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3eb6

Structure of the cIAP2 RING domain bound to UbcH5b

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baculoviral IAP repeat-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q13489

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 536–604 片段：RING domain (RESIDUES 536 TO 604) Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 × 2 （P62840） ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；3.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K 分辨率 3.40 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3EB6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2UVL Human BIR3 domain of Baculoviral Inhibitor of Apoptosis Repeat- Containing 3 (BIRC3) 提交 2007-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 244–337（94 aa） 片段：BIR3 DOMAIN, RESIDUES 244-337
链 B 244–337（94 aa） 片段：BIR3 DOMAIN, RESIDUES 244-337
未记录 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 16% PEG 8000 40MM KPO4 20% GLYCEROL
分辨率 1.91 Å R-free 0.240
3EB5 Structure of the cIAP2 RING domain 提交 2008-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 536–604（69 aa） 片段：RING domain (UNP residues 536 to 604)
未记录 ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.4 M NH4(SO4)2, 1 M LiSO4, 0.1 M Na Citrate, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
3M0A Crystal structure of TRAF2:cIAP2 complex 提交 2010-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 26–99（74 aa） 片段：Residues 26-99
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；8% PEG 3350, 6% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.268
3M0D Crystal structure of the TRAF1:TRAF2:cIAP2 complex 提交 2010-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 26–99（74 aa） 片段：Residues 26-99
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
3M0D Crystal structure of the TRAF1:TRAF2:cIAP2 complex 提交 2010-03-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 26–99（74 aa） 片段：Residues 26-99
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.15M AmSO4, 0.1M MES, 15% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
7NK0 Structure of the BIR1 domain of cIAP2 提交 2021-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 26–102（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 10 % w/v Glycerol, 500 mM Potassium chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.356
7NK0 Structure of the BIR1 domain of cIAP2 提交 2021-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 26–102（77 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；12 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 10 % w/v Glycerol, 500 mM Potassium chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.356

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIRC3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–74； UniProt 536–604

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

Xenopus laevis

UniProt P62840

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–147 未记录 Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 × 2 （Q13489） ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；291 K；3.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K 分辨率 3.40 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UB2D2_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3eb6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3eb6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3eb6
沉积日期 deposition_date2008-08-27
结构标题 titleStructure of the cIAP2 RING domain bound to UbcH5b
关键词 keywordsRING domain, E2, Apoptosis, Metal-binding, Zinc-finger, Ligase, Ubl conjugation pathway; APOPTOSIS, LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.88 Å
零角强度 I(0) i010835100.00
分子量 molecular_weight24294.0 kDa
排除体积 excluded_volume30356 ų
包络体积 envelope_volume37288 ų
水化壳体积 shell_volume16508 ų
包络直径 envelope_diameter73.5 Å
壳层 Rg shell_rg25.21 Å
包络 Rg envelope_rg20.16 Å
形状 Rg shape_rg19.87 Å
总 Rg total_rg20.72 Å
总原子数 total_atoms1693
残基数 n_residues213
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.9 Å
Rg (实空间) rg_real20.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10840000.0000
解质量估计 total_estimate0.7970
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.6 Å
偏度 Skewness skewness0.352
峰度 Kurtosis kurtosis-0.365
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1989000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3eb6b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd3eb6b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3eb6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
结构域编号 domain_id3eb6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)