SAXSdb — 3eip

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)

Escherichia coli str. K12 substr.

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–85 链 B； UniProt 2–85	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES BUFFER, PH 6.0, pH 6.00	分辨率 1.80 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EIP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E44 ribonuclease domain of colicin E3 in complex with its immunity protein 提交 2000-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–85（85 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1 M NA CITRATE PH 5.6, 20% ISOPROPANOL, 10% PEG 4000	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
1JCH Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein 提交 2001-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–84（84 aa）链 D 1–84（84 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；SODIUM CITRATE, CADMIUM ACETATE, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 3.02 Å R-free 0.283
1JCH Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein 提交 2001-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–84（84 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；SODIUM CITRATE, CADMIUM ACETATE, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 3.02 Å R-free 0.283
1JCH Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein 提交 2001-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–84（84 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；SODIUM CITRATE, CADMIUM ACETATE, ph 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 3.02 Å R-free 0.283
2B5U Crystal Structure Of Colicin E3 V206C Mutant In Complex With Its Immunity Protein 提交 2005-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–84（84 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2B5U Crystal Structure Of Colicin E3 V206C Mutant In Complex With Its Immunity Protein 提交 2005-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–84（84 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.295
4UDM Crystal structure of Im3 in complex with Y52A mutant of E3RNase 提交 2014-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–85（85 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 50MM CACL2,30%PEG550MME	分辨率 2.96 Å R-free 0.214

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–84； UniProt 2–85 作者链 B； PDB构建体 1–84； UniProt 2–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eip
沉积日期 deposition_date	1999-03-29
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN: AN INHIBITOR TO A RIBOSOME-INACTIVATING RNASE
关键词 keywords	RIBONUCLEASE INHIBITOR, COLICIN, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.36 Å
零角强度 I(0) i0	7316360.00
分子量 molecular_weight	19584.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24236 Å³
包络体积 envelope_volume	28343 Å³
水化壳体积 shell_volume	14743 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.96 Å
包络 Rg envelope_rg	16.37 Å
形状 Rg shape_rg	16.34 Å
总 Rg total_rg	17.36 Å
总原子数 total_atoms	1387
残基数 n_residues	168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3160e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7316000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8291
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.579
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1686000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)
分子量 formula_weight	9779.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1505

GLKLDLTWFDKSTEDFKGEEYSKDFGDDGSVMESLGVPFKDNVNNGCFDVIAEWVPLLQPYFNHQIDISDNEYFVSFDYRDGDW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K12 substr. W3110

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	118

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3eipa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.2 — Colicin E3 immunity protein
家族 Family family	d.26.2.1 — Colicin E3 immunity protein

结构域编号 domain_id	d3eipb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.2 — Colicin E3 immunity protein
家族 Family family	d.26.2.1 — Colicin E3 immunity protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3eipA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cloacin immunity protein

结构域编号 domain_id	3eipB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cloacin immunity protein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.070 Å
晶胞边长 b length_b	53.720 Å
晶胞边长 c length_c	36.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	44.600 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2178
R_free r_free	0.2651

fit	/app/data/saxs_computation/ei/3eip/3eip.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ei/3eip/3eip.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ei/3eip/3eip.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN: AN INHIBITOR TO A RIBOSOME-INACTIVATING RNASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction