3fx6

X-RAY crystallographic studies on the complex of carboxypeptidase A with the inhibitor using alpha-nitro ketone as the zinc-binding group

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase A1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 111–417 链 C； UniProt 111–417 链 E； UniProt 111–417	未记录	ZN ZINC ION × 3 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 111–417	未记录	ZN ZINC ION × 1 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 111–417	未记录	ZN ZINC ION × 1 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 111–417	未记录	ZN ZINC ION × 1 BPX (2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.15M lithium chloride, 0.02% glutaraldehyde, 0.025M Tris, pH7.5, MICRODIALYSIS, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FX6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ARL CARBOXYPEPTIDASE A WITH ZN REMOVED 提交 1994-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.88 Å
1ARM CARBOXYPEPTIDASE A WITH ZN REPLACED BY HG 提交 1994-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 4 CU COPPER (II) ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.76 Å
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1BAV CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEXED WITH 2-BENZYL-3-IODO-PROPANOIC ACID (BIP) 提交 1996-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BIP 2-BENZYL-3-IODOPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.213
1CBX CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CARBOXYPEPTIDASE A AND THE BIPRODUCT ANALOG INHIBITOR L-BENZYLSUCCINATE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-10-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 BZS L-BENZYLSUCCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CPS STRUCTURAL COMPARISON OF SULFODIIMINE AND SULFONAMIDE INHIBITORS IN THEIR COMPLEXES WITH ZINC ENZYMES 提交 1992-02-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CPM S-(2-CARBOXY-3-PHENYLPROPYL)THIODIIMINE-S-METHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1CPX BETA FORM OF CARBOXYPEPTIDASE A (RESIDUES 3-307) FROM BOVINE PANCREAS IN AN ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM WITH TWO ZINC IONS IN THE ACTIVE SITE. 提交 1998-07-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；CPA FROM SIGMA #C0261 WAS DISSOLVED IN 1.0 M LICL WITH 20 MM TRIS-HCL PH 7.5 TO GIVE 12 MG/ML AND USED WITHOUT FURTHER PURIFICATION. THIS PROTEIN SOLUTION WAS PLACED IN 50 MICROL DIALYSIS BUTTONS FROM HAMPTON RESEARCH AND DIALYZED AGAINST A 2 ML RESERVOIR OF THE ABOVE MENTIONED BUFFER WHILE LOWERING THE EXTERNAL LICL CONCENTRATION BY 25% EVERY OTHER DAY. THE CRYSTALS APPEARED A~0.24 M LICL AND WAS STORED AT 0.30M LICL. IF THIS PROCEDURE DOES NOT WORK BY ITSELF AND YOU END UP WITH THE MONOCLINIC ALPHA-FORM (1-307), YOU CAN TRY TO AD TRACES OF TRYPSIN (~10 MICROG/ML) TO THE PROTEIN SOLUTION TO PROVOKE FORMATION OF THE BETA-FORM (3-307), micro dialysis	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1EE3 Cadmium-substituted bovine pancreatic carboxypeptidase A (alfa-form) at pH 7.5 and 2 mM chloride in monoclinic crystal form 提交 2000-01-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 111–419（309 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；293 K；Lithium Chloride, Tris-HNO3, Cadmium Chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
1ELL CADMIUM-SUBSTITUTED BOVINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDASE A (ALFA-FORM) AT PH 7.5 AND 0.25 M CHLORIDE IN MONOCLINIC CRYSTAL FORM. 提交 2000-03-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 111–419（309 aa）片段：ALFA-FORM	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；293 K；Lithium Chloride, Tris-HNO3, Cadmium Chloride, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 293K	分辨率 1.76 Å R-free 0.178
1ELM CADMIUM-SUBSTITUTED BOVINE PACREATIC CARBOXYPEPTIDASE A (ALFA-FORM) AT PH 5.5 AND 2 MM CHLORIDE IN MONOCLINIC CRYSTAL FORM. 提交 2000-03-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 111–419（309 aa）片段：ALFA-FORM	未记录	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 5.5；293 K；Lithium chloride, Tris-HNO3, Cadmium chloride, pH 5.50, MICRODIALYSIS, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.186
1F57 CARBOXYPEPTIDASE A COMPLEX WITH D-CYSTEINE AT 1.75 A 提交 2000-06-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DCY D-CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 6；291 K；LiCl, MES, pH 6.0, MICRODIALYSIS, temperature 18K	分辨率 1.75 Å R-free 0.164
1HDQ Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with D-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	INF D-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.174
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HDU Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A 提交 2000-11-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ING D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1HEE Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with L-N-hydroxyaminocarbonyl phenylalanine at 2.3 A 提交 2000-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 LHY L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1IY7 Crystal Structure of CPA and sulfamide-based inhibitor complex 提交 2002-07-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CXA PHENYLALANINE-N-SULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.208
1M4L STRUCTURE OF NATIVE CARBOXYPEPTIDASE A AT 1.25 RESOLUTION 提交 2002-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.145
1PYT TERNARY COMPLEX OF PROCARBOXYPEPTIDASE A, PROPROTEINASE E, AND CHYMOTRYPSINOGEN C 提交 1995-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–110（94 aa）链 B 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.283
1YME STRUCTURE OF CARBOXYPEPTIDASE 提交 1996-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.53 Å
1ZLH Crystal structure of the tick carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A 提交 2005-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium cacodylate, 0.2M zinc acetate dihydrate, 7%(w/v) PEG 8000, 10%(w/v) dried dioxan, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.185
2ABZ Crystal structure of C19A/C43A mutant of leech carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A 提交 2005-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 111–419（309 aa）链 B 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.5M Lithium Sulfate monohydrate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.16 Å R-free 0.234
2CTB THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CARBOXYPEPTIDASE A AND L-PHENYL LACTATE 提交 1993-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
2CTC THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CARBOXYPEPTIDASE A AND L-PHENYL LACTATE 提交 1993-04-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HFA ALPHA-HYDROXY-BETA-PHENYL-PROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å
3CPA X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC INVESTIGATION OF SUBSTRATE BINDING TO CARBOXYPEPTIDASE A AT SUBZERO TEMPERATURE 提交 1982-03-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 TYR TYROSINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 THE COMPLEX WAS PREPARED BY DIFFUSION OF GLY-TYR INTO CPA CRYSTALS. THE OCCUPANCY OF THE GLY-TYR IS APPROXIMATELY FORTY PERCENT.	分辨率 2.00 Å
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 111–417（307 aa）片段：residues 1-307 链 C 111–417（307 aa）片段：residues 1-307 链 E 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 3 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 1 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 1 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3FVL Crystallogic studies on the Complex of Carboxypeptidase A with inhibitors using alpha-hydroxy ketone as zinc-binding group 提交 2009-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 111–417（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	ZN ZINC ION × 1 BHK (2R)-2-benzyl-5-hydroxy-4-oxopentanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；277 K；0.02% glutaraldehyde, 0.15M lithium chloride, pH 7.5, temperature 277K, MICRODIALYSIS	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
3KGQ Carboxypeptidase A liganded to an organic small-molecule: conformational changes 提交 2009-10-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–419（309 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 ACN ACETONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；20% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, 0.02M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
4CPA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTATO INHIBITOR COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1982-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
4CPA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTATO INHIBITOR COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1982-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 111–417（307 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
5CPA REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 1.54 ANGSTROMS RESOLUTION. 提交 1982-05-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.54 Å
6CPA CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF CARBOXYPEPTIDASE A WITH A STRONGLY BOUND PHOSPHONATE IN A NEW CRYSTALLINE FORM: COMPARISON WITH STRUCTURES OF OTHER COMPLEXES 提交 1990-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 ZAF O-(((1R)-((N-PHENYLMETHOXYCARBONYL-L-ALANYL)AMINO)ETHYL)HYDROXYPHOSPHONO)-L-BENZYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
7CPA COMPARISON OF THE STRUCTURES OF THREE CARBOXYPEPTIDASE A-PHOSPHONATE COMPLEXES DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 1991-05-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FVF O-((((N-PHENYL-METHOXY-CARBONYL)-PHENYL ALANYL-CARBONYL)AMINO)-ISOBUTYL)HYDROXY PHOSPHINYL)-3-PHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
8CPA COMPARISON OF THE STRUCTURES OF THREE CARBOXYPEPTIDASE A-PHOSPHONATE COMPLEXES DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 1991-05-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–417（307 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AGF O-(((1R)-((N-(PHENYL-METHOXY-CARBONYL)-ALANYL)-AMINO)METHYL)HYDROXYPHOSPHINYL)3-L-PHENYLLACTATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBPA1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–307； UniProt 111–417 作者链 C； PDB构建体 1–307； UniProt 111–417 作者链 E； PDB构建体 1–307； UniProt 111–417

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fx6
沉积日期 deposition_date	2009-01-20
结构标题 title	X-RAY crystallographic studies on the complex of carboxypeptidase A with the inhibitor using alpha-nitro ketone as the zinc-binding group
关键词 keywords	;alpha-nitro ketone, inhibitor, HYDROLASE, Carboxypeptidase, Metal-binding, Metalloprotease, Polymorphism, Protease, Secreted, Zinc, Zymogen ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.91 Å
零角强度 I(0) i0	166974000.00
分子量 molecular_weight	104350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130740 Å³
包络体积 envelope_volume	153540 Å³
水化壳体积 shell_volume	40899 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.42 Å
包络 Rg envelope_rg	30.60 Å
形状 Rg shape_rg	30.89 Å
总 Rg total_rg	31.57 Å
总原子数 total_atoms	7380
残基数 n_residues	921
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	167000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8424
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.696
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carboxypeptidase A1
分子量 formula_weight	34503.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	7924

ARSTNTFNYATYHTLDEIYDFMDLLVAEHPQLVSKLQIGRSYEGRPIYVLKFSTGGSNRPAIWIDLGIHSREWITQATGVWFAKKFTEDYGQDPSFTAILDSMDIFLEIVTNPDGFAFTHSQNRLWRKTRSVTSSSLCVGVDANRNWDAGFGKAGASSSPCSETYHGKYANSEVEVKSIVDFVKDHGNFKAFLSIHSYSQLLLYPYGYTTQSIPDKTELNQVAKSAVEALKSLYGTSYKYGSIITTIYQASGGSIDWSYNQGIKYSFTFELRDTGRYGFLLPASQIIPTAQETWLGVLTIMEHTVNN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-4,4-dihydroxy-5-nitro-2-(phenylmethyl)pentanoic acid
分子量 formula_weight	269.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	544

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3fx6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases

结构域编号 domain_id	d3fx6c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases

结构域编号 domain_id	d3fx6e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3fx6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	3fx6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	3fx6E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.356 Å
晶胞边长 b length_b	59.752 Å
晶胞边长 c length_c	99.514 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.851 Å
最低分辨率 resolution_low	36.370 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/fx/3fx6/3fx6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fx/3fx6/3fx6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fx/3fx6/3fx6.dat