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3edu

Crystal structure of the ankyrin-binding domain of human erythroid spectrin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin beta chain, erythrocyte

Homo sapiens

UniProt P11277

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1692–1907 片段：Spectrin 14-Spectrin 15 di-repeat 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；0.1M bis-tris-propane, pH 6.2, 0.2M KSCN, 20% PEG 3,350, 3-10mM spermine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K 分辨率 2.10 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3EDU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S35 Crystal Structure of Repeats 8 and 9 of Human Erythroid Spectrin 提交 2004-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1063–1275（213 aa） 片段：repeats 8 and 9
突变：L1063E SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Sodium Citrate, 0.3 M Ammonium Sulfate, 1.2-1.3 M Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3F57 Crystal structure of human erythroid beta spectrin repeats 14 and 15 (ankyrin binding domain) 提交 2008-11-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1686–1907（222 aa） 片段：HUMAN ERYTHROID BETA SPECTRIN REPEATS 14 AND 15 (ANKYRIN BINDING DOMAIN): UNP RESIDUES 1686-1907
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；30% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.322
3F57 Crystal structure of human erythroid beta spectrin repeats 14 and 15 (ankyrin binding domain) 提交 2008-11-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1686–1907（222 aa） 片段：HUMAN ERYTHROID BETA SPECTRIN REPEATS 14 AND 15 (ANKYRIN BINDING DOMAIN): UNP RESIDUES 1686-1907
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；30% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.322
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1583–1906（324 aa） 片段：UNP residues 1583-1906
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1583–1906（324 aa） 片段：UNP residues 1583-1906
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3KBU Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1583–1906（324 aa） 片段：UNP residues 1583-1906
突变：E1680C HG MERCURY (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.75 Å R-free 0.277
3KBU Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1583–1906（324 aa） 片段：UNP residues 1583-1906
突变：E1680C HG MERCURY (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.75 Å R-free 0.277
3LBX Crystal Structure of the Erythrocyte Spectrin Tetramerization Domain Complex 提交 2010-01-08 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1902–2084（183 aa） 片段：UNP residues 1902-2084
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG-6000, 10% glycerol, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.299

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–218； UniProt 1692–1907

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3edu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3edu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3edu
沉积日期 deposition_date2008-09-03
结构标题 titleCrystal structure of the ankyrin-binding domain of human erythroid spectrin
关键词 keywords;spectrin, ankyrin, ankyrin-binding domain, Actin capping, Actin-binding, Cytoskeleton, Disease mutation, Elliptocytosis, Hereditary hemolytic anemia, Phosphoprotein, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.56 Å
零角强度 I(0) i08211750.00
分子量 molecular_weight21223.0 kDa
排除体积 excluded_volume26410 ų
包络体积 envelope_volume34127 ų
水化壳体积 shell_volume12994 ų
包络直径 envelope_diameter95.5 Å
壳层 Rg shell_rg28.50 Å
包络 Rg envelope_rg27.02 Å
形状 Rg shape_rg26.57 Å
总 Rg total_rg26.79 Å
总原子数 total_atoms1499
残基数 n_residues191
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.4 Å
Rg (实空间) rg_real26.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real8.2120e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8211000.0000
解质量估计 total_estimate0.6903
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.2 Å
偏度 Skewness skewness0.637
峰度 Kurtosis kurtosis-0.381
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha996600.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.324; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.070; Smooth: 0.926
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3eduA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)