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3f31

Crystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Tetramerization Domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin alpha chain, brain

Homo sapiens

UniProt Q13813

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–147 链 B； UniProt 1–147 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.280
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–147 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.280
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–147 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3F31 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2FOT Crystal structure of the complex between calmodulin and alphaII-spectrin 提交 2006-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1172–1211（40 aa） 片段：Calmodulin binding domain
突变：L1211R CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；50mM Tris,pH 8.00, 30% PEG 8000, 0.1M ammonium-sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.45 Å R-free 0.269
3FB2 Crystal structure of the human brain alpha spectrin repeats 15 and 16. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5563a. 提交 2008-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1337–1544（208 aa） 片段：Repeats 15 and 16
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, microbatch crystallization under oil, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3FB2 Crystal structure of the human brain alpha spectrin repeats 15 and 16. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5563a. 提交 2008-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1337–1544（208 aa） 片段：Repeats 15 and 16
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, microbatch crystallization under oil, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
5FW9 Human Spectrin SH3 domain D48G, E7Y, K60Y 提交 2016-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 965–1025（61 aa） 片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 965-1025
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å R-free 0.249
5FWB Human Spectrin SH3 domain D48G, E7F, K60F 提交 2016-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 965–1022（58 aa） 片段：SH3, UNP RESIDUES 965-1025
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.236
5FWC Human Spectrin SH3 domain D48G, E7A, K60A 提交 2016-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 965–1022（58 aa） 片段：SH3, RESIDUES 965-1022
突变：YES EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NH4 AMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.40 Å R-free 0.238
6ZEH Structure of PP1-spectrin alpha II chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + spectrin alpha II (1025-1039)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1025–1039（15 aa）
突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M NaI and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5
分辨率 1.30 Å R-free 0.169
6ZEH Structure of PP1-spectrin alpha II chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + spectrin alpha II (1025-1039)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1025–1039（15 aa）
突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M NaI and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5
分辨率 1.30 Å R-free 0.169

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTA2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 B； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3f31

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3f31
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3f31
沉积日期 deposition_date2008-10-30
结构标题 titleCrystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Tetramerization Domain
关键词 keywords;lone helix followed by a triple helical bundle, Actin capping, Actin-binding, Alternative splicing, Calcium, Calmodulin-binding, Cytoplasm, Cytoskeleton, Phosphoprotein, Polymorphism, SH3 domain, SPECTRIN, ACTIN BINDING, STRUCTURAL PROTEIN ;; ACTIN BINDING, STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.37 Å
零角强度 I(0) i019661200.00
分子量 molecular_weight32943.0 kDa
排除体积 excluded_volume41000 ų
包络体积 envelope_volume57014 ų
水化壳体积 shell_volume20115 ų
包络直径 envelope_diameter112.1 Å
壳层 Rg shell_rg30.49 Å
包络 Rg envelope_rg27.41 Å
形状 Rg shape_rg26.33 Å
总 Rg total_rg26.98 Å
总原子数 total_atoms2322
残基数 n_residues277
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.3 Å
Rg (实空间) rg_real26.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1660e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19660000.0000
解质量估计 total_estimate0.6654
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.3 Å
偏度 Skewness skewness0.713
峰度 Kurtosis kurtosis0.179
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2552000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.458; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.277; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3f31a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3f31b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamilya.7.1 — Spectrin repeat
家族 Family familya.7.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3f31A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id3f31B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)