SAXSdb — 3fvy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl-peptidase 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–726	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350. 0.2M MgForm, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FVY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3T6B Structure of human DPPIII in complex with the opioid peptide Tynorphin, at 2.4 Angstroms 提交 2011-07-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：E451A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
3T6B Structure of human DPPIII in complex with the opioid peptide Tynorphin, at 2.4 Angstroms 提交 2011-07-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–726（726 aa）	突变：E451A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
3T6J Structure of human DPPIII in complex with the opioid peptide Tynorphin, at 3.0 Angstroms 提交 2011-07-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：E451A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 2.98 Å R-free 0.268
5E2Q Structure of human DPP3 in complex with angiotensin-II 提交 2015-10-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic monohydrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
5E33 Structure of human DPP3 in complex with met-enkephalin 提交 2015-10-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phospahte dibasic, pH- 8.2	分辨率 1.84 Å R-free 0.224
5E3A Structure of human DPP3 in complex with opioid peptide leu-enkephalin 提交 2015-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, 1.344M POTASSIUM PHOSPHATE DIBASIC	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
5E3C Structure of human DPP3 in complex with hemorphin like opioid peptide IVYPW 提交 2015-10-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic	分辨率 2.77 Å R-free 0.253
5EGY Structure of ligand free human DPP3 in closed form. 提交 2015-10-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–726（726 aa）	突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH- 8.2, 293K	分辨率 2.74 Å R-free 0.254
5EHH Structure of human DPP3 in complex with endomorphin-2. 提交 2015-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–726（726 aa）片段：UNP residues 1-726	突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293.15 K；0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M Potassium phosphate dibasic, pH-8.2.	分辨率 2.38 Å R-free 0.237
7OUP Structure of human DPP3 in complex with a hydroxyethylene transition state peptidomimetic 提交 2021-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–737（737 aa）	突变：E451A	ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic monohydrate	分辨率 2.65 Å R-free 0.253

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–728； UniProt 1–726

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fvy
沉积日期 deposition_date	2009-01-16
结构标题 title	Crystal structure of human Dipeptidyl Peptidase III
关键词 keywords	;SGC, DPP3, Dipeptidyl Peptidase III, Aminopeptidase, Hydrolase, Metal-binding, Metalloprotease, Phosphoprotein, Protease, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.17 Å
零角强度 I(0) i0	99126200.00
分子量 molecular_weight	79773.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100240 Å³
包络体积 envelope_volume	121990 Å³
水化壳体积 shell_volume	35784 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.86 Å
包络 Rg envelope_rg	27.90 Å
形状 Rg shape_rg	28.17 Å
总 Rg total_rg	28.90 Å
总原子数 total_atoms	5638
残基数 n_residues	718
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	99130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7238
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.216
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.474
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.218; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl-peptidase 3
分子量 formula_weight	81773.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6247

GAMADTQYILPNDIGVSSLDCREAFRLLSPTERLYAYHLSRAAWYGGLAVLLQTSPEAPYIYALLSRLFRAQDPDQLHQHALAEGLTEEEYQAFLVYAAGVYSNMGNYKSFGDTKFVPNLPKEKLERVILGSEAAQQHPEEVRGLWQTCGELMFSLEPRLRHLGLGKEGITTYFSGNCTMEDAKLAQDFLDSQNLSAYNTRLFKEVDGEGKPYYEVRLASVLGSEPSLDSEVTSKLKSYEFRGSPFQVTRGDYAPILQKVVEQLEKAKAYAANSHQGQMLAQYIESFTQGSIEAHKRGSRFWIQDKGPIVESYIGFIESYRDPFGSRGEFEGFVAVVNKAMSAKFERLVASAEQLLKELPWPPTFEKDKFLTPDFTSLDVLTFAGSGIPAGINIPNYDDLRQTEGFKNVSLGNVLAVAYATQREKLTFLEEDDKDLYILWKGPSFDVQVGLHELLGHGSGKLFVQDEKGAFNFDQETVINPETGEQIQSWYRSGETWDSKFSTIASSYEECRAESVGLYLCLHPQVLEIFGFEGADAEDVIYVNWLNMVRAGLLALEFYTPEAFNWRQAHMQARFVILRVLLEAGEGLVTITPTTGSDGRPDARVRLDRSKIRSVGKPALERFLRRLQVLKSTGDVAGGRALYEGYATVTDAPPECFLTLRDTVLLRKESRKLIVQPNTRLEGSDVQLLEYEASAAGLIRSFSERFPEDGPELEEILTQLATADARFW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	603

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3fvyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3fvyA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2600 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.812 Å
晶胞边长 b length_b	151.378 Å
晶胞边长 c length_c	53.721 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	75.590 Å
R 因子 r_factor	0.1723
R_work r_work	0.1716
R_free r_free	0.2194

fit	/app/data/saxs_computation/fv/3fvy/3fvy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fv/3fvy/3fvy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fv/3fvy/3fvy.dat

Crystal structure of human Dipeptidyl Peptidase III

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl-peptidase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction