SAXSdb — 3fdt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–75	未记录	H3K9(me)3 peptide × 1 （Q3BDD9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；35% PEG 400, 0.2M Na Cl, 0.1M Tris (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FDT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–173（64 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–173（64 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 110–173（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3I3C Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain 提交 2009-06-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 110–173（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 A 2–191（190 aa）链 C 2–191（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 111–174（64 aa）链 C 111–174（64 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 111–174（64 aa）链 D 111–174（64 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 113–175（63 aa）链 B 113–175（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000	分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 113–175（63 aa）链 D 113–175（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000	分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9CMT The crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 112–176（65 aa）链 B 112–176（65 aa）链 D 112–176（65 aa）链 E 112–176（65 aa）	突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S	F6Z 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-5-CARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 uL protein solution (about 10 mg/ml) and 1 uL reservoir solution containing 0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG2000MME (v/v)	分辨率 3.17 Å R-free 0.286

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–59； UniProt 18–75

H3K9(me)3 peptide

物种未注明

UniProt Q3BDD9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 T； UniProt 2–16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Chromobox protein homolog 5 × 1 （P45973）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；35% PEG 400, 0.2M Na Cl, 0.1M Tris (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FDT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L3R NMR structure of UHRF1 Tandem Tudor Domains in a complex with Histone H3 peptide 提交 2010-09-21	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–12（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1 NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 15N] protein, 0.6 mM [U-100% 13C] protein, 3 mM protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3BDD9_9INSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–15； UniProt 2–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fdt
沉积日期 deposition_date	2008-11-26
结构标题 title	Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 5 (CBX5) with H3K9(me)3 peptide
关键词 keywords	;chromobox homolog5, CBX5, H3K9(me)3 peptide, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Centromere, Nucleus, Phosphoprotein, Chromosomal protein, DNA-binding, Nucleosome core, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.20 Å
零角强度 I(0) i0	1087690.00
分子量 molecular_weight	7016.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8839 Å³
包络体积 envelope_volume	9883 Å³
水化壳体积 shell_volume	7860 Å³
包络直径 envelope_diameter	43.0 Å
壳层 Rg shell_rg	16.36 Å
包络 Rg envelope_rg	11.88 Å
形状 Rg shape_rg	11.15 Å
总 Rg total_rg	12.72 Å
总原子数 total_atoms	495
残基数 n_residues	60
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.6 Å
Rg (实空间) rg_real	12.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2460e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1088000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8493
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	213700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.976

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 5
分子量 formula_weight	7205.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	529

GEEYVVEKVLDRRVVKGQVEYLLKWKGFSEEHNTWEPEKNLDCPELISEFMKKYKKMKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H3K9(me)3 peptide
分子量 formula_weight	1607.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

ARTKQTARKSTGGKA

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3fdtA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.123 Å
晶胞边长 b length_b	73.123 Å
晶胞边长 c length_c	28.413 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	51.710 Å
R 因子 r_factor	0.1993
R_work r_work	0.1966
R_free r_free	0.2574

fit	/app/data/saxs_computation/fd/3fdt/3fdt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fd/3fdt/3fdt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fd/3fdt/3fdt.dat

Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 5 (CBX5) with H3K9(me)3 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H3K9(me)3 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)