3eqp

Crystal Structure of Ack1 with compound T95

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.9 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activated CDC42 kinase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 117–392 链 B； UniProt 117–392	片段：UNP residues 117-392	T95 N-(2,6-dimethylphenyl)-4-(2-ethoxyphenoxy)-2-({4-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]phenyl}amino)pyrimidine-5-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.284
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 117–392	片段：UNP residues 117-392	T95 N-(2,6-dimethylphenyl)-4-(2-ethoxyphenoxy)-2-({4-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]phenyl}amino)pyrimidine-5-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.284
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 117–392	片段：UNP residues 117-392	T95 N-(2,6-dimethylphenyl)-4-(2-ethoxyphenoxy)-2-({4-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]phenyl}amino)pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3EQP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CF4 CDC42/ACK GTPASE-BINDING DOMAIN COMPLEX 提交 1999-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–489（44 aa）片段：GTPASE-BINDING DOMAIN	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 [50%2H; 100%15N,13C]-labelled Cdc42, unlabelled f-ACK, 90% H2O/10% \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-15N] f-ACK, Cdc42, 90% H2O/10% \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-13C; U-15N] f-ACK, Cdc42, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-13C; U-15N] Cdc42, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 [U-100% 15N] Cdc42, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1U46 Crystal Structure of the Unphosphorylated Kinase Domain of the Tyrosine Kinase ACK1 提交 2004-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 109–395（287 aa）片段：Kinase Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, sodium chloride, HEPES, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1U46 Crystal Structure of the Unphosphorylated Kinase Domain of the Tyrosine Kinase ACK1 提交 2004-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 109–395（287 aa）片段：Kinase Domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, sodium chloride, HEPES, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1U4D Structure of the ACK1 Kinase Domain bound to Debromohymenialdisine 提交 2004-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–296（287 aa）片段：Kinase Domain	未记录	DBQ DEBROMOHYMENIALDISINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；PEG 2000, sodium chloride, magnesium chloride, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1U4D Structure of the ACK1 Kinase Domain bound to Debromohymenialdisine 提交 2004-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 10–296（287 aa）片段：Kinase Domain	未记录	DBQ DEBROMOHYMENIALDISINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；PEG 2000, sodium chloride, magnesium chloride, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1U54 Crystal Structures of the Phosphorylated and Unphosphorylated Kinase Domains of the CDC42-associated Tyrosine Kinase ACK1 bound to AMP-PCP 提交 2004-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 109–395（287 aa）片段：Kinase Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；291 K；PEG 4000, lithium sulfate, magnesium chloride, sodium chloride, AMP-PCP, Tris, TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 8.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.322
1U54 Crystal Structures of the Phosphorylated and Unphosphorylated Kinase Domains of the CDC42-associated Tyrosine Kinase ACK1 bound to AMP-PCP 提交 2004-07-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 109–395（287 aa）片段：Kinase Domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；291 K；PEG 4000, lithium sulfate, magnesium chloride, sodium chloride, AMP-PCP, Tris, TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 8.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.322
3EQR Crystal Structure of Ack1 with compound T74 提交 2008-10-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–392（276 aa）片段：UNP residues 117-392 链 B 117–392（276 aa）片段：UNP residues 117-392	未记录	T74 N~3~-(2,6-dimethylphenyl)-1-(3-methoxy-3-methylbutyl)-N~6~-(4-piperazin-1-ylphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-3,6-diamine × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
3EQR Crystal Structure of Ack1 with compound T74 提交 2008-10-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 117–392（276 aa）片段：UNP residues 117-392	未记录	T74 N~3~-(2,6-dimethylphenyl)-1-(3-methoxy-3-methylbutyl)-N~6~-(4-piperazin-1-ylphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-3,6-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
3EQR Crystal Structure of Ack1 with compound T74 提交 2008-10-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 117–392（276 aa）片段：UNP residues 117-392	未记录	T74 N~3~-(2,6-dimethylphenyl)-1-(3-methoxy-3-methylbutyl)-N~6~-(4-piperazin-1-ylphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-3,6-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
4EWH Co-crystal structure of ACK1 with inhibitor 提交 2012-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–391（275 aa）链 B 117–391（275 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	T77 6-{4-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-N-(1,3-dithiolan-2-ylmethyl)-5-phenyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.313
4HZR Crystal structure of Ack1 kinase domain 提交 2012-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–389（275 aa）片段：protein kinase domain (UNP residues 115-389)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；286 K；0.1 M bicine, pH 9.0, 12-15% PEG400, 25 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 1.31 Å R-free 0.209
4HZR Crystal structure of Ack1 kinase domain 提交 2012-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–389（275 aa）片段：protein kinase domain (UNP residues 115-389)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；286 K；0.1 M bicine, pH 9.0, 12-15% PEG400, 25 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 1.31 Å R-free 0.209
4HZS Crystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain 提交 2012-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–453（339 aa）片段：protein kinase and SH3 domains (UNP residues 115-453)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；286 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6, 22-24% PEG3350, 10-20 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 3.23 Å R-free 0.270
4HZS Crystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain 提交 2012-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 115–453（339 aa）片段：protein kinase and SH3 domains (UNP residues 115-453)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；286 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6, 22-24% PEG3350, 10-20 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 3.23 Å R-free 0.270
4HZS Crystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain 提交 2012-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 115–453（339 aa）片段：protein kinase and SH3 domains (UNP residues 115-453)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；286 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6, 22-24% PEG3350, 10-20 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 3.23 Å R-free 0.270
4HZS Crystal structure of Ack1 kinase domain with C-terminal SH3 domain 提交 2012-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 115–453（339 aa）片段：protein kinase and SH3 domains (UNP residues 115-453)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；286 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.6, 22-24% PEG3350, 10-20 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 3.23 Å R-free 0.270
4ID7 ACK1 kinase in complex with the inhibitor cis-3-[8-amino-1-(4-phenoxyphenyl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]cyclobutanol 提交 2012-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–389（273 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 117-389	未记录	1G0 cis-3-[8-amino-1-(4-phenoxyphenyl)imidazo[1,5-a]pyrazin-3-yl]cyclobutanol × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 ligang replacement；ligang replacement	分辨率 3.00 Å R-free 0.259
5ZXB Crystal structure of ACK1 with compound 10d 提交 2018-05-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–391（275 aa）链 B 117–391（275 aa）	未记录	9KO N-{3-[7-{[6-(4-acetylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl]amino}-1-methyl-2-oxo-1,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidin-3(2H)-yl]-4-methylphenyl}-3-(trifluoromethyl)benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.3；291 K；0.1M Bis-Tris pH6.3 0.2M AmSO4 28% PEG3350 10mM DTT	分辨率 2.20 Å R-free 0.257
6VQM Crystal Structure Analysis of human ACK1 提交 2020-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 109–395（287 aa）链 B 109–395（287 aa）	未记录	R7P 2-({4-[(3R,5S)-3,5-dimethylpiperazin-1-yl]-2-methoxyphenyl}amino)-9-methyl-5,7-dihydro-6H-pyrimido[5,4-d][1,3]benzodiazepin-6-one × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；PEG4000	分辨率 2.87 Å R-free 0.330
7KP6 Structure of Ack1 kinase in complex with a selective inhibitor 提交 2020-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–391（282 aa）片段：kinase domain	未记录	WTP 5-chloro-N~2~-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-N~4~-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}pyrimidine-2,4-diamine × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；50mM Bis-Tris (pH 6.5), 23 % (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgCl2, and 2.5% Glycerol	分辨率 1.79 Å R-free 0.203
7KP6 Structure of Ack1 kinase in complex with a selective inhibitor 提交 2020-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–391（282 aa）片段：kinase domain	未记录	WTP 5-chloro-N~2~-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-N~4~-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；50mM Bis-Tris (pH 6.5), 23 % (w/v) polyethylene glycol 3350, 100 mM MgCl2, and 2.5% Glycerol	分辨率 1.79 Å R-free 0.203
8FE9 Crystal structure of Ack1 kinase K161Q mutant in complex with the selective inhibitor (R)-9b 提交 2022-12-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–391（282 aa）	突变：K161Q	WTP 5-chloro-N~2~-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-N~4~-{[(2R)-oxolan-2-yl]methyl}pyrimidine-2,4-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.05 M Bis-Tris (pH 5.8), 19% PEG3350, 0.3 M MgCl2, 2.5% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.228
8FZ3 Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form 提交 2023-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 958–1038（81 aa）	突变：R45S, V77E	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2	分辨率 2.78 Å R-free 0.267
8FZ3 Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form 提交 2023-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 958–1038（81 aa）	突变：R45S, V77E	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2	分辨率 2.78 Å R-free 0.267
8FZ3 Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form 提交 2023-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 958–1038（81 aa）	突变：R45S, V77E	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2	分辨率 2.78 Å R-free 0.267
8FZ3 Sterile Alpha Motif of Human Translocation ETS Leukemia, Non-Polymer Crystal Form 提交 2023-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 958–1038（81 aa）	突变：R45S, V77E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；1.4 M Sodium phosphate monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 8.2	分辨率 2.78 Å R-free 0.267
8HMT The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 提交 2022-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 117–389（273 aa）	未记录	LWX 6-(2-bromophenyl)-2-[[3-methyl-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]-8-[[(2S)-oxolan-2-yl]methyl]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 4000, 0.2M Bis-Tris ph 6.4	分辨率 3.17 Å R-free 0.264
8HMT The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 提交 2022-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 117–389（273 aa）	未记录	LWX 6-(2-bromophenyl)-2-[[3-methyl-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]-8-[[(2S)-oxolan-2-yl]methyl]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 4000, 0.2M Bis-Tris ph 6.4	分辨率 3.17 Å R-free 0.264
8HMT The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 提交 2022-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 117–389（273 aa）	未记录	LWX 6-(2-bromophenyl)-2-[[3-methyl-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]-8-[[(2S)-oxolan-2-yl]methyl]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 4000, 0.2M Bis-Tris ph 6.4	分辨率 3.17 Å R-free 0.264
8HMT The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 提交 2022-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 117–389（273 aa）	未记录	LWX 6-(2-bromophenyl)-2-[[3-methyl-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]-8-[[(2S)-oxolan-2-yl]methyl]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 4000, 0.2M Bis-Tris ph 6.4	分辨率 3.17 Å R-free 0.264
8Q5P Structure of the lysine methyltransferase SETD2 in complex with a peptide derived from human tyrosine kinase ACK1 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 508–519（12 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M TRIS pH 8.5, 16%w/v PEG 10000	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
8THA 1TEL, non-compressed, double-helical crystal form 提交 2023-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 954–1038（85 aa）	突变：V112E,R80S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.5 M Bis-Tris, 0.35 M Mg-Formate, 5 mg/mL protein	分辨率 1.68 Å R-free 0.215

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 117–392 作者链 B； PDB构建体 1–276； UniProt 117–392

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3eqp
沉积日期 deposition_date	2008-10-01
结构标题 title	Crystal Structure of Ack1 with compound T95
关键词 keywords	;ack1, Alternative splicing, ATP-binding, Cell membrane, Kinase, Magnesium, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Polymorphism, SH3 domain, Transferase, Tyrosine-protein kinase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.45 Å
零角强度 I(0) i0	63701300.00
分子量 molecular_weight	62655.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78649 Å³
包络体积 envelope_volume	96716 Å³
水化壳体积 shell_volume	30497 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.5 Å
壳层 Rg shell_rg	33.77 Å
包络 Rg envelope_rg	26.30 Å
形状 Rg shape_rg	26.43 Å
总 Rg total_rg	27.29 Å
总原子数 total_atoms	4408
残基数 n_residues	538
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9116
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.578
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.951

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Activated CDC42 kinase 1
分子量 formula_weight	31538.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	4580

LTCLIGEKDLRLLEKLGDGSFGVVRRGEWDAPSGKTVSVAVKCLKPDVLSQPEAMDDFIREVNAMHSLDHRNLIRLYGVVLTPPMKMVTELAPLGSLLDRLRKHQGHFLLGTLSRYAVQVAEGMGYLESKRFIHRDLAARNLLLATRDLVKIGDFGLMRALPQNDDHYVMQEHRKVPFAWCAPESLKTRTFSHASDTWMFGVTLWEMFTYGQEPWIGLNGSQILHKIDKEGERLPRPEDCPQDIYNVMVQCWAHKPEDRPTFVALRDFLLEAQPTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cells

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(2,6-dimethylphenyl)-4-(2-ethoxyphenoxy)-2-({4-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]phenyl}amino)pyrimidine-5-carboxamide
分子量 formula_weight	582.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	172

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3eqpa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d3eqpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3eqpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3eqpA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3eqpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3eqpB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.996 Å
晶胞边长 b length_b	43.114 Å
晶胞边长 c length_c	92.848 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	60.860 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2840

fit	/app/data/saxs_computation/eq/3eqp/3eqp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/3eqp/3eqp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/3eqp/3eqp.dat