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3etj

Crystal structure E. coli Purk in complex with Mg, ADP, and Pi

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase ATPase subunit

Escherichia coli

UniProt P09029

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–355 链 B； UniProt 1–355 突变：E61Q, Q205R ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 PI HYDROGENPHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；monomethylether poly(ethylene glycol) 5000, MgATP, 5-aminoimidazole ribonucleotide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.60 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ETJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B6R N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE FROM E. COLI 提交 1999-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；100MM HEPPS, PH 7.8 0.575 M AMMONIUM SULFATE
分辨率 2.10 Å
1B6S STRUCTURE OF N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE 提交 1999-01-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
链 B 1–355（355 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.50 Å
1B6S STRUCTURE OF N5-CARBOXYAMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE 提交 1999-01-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–355（355 aa）
链 D 1–355（355 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.50 Å
3ETH Crystal structure of E. coli Purk in complex with MgATP 提交 2008-10-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
链 B 1–355（355 aa）
突变：E61Q, Q205R 突变：E61Q, Q205R ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% monomethylether poly(ethylene glycol) 5000, 10 mM MgATP, 10 mM aminopyrazole ribonucleotide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.228

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PURK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 B； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3etj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3etj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3etj
沉积日期 deposition_date2008-10-08
结构标题 titleCrystal structure E. coli Purk in complex with Mg, ADP, and Pi
关键词 keywordsATP-grasp, purine biosynthesis, antimicrobial, ATP-binding, Decarboxylase, Lyase, Nucleotide-binding; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.78 Å
零角强度 I(0) i0102704000.00
分子量 molecular_weight79650.0 kDa
排除体积 excluded_volume99376 ų
包络体积 envelope_volume118190 ų
水化壳体积 shell_volume35197 ų
包络直径 envelope_diameter111.6 Å
壳层 Rg shell_rg35.08 Å
包络 Rg envelope_rg29.14 Å
形状 Rg shape_rg28.80 Å
总 Rg total_rg29.27 Å
总原子数 total_atoms5606
残基数 n_residues706
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.0 Å
Rg (实空间) rg_real29.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6328
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.0 Å
偏度 Skewness skewness0.611
峰度 Kurtosis kurtosis0.124
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41530000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.584; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.218; Positv: 1.000; Valcen: 0.880; Smooth: 0.938
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3etja1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.1 — BC C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3etja2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.1 — BC N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3etja3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.2 — BC ATP-binding domain-like
结构域编号 domain_idd3etjb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamilyb.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family familyb.84.2.1 — BC C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3etjb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.1 — BC N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3etjb3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.2 — BC ATP-binding domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3etjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id3etjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id3etjA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
结构域编号 domain_id3etjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id3etjB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain
结构域编号 domain_id3etjB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, A domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)