SAXSdb — 3fsr

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADP-dependent alcohol dehydrogenase

Clostridium beijerinckii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–152 链 A； UniProt 296–352 链 B； UniProt 1–152 链 B； UniProt 296–352 链 C； UniProt 1–152 链 C； UniProt 296–352 链 D； UniProt 1–152 链 D； UniProt 296–352	未记录	ZN ZINC ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM Cacodylate buffer (pH 6.5)], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FSR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXZ CRYSTAL STRUCTURE OF A THERMOPHILIC ALCOHOL DEHYDROGENASE SUBSTRATE COMPLEX FROM THERMOANAEROBACTER BROCKII 提交 1998-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）片段：NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, CATALYTIC DOMAIN 链 B 1–352（352 aa）片段：NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, CATALYTIC DOMAIN 链 C 1–352（352 aa）片段：NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, CATALYTIC DOMAIN 链 D 1–352（352 aa）片段：NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN, CATALYTIC DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 SBT 2-BUTANOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.99 Å R-free 0.264
1YKF NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM THERMOANAEROBIUM BROCKII 提交 1996-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
2NVB Contribution of Pro275 to the Thermostability of the Alcohol Dehydrogenases (ADHs) 提交 2006-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	突变：P275D 突变：P275D 突变：P275D 突变：P275D	ZN ZINC ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16%(w/v) PEG 4000, 50mM NaCl, 50mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.3	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
2NVB Contribution of Pro275 to the Thermostability of the Alcohol Dehydrogenases (ADHs) 提交 2006-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）	突变：P275D 突变：P275D	ZN ZINC ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16%(w/v) PEG 4000, 50mM NaCl, 50mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.3	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
2NVB Contribution of Pro275 to the Thermostability of the Alcohol Dehydrogenases (ADHs) 提交 2006-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	突变：P275D 突变：P275D	ZN ZINC ION × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；298 K；16%(w/v) PEG 4000, 50mM NaCl, 50mM Tris-HCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.3	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3FPC Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-294 of T. brockii ADH by E. histolytica ADH 提交 2009-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 A 295–352（58 aa）链 B 1–152（152 aa）链 B 295–352（58 aa）链 C 1–152（152 aa）链 C 295–352（58 aa）链 D 1–152（152 aa）链 D 295–352（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 4 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 NO3 NITRATE ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001 ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM Cacodylate buffer (pH 6.5)], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.155
3FPL Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of C. beijerinckii ADH by T. brockii ADH 提交 2009-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 153–295（143 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CAC CACODYLATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；Single crystals of apo-22(CTC) were obtained by the microbatch method under oil at 18 C, using the IMPAX 1-5 robot. The apo-22(CTC) (10mg/mL) was crystallized in a mixture containing 100mM ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, 25mM NaCl, 50mM DTT, 25mM ZnCl2 and 50mM tri-citrate dihydrate (pH sodium 5.6), Microbatch, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.172
3FTN Q165E/S254K Double Mutant Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of T. brockii ADH by C. beijerinckii ADH 提交 2009-01-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 A 296–352（57 aa）链 B 1–152（152 aa）链 B 296–352（57 aa）链 C 1–152（152 aa）链 C 296–352（57 aa）链 D 1–152（152 aa）链 D 296–352（57 aa）	突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8 mg/mL protein, 25 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 0.1 mM DTT, 50 mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 1 microliter of reservoir solution [16% (w/v) PEG8K, 200 mM magnesium acetate tetrahydrate, 100 mM Cacodylate buffer (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.19 Å R-free 0.228
6SDM NADH-dependent variant of TBADH 提交 2019-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；20% w/v PEG 3K, sodium citrate pH 5.5	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7F3P Crystal structure of a nadp-dependent alcohol dehydrogenase mutant in apo form 提交 2021-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	突变：P84S, I86L 突变：P84S, I86L 突变：P84S, I86L 突变：P84S, I86L	ZN ZINC ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG3350, NH4, citrate	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
7UTC Crystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Thermoanaerobacter ethanolicus with NADP and transition-state analogue inhibitor DMSO 提交 2022-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	突变：C295A 突变：C295A 突变：C295A 突变：C295A	ZN ZINC ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.6 M KCl, 12% PEG 3350, 50 mM HEPES-K buffer, pH 7.5	分辨率 1.85 Å R-free 0.227
7UUT Ternary complex crystal structure of secondary alcohol dehydrogenases from the Thermoanaerobacter ethanolicus mutants C295A and I86A provides better understanding of catalytic mechanism 提交 2022-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	突变：I86A 突变：I86A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I86A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I86A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 2RP (2R)-pentan-2-ol × 4 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.6 M KCl, 12% PEG 3350, 50 mM HEPES buffer pH 7.5	分辨率 1.89 Å R-free 0.231
7UX4 Crystallographic snapshots of ternary complexes of thermophilic secondary alcohol dehydrogenase from Thermoanaerobacter pseudoethanolicus reveal the dynamics of ligand exchange and the proton relay network. 提交 2022-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–352（352 aa）链 B 1–352（352 aa）链 C 1–352（352 aa）链 D 1–352（352 aa）	突变：I86A 突变：I86A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I86A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I86A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 8 NWO (1S,3S)-3-methylcyclohexan-1-ol × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.6 M KCl,12% PEG 3350, 50 mM HEPES-K buffer, pH 7.5	分辨率 2.23 Å R-free 0.204
7XL5 Crystal structure of the H42T/A85G/I86A mutant of a nadp-dependent alcohol dehydrogenase 提交 2022-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–352（351 aa）链 B 2–352（351 aa）链 C 2–352（351 aa）链 D 2–352（351 aa）	突变：H42T, A85G, I86A 突变：H42T, A85G, I86A 突变：H42T, A85G, I86A 突变：H42T, A85G, I86A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 15% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.225
7XY9 Cryo-EM structure of secondary alcohol dehydrogenases TbSADH after carrier-free immobilization based on weak intermolecular interactions 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–352（351 aa）链 B 2–352（351 aa）链 C 2–352（351 aa）链 D 2–352（351 aa）	突变：I86N 突变：I86N 突变：I86N 突变：I86N	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.12 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADH_THEBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 A； PDB构建体 296–352； UniProt 296–352 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 B； PDB构建体 296–352； UniProt 296–352 作者链 C； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 C； PDB构建体 296–352； UniProt 296–352 作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 D； PDB构建体 296–352； UniProt 296–352

NADP-dependent alcohol dehydrogenase

Clostridium beijerinckii

UniProt P25984

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 153–295 链 B； UniProt 153–295 链 C； UniProt 153–295 链 D； UniProt 153–295	未记录	ZN ZINC ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM Cacodylate buffer (pH 6.5)], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FSR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JQB Alcohol Dehydrogenase from Clostridium Beijerinckii: Crystal Structure of Mutant with Enhanced Thermal Stability 提交 2001-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–351（351 aa）链 B 1–351（351 aa）链 C 1–351（351 aa）链 D 1–351（351 aa）	突变：Q165E,M304R,V224E,S254K 突变：Q165E,M304R,V224E,S254K 突变：Q165E,M304R,V224E,S254K 突变：Q165E,M304R,V224E,S254K	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；292 K；PEG 4000, Tris-Cl, NaCl, NADP, ZnCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K	分辨率 1.97 Å R-free 0.247
1KEV STRUCTURE OF NADP-DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE 提交 1996-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–351（351 aa）链 B 1–351（351 aa）链 C 1–351（351 aa）链 D 1–351（351 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；SEE REFERENCE 1, pH 8.2	分辨率 2.05 Å R-free 0.259
1PED BACTERIAL SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE (APO-FORM) 提交 1995-12-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–351（351 aa）链 B 1–351（351 aa）链 C 1–351（351 aa）链 D 1–351（351 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCE 1., pH 7.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.258
2B83 A single amino acid substitution in the Clostridium beijerinckii alcohol dehydrogenase is critical for thermostabilization 提交 2005-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–351（351 aa）链 B 1–351（351 aa）链 C 1–351（351 aa）链 D 1–351（351 aa）	突变：Q100P 突变：Q100P 突变：Q100P 突变：Q100P	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6；298 K；5% PEG 100; 30% PEG600; 10% Glycerol; MES 0.1M, Microbatch, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.230
3FPL Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of C. beijerinckii ADH by T. brockii ADH 提交 2009-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 A 296–351（56 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CAC CACODYLATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；Single crystals of apo-22(CTC) were obtained by the microbatch method under oil at 18 C, using the IMPAX 1-5 robot. The apo-22(CTC) (10mg/mL) was crystallized in a mixture containing 100mM ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, 25mM NaCl, 50mM DTT, 25mM ZnCl2 and 50mM tri-citrate dihydrate (pH sodium 5.6), Microbatch, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.172
3FTN Q165E/S254K Double Mutant Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of T. brockii ADH by C. beijerinckii ADH 提交 2009-01-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 153–295（143 aa）链 B 153–295（143 aa）链 C 153–295（143 aa）链 D 153–295（143 aa）	突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K 突变：Q165E, S254K	ZN ZINC ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8 mg/mL protein, 25 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 0.1 mM DTT, 50 mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 1 microliter of reservoir solution [16% (w/v) PEG8K, 200 mM magnesium acetate tetrahydrate, 100 mM Cacodylate buffer (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.19 Å R-free 0.228
6SCH NADH-dependent variant of CBADH 提交 2019-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–351（351 aa）链 B 1–351（351 aa）链 C 1–351（351 aa）链 D 1–351（351 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 8 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；900 mM sodium citrate, 100 mM imidazole pH 8	分辨率 2.20 Å R-free 0.208

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADH_CLOBE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 153–295； UniProt 153–295 作者链 B； PDB构建体 153–295； UniProt 153–295 作者链 C； PDB构建体 153–295； UniProt 153–295 作者链 D； PDB构建体 153–295； UniProt 153–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fsr
沉积日期 deposition_date	2009-01-11
结构标题 title	Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of T. brockii ADH by C. beijerinckii ADH
关键词 keywords	oxydoreductase, bacterial alcohol dehydrogenase, domain exchange, chimera, Metal-binding, NADP, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.13 Å
零角强度 I(0) i0	344213000.00
分子量 molecular_weight	151790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191130 Å³
包络体积 envelope_volume	225740 Å³
水化壳体积 shell_volume	55824 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.07 Å
包络 Rg envelope_rg	32.06 Å
形状 Rg shape_rg	32.17 Å
总 Rg total_rg	32.64 Å
总原子数 total_atoms	10619
残基数 n_residues	1408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	344200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9011
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.094
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	164200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.860

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADP-dependent alcohol dehydrogenase
分子量 formula_weight	37811.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11701

MKGFAMLSIGKVGWIEKEKPAPGPFDAIVRPLAVAPCTSDIHTVFEGAIGERHNMILGHEAVGEVVEVGSEVKDFKPGDRVVVPAITPDWRTSEVQRGYHQHSGGMLAGWKFSNVKDGVFGEFFHVNDADMNLAHLPKEIPLEAAVMIPDMMTTGFHGAELADIQMGSSVVVIGIGAVGLMGIAGAKLRGAGRIIGVGSRPICVEAAKFYGATDILNYKNGHIVDQVMKLTNGKGVDRVIMAGGGSETLSQAVSMVKPGGIISNINYHGSGDALLIPRVEWGCGMAHKTIKGGLCPGGRLRMERLIDLVFYKRVDPSKLVTHVFRGFDNIEKAFMLMKDKPKDLIKPVVILA

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium beijerinckii
通用名 common_name	Thermoanaerobium brockii, Clostridium MP
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1520
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	978

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3fsrA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fsrA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3fsrB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fsrB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3fsrC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fsrC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3fsrD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3fsrD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	79.291 Å
晶胞边长 b length_b	101.427 Å
晶胞边长 c length_c	113.169 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.418 Å
R 因子 r_factor	0.1640
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.2200

fit	/app/data/saxs_computation/fs/3fsr/3fsr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fs/3fsr/3fsr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fs/3fsr/3fsr.dat

Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of T. brockii ADH by C. beijerinckii ADH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADP-dependent alcohol dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NADP-dependent alcohol dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)