3eq5

Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ski-like protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKIL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 B； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 C； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 D； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 E； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 F； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 G； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 H； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 I； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 J； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 K； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238 作者链 L； PDB构建体 24–125； UniProt 137–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eq5
沉积日期 deposition_date	2008-09-30
结构标题 title	Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein
关键词 keywords	;SKIL, SKI-LIKE PROTEIN, SNO, RECEPTOR SIGNALLING, TGF-BETA, SIGNALING PROTEIN, Structural Genomics, SGC Stockholm, Structural Genomics Consortium, SGC ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3eq5__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3eq5__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3eq5__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.32 Å
Rg（电子密度）	13.06 Å
总 Rg	14.12 Å
原子数	735
残基数	95
排除体积	13238 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3eq5__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3eq5__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3eq5__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3eq5__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3eq5__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3eq5__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3eq5__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3eq5__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3eq5__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`3eq5__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`3eq5__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`3eq5__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d3eq5a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3eq5b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5i_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5j_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5k_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

结构域编号 domain_id	d3eq5l_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.6 — Putative DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.6.1 — Putative DNA-binding domain
家族 Family family	a.6.1.4 — Dachshund-homology domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3eq5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

结构域编号 domain_id	3eq5L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	260 — Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ski

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晶胞边长 a length_a	210.820 Å
晶胞边长 b length_b	70.120 Å
晶胞边长 c length_c	116.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	19.830 Å
R 因子 r_factor	0.2345
R_work r_work	0.2324
R_free r_free	0.2743

描述 description	Ski-like protein
分子量 formula_weight	14001.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	9437

Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ski-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3eq5__assembly_7__model_1

3eq5__assembly_7__model_1 | I(q)

3eq5__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	343

Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ski-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3eq5__assembly_7__model_1

3eq5__assembly_7__model_1 | I(q)

3eq5__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)