3ex7

The crystal structure of EJC in its transition state

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein mago nashi homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	RNA-binding protein 8A × 1 （Q9Y5S9） Eukaryotic initiation factor 4A-III × 1 （P38919） Protein CASC3 × 1 （O15234） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	RNA-binding protein 8A × 1 （Q9Y5S9） Eukaryotic initiation factor 4A-III × 1 （P38919） Protein CASC3 × 1 （O15234） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MGN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 E； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

RNA-binding protein 8A

Homo sapiens

UniProt Q9Y5S9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Protein mago nashi homolog × 1 （P61326） Eukaryotic initiation factor 4A-III × 1 （P38919） Protein CASC3 × 1 （O15234） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Protein mago nashi homolog × 1 （P61326） Eukaryotic initiation factor 4A-III × 1 （P38919） Protein CASC3 × 1 （O15234） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBM8A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 51–174 作者链 G； PDB构建体 1–124； UniProt 51–174

Eukaryotic initiation factor 4A-III

Homo sapiens

UniProt P38919

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Protein mago nashi homolog × 1 （P61326） RNA-binding protein 8A × 1 （Q9Y5S9） Protein CASC3 × 1 （O15234） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Protein mago nashi homolog × 1 （P61326） RNA-binding protein 8A × 1 （Q9Y5S9） Protein CASC3 × 1 （O15234） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF4A3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–411； UniProt 1–411 作者链 H； PDB构建体 1–411； UniProt 1–411

Protein CASC3

Homo sapiens

UniProt O15234

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Protein mago nashi homolog × 1 （P61326） RNA-binding protein 8A × 1 （Q9Y5S9） Eukaryotic initiation factor 4A-III × 1 （P38919） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Protein mago nashi homolog × 1 （P61326） RNA-binding protein 8A × 1 （Q9Y5S9） Eukaryotic initiation factor 4A-III × 1 （P38919） ;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–146； UniProt 138–283 作者链 I； PDB构建体 1–146； UniProt 138–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ex7
沉积日期 deposition_date	2008-10-16
结构标题 title	The crystal structure of EJC in its transition state
关键词 keywords	;PROTEIN-RNA COMPLEX, mRNA processing, mRNA splicing, mRNA transport, Nonsense-mediated mRNA decay, Nucleus, RNA-binding, Spliceosome, Transport, Alternative splicing, Cytoplasm, Phosphoprotein, Acetylation, ATP-binding, Helicase, Hydrolase, Nucleotide-binding, rRNA processing, Coiled coil, hydrolase-RNA binding protein-RNA COMPLEX ;; hydrolase/RNA binding protein/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ex7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ex7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ex7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.95 Å
Rg（电子密度）	26.95 Å
总 Rg	27.63 Å
原子数	5734
残基数	693
排除体积	101550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ex7__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ex7__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein mago nashi homolog
分子量 formula_weight	17189.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11856

MESDFYLRYYVGHKGKFGHEFLEFEFRPDGKLRYANNSNYKNDVMIRKEAYVHKSVMEELKRIIDDSEITKEDDALWPPPDRVGRQELEIVIGDEHISFTTSKIGSLIDVNQSKDPEGLRVFYYLVQDLKCLVFSLIGLHFKIKPI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-binding protein 8A
分子量 formula_weight	14637.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

REDYDSVEQDGDEPGPQRSVEGWILFVTGVHEEATEEDIHDKFAEYGEIKNIHLNLDRRTGYLKGYTLVEYETYKEAQAAMEGLNGQDLMGQPISVDWCFVRGPPKGKRRGGRRRSRSPDRRRRLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Eukaryotic initiation factor 4A-III
分子量 formula_weight	47173.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MATTATMATSGSARKRLLKEEDMTKVEFETSEEVDVTPTFDTMGLREDLLRGIYAYGFEKPSAIQQRAIKQIIKGRDVIAQSQSGTGKTATFSISVLQCLDIQVRETQALILAPTRELAVQIQKGLLALGDYMNVQCHACIGGTNVGEDIRKLDYGQHVVAGTPGRVFDMIRRRSLRTRAIKMLVLDEADEMLNKGFKEQIYDVYRYLPPATQVVLISATLPHEILEMTNKFMTDPIRILVKRDELTLEGIKQFFVAVEREEWKFDTLCDLYDTLTITQAVIFCNTKRKVDWLTEKMREANFTVSSMHGDMPQKERESIMKEFRSGASRVLISTDVWARGLDVPQVSLIINYDLPNNRELYIHRIGRSGRYGRKGVAINFVKNDDIRILRDIEQYYSTQIDEMPMNVADLILE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein CASC3
分子量 formula_weight	17275.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

TKSTVTGERQSGDGQESTEPVENKVGKKGPKHLDDDEDRKNPAYIPRKGLFFEHDLRGQTQEEEVRPKGRQRKLWKDEGRWEHDKFREDEQAPKSRQELIALYGYDIRSAHNPDDIKPRRIRKPRYGSPPQRDPNWNGERLNKSHR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(UPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1792.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F,J

UUUUUU

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	380

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ex7a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.232 — Mago nashi protein
超家族 Superfamily superfamily	d.232.1 — Mago nashi protein
家族 Family family	d.232.1.1 — Mago nashi protein

结构域编号 domain_id	d3ex7e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.232 — Mago nashi protein
超家族 Superfamily superfamily	d.232.1 — Mago nashi protein
家族 Family family	d.232.1.1 — Mago nashi protein

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3ex7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mago nashi

结构域编号 domain_id	3ex7B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3ex7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3ex7C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3ex7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mago nashi

结构域编号 domain_id	3ex7G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3ex7H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3ex7H02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

▶

晶胞边长 a length_a	182.040 Å
晶胞边长 b length_b	100.750 Å
晶胞边长 c length_c	145.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.301 Å
最低分辨率 resolution_low	39.065 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2510

The crystal structure of EJC in its transition state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein mago nashi homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-binding protein 8A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic initiation factor 4A-III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein CASC3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ex7__assembly_1__model_1

3ex7__assembly_1__model_1 | I(q)

3ex7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)