQLGSGIGWVLYPPLSTSESGYSTDLAIFAVHLSGASSILGAINMITTFLNMRAPGMTMHKVPLFAWSIFVTAWLILLALPVLAGAITMLLTDRNFGTTFFQPSGGGDPVLYQHILWFFGHPEVYIIVLPAFGIVSHVIATFAKKPIFGYLPMVYAMVAIGVLGFVVWAHHMYTAGLSLTQQSYFMMATMVIAVPTGIKIFSWIATMWGGSIELKTPMLWALGFLFLFTVGGVTGIVLSQASVDRYYHDTYYVVAHFHYVMSLGAVFGIFAGIYFWIGKMSGRQYPEWAGKLHFWMMFVGANLTFFPQHFLGRQGMPRRYIDYPEAFATWNFVSSLGAFLSFASFLFFLGVIFYTLTRGARVTANNYWNEHADTLEWTLTSPPPEHTFEQLPKREDWERAPAH

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
通用名 common_name	Rhodopseudomonas sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	29365.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

QQQSLEIIGRPQPGGTGFQPSASPVATQIHWLDGFILVIIAAITIFVTLLILYAVWRFHEKRNKVPARFTHNSPLEIAWTIVPIVILVAIGAFSLPVLFNQQEIPEADVTVKVTGYQWYWGYEYPDEEISFESYMIGSPATGGDNRMSPEVEQQLIEAGYSRDEFLLATDTAMVVPVNKTVVVQVTGADVIHSWTVPAFGVKQDAVPGRLAQLWFRAEREGIFFGQCSELCGISHAYMPITVKVVSEEAYAAWLEQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
通用名 common_name	Rhodopseudomonas sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分子量 formula_weight	482.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HYDROXIDE ION
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	TRIDECANE
分子量 formula_weight	184.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	HEPTANE-1,2,3-TRIOL
分子量 formula_weight	148.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	(3ALPHA,5BETA,12ALPHA)-3,12-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID
分子量 formula_weight	392.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	636

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3dtua_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d3dtub1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d3dtub2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d3dtub3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3dtuc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d3dtud1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d3dtud2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d3dtud3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3dtuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	3dtuB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3dtuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3dtuC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	3dtuD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3dtuD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	123.243 Å
晶胞边长 b length_b	132.052 Å
晶胞边长 c length_c	167.966 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2120

Catalytic core subunits (I and II) of cytochrome c oxidase from Rhodobacter sphaeroides complexed with deoxycholic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3dtu__assembly_1__model_1

3dtu__assembly_1__model_1 | I(q)

3dtu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)