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3fkb

Structure of NDPK H122G and tenofovir-diphosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic

Dictyostelium discoideum

UniProt P22887

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 [(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-phosphonooxy-phosphinic acid × 5 MAGNESIUM ION × 6 1,2-ETHANEDIOL × 5 GLYCEROL × 2 [2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYL-TRIPHOSPHATE × 1 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
4c6a

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1b4s 1b99 1bux 1f3f 1f6t 1hhq 1hiy 1hlw 1kdn 1leo 1lwx 1mn7

共 24 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NDKC_DICDI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 B； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 C； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 D； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 E； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fkb
沉积日期 deposition_date2008-12-16
结构标题 titleStructure of NDPK H122G and tenofovir-diphosphate
关键词 keywords;An hexamer structure, ATP-binding, Kinase, Magnesium, Metal-binding, Nucleotide metabolism, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3fkb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3fkb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3fkb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）28.55 Å
Rg（电子密度）27.40 Å
总 Rg28.21 Å
原子数7006
残基数898
排除体积125370 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3fkb__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3fkba_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family familyd.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
结构域编号 domain_idd3fkbb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family familyd.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
结构域编号 domain_idd3fkbc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family familyd.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
结构域编号 domain_idd3fkbd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family familyd.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
结构域编号 domain_idd3fkbe_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family familyd.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
结构域编号 domain_idd3fkbf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family familyd.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3fkbA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain
结构域编号 domain_id3fkbB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain
结构域编号 domain_id3fkbC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain
结构域编号 domain_id3fkbD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain
结构域编号 domain_id3fkbE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain
结构域编号 domain_id3fkbF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain
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7. 引用文献 (1)