SAXSdb — 3kbu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin beta chain, erythrocyte

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1583–1906	片段：UNP residues 1583-1906 突变：E1680C	Ankyrin-1 × 1 （P16157） HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.277
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1583–1906	片段：UNP residues 1583-1906 突变：E1680C	Ankyrin-1 × 1 （P16157） HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KBU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S35 Crystal Structure of Repeats 8 and 9 of Human Erythroid Spectrin 提交 2004-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1063–1275（213 aa）片段：repeats 8 and 9	突变：L1063E	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Sodium Citrate, 0.3 M Ammonium Sulfate, 1.2-1.3 M Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3EDU Crystal structure of the ankyrin-binding domain of human erythroid spectrin 提交 2008-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1692–1907（216 aa）片段：Spectrin 14-Spectrin 15 di-repeat	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；0.1M bis-tris-propane, pH 6.2, 0.2M KSCN, 20% PEG 3,350, 3-10mM spermine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
3F57 Crystal structure of human erythroid beta spectrin repeats 14 and 15 (ankyrin binding domain) 提交 2008-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1686–1907（222 aa）片段：HUMAN ERYTHROID BETA SPECTRIN REPEATS 14 AND 15 (ANKYRIN BINDING DOMAIN): UNP RESIDUES 1686-1907	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；30% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.322
3F57 Crystal structure of human erythroid beta spectrin repeats 14 and 15 (ankyrin binding domain) 提交 2008-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1686–1907（222 aa）片段：HUMAN ERYTHROID BETA SPECTRIN REPEATS 14 AND 15 (ANKYRIN BINDING DOMAIN): UNP RESIDUES 1686-1907	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；30% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.322
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1583–1906（324 aa）片段：UNP residues 1583-1906	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1583–1906（324 aa）片段：UNP residues 1583-1906	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3LBX Crystal Structure of the Erythrocyte Spectrin Tetramerization Domain Complex 提交 2010-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1902–2084（183 aa）片段：UNP residues 1902-2084	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG-6000, 10% glycerol, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.299

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPTB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–326； UniProt 1583–1906 作者链 B； PDB构建体 3–326； UniProt 1583–1906

Ankyrin-1

Homo sapiens

UniProt P16157

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 911–1068	片段：UNP residues 911-1068	Spectrin beta chain, erythrocyte × 1 （P11277） HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.277
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 911–1068	片段：UNP residues 911-1068	Spectrin beta chain, erythrocyte × 1 （P11277） HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KBU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N11 D34 REGION OF HUMAN ANKYRIN-R AND LINKER 提交 2002-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 402–827（426 aa）片段：D34 region	未记录	BR BROMIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG400, HEPES, NaBr, CaCl2, acetonitrile, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.303
2YQF Solution structure of the death domain of Ankyrin-1 提交 2007-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1394–1497（104 aa）片段：death domain, UNP residues 1394-1497	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YVI Crystal structure of a death domain of human ankryn protein 提交 2007-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1394–1497（104 aa）片段：UNP residues 1394-1497, death domain	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M NaCl, 0.1M TrisCl pH8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.217
2YVI Crystal structure of a death domain of human ankryn protein 提交 2007-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1394–1497（104 aa）片段：UNP residues 1394-1497, death domain	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M NaCl, 0.1M TrisCl pH8.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.217
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3F59 Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin 提交 2008-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 911–1068（158 aa）片段：ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068	未记录	BR BROMIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 911–1068（158 aa）片段：UNP residues 911-1068	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3KBT Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK) 提交 2009-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 911–1068（158 aa）片段：UNP residues 911-1068	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；Protein complex at 7.5 mg/mL mixed 1:1 with 0.05 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 10% PEG-4000, 5 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.75 Å R-free 0.292
3UD1 Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 911–1233（323 aa）片段：ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233	未记录	EOH ETHANOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3UD1 Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 911–1233（323 aa）片段：ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233	未记录	EOH ETHANOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3UD1 Crystal structure of ZU5A-ZU5B domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 911–1233（323 aa）片段：ZU5A-ZU5B Ankyrin-R, UNP residues 911-1233	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3UD2 Crystal structure of Selenomethionine ZU5A-ZU5B protein domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 911–1233（323 aa）片段：SeMet ZU5A-ZU5B Ankyrin-R,UNP residues 911-1233	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
3UD2 Crystal structure of Selenomethionine ZU5A-ZU5B protein domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 911–1233（323 aa）片段：SeMet ZU5A-ZU5B Ankyrin-R,UNP residues 911-1233	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 16 EOH ETHANOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
3UD2 Crystal structure of Selenomethionine ZU5A-ZU5B protein domains of human erythrocyte ankyrin 提交 2011-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 911–1233（323 aa）片段：SeMet ZU5A-ZU5B Ankyrin-R,UNP residues 911-1233	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；283.15 K；25% ethanol, 0.1 M Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
7TW3 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B2P1A1) from red blood cell 提交 2022-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7TW5 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B2P1A2) from red blood cell 提交 2022-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 1–1881（1881 aa）链 H 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
7TW6 Cryo-EM structure of human ankyrin complex (B4P1A1) from red blood cell 提交 2022-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.60 Å
7UZQ Local refinement of RhAG-RhCE-ANK1(AR1-5), from consensus refinement of all classes 提交 2022-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–201（201 aa）片段：AR1-5 (UNP residues 1-201)	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 AJP Digitonin × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.17 Å
7UZU Ankyrin-1 (N-terminal region of membrane binding domain, local refinement from consensus reconstruction; bound to N-terminal peptide from band 3) 提交 2022-05-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL and 0.01% ( w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.30 Å
7V0K Consensus refinement of human erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.40 Å
7V0M Local refinement of ankyrin-1 (N-terminal half), class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.70 Å
7V0S Local refinement of RhAG/CE trimer, class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 AJP Digitonin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.50 Å
7V0X Local refinement of ankyrin-1 (C-terminal half), class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds.	分辨率 3.00 Å
8CS9 Composite reconstruction of Class 1 of the erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 8 AJP Digitonin × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.74 Å
8CSL Sub-tomogram averaging of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；130 mM KCl, 10 mM HEPES, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 25.00 Å
8CSV Local refinement of Anykyrin-1 (N-terminal half of membrane binding domain) in Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex 提交 2022-05-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.70 Å
8CTE Class 2 of erythrocyte ankyrin-1 complex (Composite map) 提交 2022-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–1881（1881 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 10 AJP Digitonin × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4-6 seconds, wait time 30 seconds	分辨率 2.90 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–161； UniProt 911–1068 作者链 D； PDB构建体 4–161； UniProt 911–1068

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kbu
沉积日期 deposition_date	2009-10-20
结构标题 title	Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative
关键词 keywords	;complex, spectrin, spectrin repeat, three helix bundle, ankyrin binding, disease mutation, structural protein, ankyrin, ZU5, beta sandwich, spectrin binding, cytoskeleton, membrane skeleton, Actin capping, Actin-binding, Elliptocytosis, Hereditary hemolytic anemia, Phosphoprotein, Alternative promoter usage, ANK repeat, Lipoprotein, Membrane, Sarcoplasmic reticulum ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.66 Å
零角强度 I(0) i0	177838000.00
分子量 molecular_weight	102640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126080 Å³
包络体积 envelope_volume	185490 Å³
水化壳体积 shell_volume	42209 Å³
包络直径 envelope_diameter	161.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.85 Å
包络 Rg envelope_rg	41.04 Å
形状 Rg shape_rg	40.77 Å
总 Rg total_rg	40.31 Å
总原子数 total_atoms	7125
残基数 n_residues	892
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8348
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.477
峰度 Kurtosis kurtosis	0.125
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7657000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.856; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spectrin beta chain, erythrocyte
分子量 formula_weight	37219.4 kDa
突变 mutation	E1680C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7125

SNANEAQQYYLDADEAEAWIGEQELYVISDEIPKDEEGAIVMLKRHLRQQRAVEDYGRNIKQLASRAQGLLSAGHPEGEQIIRLQGQVDKHYAGLKDVACERKRKLENMYHLFQLKRETDDLEQWISEKELVASSPEMGQDFDHVTLLRDKFRDFARETGAIGQERVDNVNAFIERLIDAGHSEAATIAEWKDGLNEMWADLLELIDTRMQLLAASYDLHRYFYTGAEILGLIDEKHRELPEDVGLDASTAESFHRVHTAFERDVHLLGVQVQQFQDVATRLQTAYAGEKAEAIQNKEQEVSAAWQALLDACAGRRTQLVDTADKF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ankyrin-1
分子量 formula_weight	17885.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SNATGFLVSFMVDARGGSMRGSRHNGLRVVIPPRTCAAPTRITCRLVKPQKLSTPPPLAEEEGLASRIIALGPTGAQFLSPVIVEIPHFASHGRGDRELVVLRSENGSVWKEHRSRYGESYLDQILNGMDEELGSLEELEKKRVCRIITTDFPLYFVIMSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3kbuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3kbuB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3kbuC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3kbuD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.130 Å
晶胞边长 b length_b	98.540 Å
晶胞边长 c length_c	137.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	37.820 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2253
R_free r_free	0.2772

fit	/app/data/saxs_computation/kb/3kbu/3kbu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kb/3kbu/3kbu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kb/3kbu/3kbu.dat

Crystal structure of the ankyrin binding domain of human erythroid beta spectrin (repeats 13-15) in complex with the spectrin binding domain of human erythroid ankyrin (ZU5-ANK), EMTS derivative

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin beta chain, erythrocyte

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ankyrin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)