3fxi

Crystal structure of the human TLR4-human MD-2-E.coli LPS Ra complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–631 链 B； UniProt 27–631	片段：extracellular domain, residues 27-631	Lymphocyte antigen 96 × 2 （Q9Y6Y9） ;L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ; × 1 FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 8 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；50mM MgCl2, 0.1M Na-HEPES pH 7.5, 30% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 3.10 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3FXI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Z62 Crystal structure of the TV3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–228（202 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-228(human), VLRB.61, UNP residues 128-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris Propane, 33% PEG 1000, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
2Z63 Crystal structure of the TV8 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–527（501 aa）片段：TLR4, UNP residues 27-527(human), VLRB.61, UNP residues 133-199(Inshore hagfish)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2M Sodium Citrate, 0.1M Bis-Tris Propane, 27% PEG 1000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.298
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–228（202 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–228（202 aa）片段：TV3, UNP residues 27-228(human), E5564, UNP residues 19-158(Inshore hagfish)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2Z66 Crystal structure of the VT3 hybrid of human TLR4 and hagfish VLRB.61 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 383–627（245 aa）片段：VLRB.61, UNP residues 24-82(Inshore hagfish), TLR4, UNP residues 383-228(human)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 24% PEG 4000, pH 5.50, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å R-free 0.219
3UL7 Crystal structure of the TV3 mutant F63W 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–228（201 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris (pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.37 Å R-free 0.271
3UL8 Crystal structure of the TV3 mutant V134L 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–228（202 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：V134L	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3UL9 structure of the TV3 mutant M41E 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–228（201 aa）片段：UNP RESIDUES 28-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：M41E	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUL beta-L-fucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；0.1M Bis-Tris(pH5.5), 36% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.45 Å R-free 0.306
3ULA Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–228（202 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
3ULA Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–228（202 aa）片段：UNP RESIDUES 27-228, UNP RESIDUES 126-199	突变：F63W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
4G8A Crystal structure of human TLR4 polymorphic variant D299G and T399I in complex with MD-2 and LPS 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–629（607 aa）片段：UNP RESIDUES 23-629 链 B 23–629（607 aa）片段：UNP RESIDUES 23-629	突变：D299G, T399I 突变：D299G, T399I	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 KDO 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；26-30% (w/v) PEG1000, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
5NAM NMR structure of TLR4 transmembrane domain (624-670) in DMPG/DHPC bicelles 提交 2017-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 623–670（48 aa）片段：UNP residues 623-670	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] TLR4-TM, 71 mM DHPC, 29 mM DMPG, 10 mM imidazole, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] TLR4-TM, 71 mM DHPC, 29 mM DMPC, 10 mM imidazole, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] TLR4-TM, 50 mM [U-2H] DPC, 10 mM imidazole, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5NAO NMR structure of TLR4 transmembrane domain (624-657) in DPC micelles 提交 2017-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 623–657（35 aa）片段：UNP residues 623-657	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TLR4-TM, 100 mM [U-99% 2H] DPC, 20 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8WO1 Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM5 Complex 提交 2023-10-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）链 B 27–631（605 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6N [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate × 2 A1L01 (3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.24 Å
8WTA Cryo-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM3 Complex 提交 2023-10-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）链 B 27–631（605 aa）	未记录	GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 XIQ 2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,6-bis(oxidanyl)pyran-4-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9J03 Cyro-EM Structure of Human TLR4/MD-2/DLAM1 Complex 提交 2024-08-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–631（605 aa）链 B 27–631（605 aa）	未记录	2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 X6Z [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-methoxy-3,4,6-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TLR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–605； UniProt 27–631 作者链 B； PDB构建体 1–605； UniProt 27–631

Lymphocyte antigen 96

Homo sapiens

UniProt Q9Y6Y9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 6 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 19–160 链 D； UniProt 19–160	未记录	Toll-like receptor 4 × 2 （O00206） ;L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ; × 1 FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 8 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；278 K；50mM MgCl2, 0.1M Na-HEPES pH 7.5, 30% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 3.10 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3FXI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2E56 Crystal structure of human MD-2 提交 2006-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MYR MYRISTIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；20% PEG8000, 120mM Na-acetate,70mM Na-cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2E59 Crystal structure of human MD-2 in complex with lipid IVa 提交 2006-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；15% PEG3350, 40mM Na-citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.21 Å R-free 0.263
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 19–158（140 aa）	未记录	E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2Z65 Crystal structure of the human TLR4 TV3 hybrid-MD-2-Eritoran complex 提交 2007-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–158（140 aa）	未记录	E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20% PEG 4000, 5% Ethanol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.289
3ULA Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–158（140 aa）片段：UNP RESIDUES 19-158	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
3ULA Crystal structure of the TV3 mutant F63W-MD-2-Eritoran complex 提交 2011-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–158（140 aa）片段：UNP RESIDUES 19-158	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 E55 3-O-DECYL-2-DEOXY-6-O-{2-DEOXY-3-O-[(3R)-3-METHOXYDECYL]-6-O-METHYL-2-[(11Z)-OCTADEC-11-ENOYLAMINO]-4-O-PHOSPHONO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL}-2-[(3-OXOTETRADECANOYL)AMINO]-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；296 K；0.1M sodium acetate (pH4.5), 22% w/v PEG 8000, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K	分辨率 3.60 Å R-free 0.341
4G8A Crystal structure of human TLR4 polymorphic variant D299G and T399I in complex with MD-2 and LPS 提交 2012-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 17–160（144 aa）链 D 17–160（144 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 KDO 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；26-30% (w/v) PEG1000, 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.249

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LY96_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–142； UniProt 19–160 作者链 D； PDB构建体 1–142； UniProt 19–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3fxi
沉积日期 deposition_date	2009-01-21
结构标题 title	Crystal structure of the human TLR4-human MD-2-E.coli LPS Ra complex
关键词 keywords	;Leucine Rich Repeat, Glycoprotein, Immune response, Inflammatory response, Innate immunity, Membrane, Receptor, Transmembrane, Secreted, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.23 Å
零角强度 I(0) i0	448452000.00
分子量 molecular_weight	178070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	224910 Å³
包络体积 envelope_volume	299390 Å³
水化壳体积 shell_volume	62765 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.15 Å
包络 Rg envelope_rg	39.86 Å
形状 Rg shape_rg	40.24 Å
总 Rg total_rg	40.45 Å
总原子数 total_atoms	12498
残基数 n_residues	1482
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.6 Å
Rg (实空间) rg_real	40.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	448400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8603
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.424
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.072
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.611

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 4
分子量 formula_weight	68838.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12500

EPCVEVVPNITYQCMELNFYKIPDNLPFSTKNLDLSFNPLRHLGSYSFFSFPELQVLDLSRCEIQTIEDGAYQSLSHLSTLILTGNPIQSLALGAFSGLSSLQKLVAVETNLASLENFPIGHLKTLKELNVAHNLIQSFKLPEYFSNLTNLEHLDLSSNKIQSIYCTDLRVLHQMPLLNLSLDLSLNPMNFIQPGAFKEIRLHKLTLRNNFDSLNVMKTCIQGLAGLEVHRLVLGEFRNEGNLEKFDKSALEGLCNLTIEEFRLAYLDYYLDDIIDLFNCLTNVSSFSLVSVTIERVKDFSYNFGWQHLELVNCKFGQFPTLKLKSLKRLTFTSNKGGNAFSEVDLPSLEFLDLSRNGLSFKGCCSQSDFGTTSLKYLDLSFNGVITMSSNFLGLEQLEHLDFQHSNLKQMSEFSVFLSLRNLIYLDISHTHTRVAFNGIFNGLSSLEVLKMAGNSFQENFLPDIFTELRNLTFLDLSQCQLEQLSPTAFNSLSSLQVLNMSHNNFFSLDTFPYKCLNSLQVLDYSLNHIMTSKKQELQHFPSSLAFLNLTQNDFACTCEHQSFLQWIKDQRQLLVEVERMECATPSDKQGMPVLSLNITCQMNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lymphocyte antigen 96
分子量 formula_weight	16385.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

QKQYWVCNSSDASISYTYCDKMQYPISINVNPCIELKGSKGLLHIFYIPRRDLKQLYFNLYITVNTMNLPKRKEVICRGSDDDYSFCRALKGETVNTTISFSFKGIKFSKGKYKCVVEAISGSPEEMLFCLEFVILHQPNSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1357.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-7)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1357.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID
分子量 formula_weight	244.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3fxiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3fxiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3fxiC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

结构域编号 domain_id	3fxiD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.160 Å
晶胞边长 b length_b	103.500 Å
晶胞边长 c length_c	251.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	47.870 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/fx/3fxi/3fxi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fx/3fxi/3fxi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fx/3fxi/3fxi.dat

Crystal structure of the human TLR4-human MD-2-E.coli LPS Ra complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lymphocyte antigen 96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)