3eq5

Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ski-like protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
11	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
12	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 137–238	片段：UNP Residues 137-238	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EQ5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5C4V Ski-like protein 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 238–356（119 aa）片段：residues 238-356	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
5C4V Ski-like protein 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 238–356（119 aa）片段：residues 238-356	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
5C4V Ski-like protein 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 238–356（119 aa）片段：residues 238-356	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.242

共 1 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKIL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 B； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 C； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 D； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 E； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 F； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 G； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 H； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 I； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 J； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 K； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 L； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eq5
沉积日期 deposition_date	2008-09-30
结构标题 title	Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein
关键词 keywords	;SKIL, SKI-LIKE PROTEIN, SNO, RECEPTOR SIGNALLING, TGF-BETA, SIGNALING PROTEIN, Structural Genomics, SGC Stockholm, Structural Genomics Consortium, SGC ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.12 Å
零角强度 I(0) i0	255860000.00
分子量 molecular_weight	128610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161500 Å³
包络体积 envelope_volume	229870 Å³
水化壳体积 shell_volume	53634 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.20 Å
包络 Rg envelope_rg	35.10 Å
形状 Rg shape_rg	36.14 Å
总 Rg total_rg	36.52 Å
总原子数 total_atoms	8968
残基数 n_residues	1156
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.6 Å
Rg (实空间) rg_real	36.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	255900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.175
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.377
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.897

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d3eq5a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3eq5b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5i_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5j_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5k_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5l_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3eq5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	210.820 Å
晶胞边长 b length_b	70.120 Å
晶胞边长 c length_c	116.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	19.830 Å
R 因子 r_factor	0.2345
R_work r_work	0.2324
R_free r_free	0.2743

描述 description	Ski-like protein
分子量 formula_weight	14001.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	9437

Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ski-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	343

fit	/app/data/saxs_computation/eq/3eq5/3eq5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/3eq5/3eq5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/3eq5/3eq5.dat