3g2t

VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–147	片段：VHS Domain (N-terminal domain)	Phosphorylated C-terminal fragment of Sortilin-related receptor × 1 （Q92673） IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–147	片段：VHS Domain (N-terminal domain)	Phosphorylated C-terminal fragment of Sortilin-related receptor × 1 （Q92673） IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3G2T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J2J Crystal structure of GGA1 GAT N-terminal region in complex with ARF1 GTP form 提交 2003-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 166–210（45 aa）片段：GAT N-terminal region	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, KI, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
1JWF Crystal Structure of human GGA1 VHS domain. 提交 2001-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS DOMAIN(N-terminal domain)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, potassium dihydrogen phosphate, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS DOMAIN(N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS DOMAIN(N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1NA8 Crystal structure of ADP-ribosylation factor binding protein GGA1 提交 2002-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5 链 B 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；sodium citrate, ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1NAF Crystal structure of the human GGA1 GAT domain 提交 2002-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 165–314（150 aa）片段：GAT domain, Residues 165-314 of SWS Q9UJY5	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；289 K；sodium acetate, lithium sulphate, NaH2PO4/K2HPO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1NWM GAT domain of human GGA1 提交 2003-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 166–302（137 aa）片段：GAT domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298.15 K；polyethylene glycol 4000, iso-propanol, sodium citrate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
1O3X Crystal structure of human GGA1 GAT domain 提交 2003-05-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 166–305（140 aa）片段：Gat domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, PEG6000, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.290
1OM9 Structure of the GGA1-appendage in complex with the p56 binding peptide 提交 2003-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；100 mM sodium citrate, 100 mM MgCl2 and 35% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1OM9 Structure of the GGA1-appendage in complex with the p56 binding peptide 提交 2003-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；100 mM sodium citrate, 100 mM MgCl2 and 35% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1OM9 Structure of the GGA1-appendage in complex with the p56 binding peptide 提交 2003-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5 链 B 494–639（146 aa）片段：appendage domain, Residues 494-639 of SWS Q9UJY5	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；100 mM sodium citrate, 100 mM MgCl2 and 35% PEG 400, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1OXZ Crystal Structure of the Human GGA1 GAT domain 提交 2003-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 141–326（186 aa）片段：GAT domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；lithium sulfate, MES, ethylene glycol , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1PY1 Complex of GGA1-VHS domain and beta-secretase C-terminal phosphopeptide 提交 2003-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157) 链 B 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1PY1 Complex of GGA1-VHS domain and beta-secretase C-terminal phosphopeptide 提交 2003-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157) 链 D 2–157（156 aa）片段：VHS Domain (Residues 2-157)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；PEG 3350, AMMONIUM SULFATE, CACODYLATE, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1UJJ VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal peptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；293 K；PEG 5000MME, di-Ammonium hydrogen phosphate, Tris-HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.295
1UJJ VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal peptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；293 K；PEG 5000MME, di-Ammonium hydrogen phosphate, Tris-HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.295
1UJK VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal phosphopeptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG5000MME, Ammonium Iodide, 1,6-hexanediol, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1UJK VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal phosphopeptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG5000MME, Ammonium Iodide, 1,6-hexanediol, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1UJK VHS domain of human GGA1 complexed with C-terminal phosphopeptide from BACE 提交 2003-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain 链 B 1–147（147 aa）片段：VHS domain, N-terminal domain	未记录	IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG5000MME, Ammonium Iodide, 1,6-hexanediol, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1X79 Crystal structure of human GGA1 GAT domain complexed with the GAT-binding domain of Rabaptin5 提交 2004-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 210–302（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；AMMONIUM SULFATE, TRIS, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.283
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 P 376–388（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 Q 376–388（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWX Co-crystal Structure Analysis of GGA1-GAE with the WNSF motif 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.287
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 D 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
2DWY Crystal Structure Analysis of GGA1-GAE 提交 2006-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639 链 B 507–639（133 aa）片段：GAE DOMAIN, RESIDUES 507-639	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, DI-AMMONIUM TARTRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain)	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3G2W VHS Domain of human GGA1 complexed with a DXXLL hinge peptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain) 链 C 351–364（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3G2W VHS Domain of human GGA1 complexed with a DXXLL hinge peptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–147（147 aa）片段：VHS Domain (N-terminal domain) 链 D 351–364（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.259

共 19 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147 作者链 B； PDB构建体 3–149； UniProt 1–147

Phosphorylated C-terminal fragment of Sortilin-related receptor

物种未注明

UniProt Q92673

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2202–2214	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1 × 1 （Q9UJY5） IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 2202–2214	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1 × 1 （Q9UJY5） IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；18%(w/v) PEG 5000 MME, 0.2M NH4I, 0.1M TRIS-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3G2T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DM4 Solution structure of the second fn3 domain of human sorLA/LR11 提交 2006-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1651–1745（95 aa）片段：FN3	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.18mM uniformly 13C and 15N labeled protein; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2202–2214（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3G2S VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2202–2214（13 aa）	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3WSX SorLA Vps10p domain in ligand-free form 提交 2014-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–753（725 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 29-753	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M Sodium Acetate, 1.2M Sodium dihydrogen phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
3WSY SorLA Vps10p domain in complex with its own propeptide fragment 提交 2014-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–753（668 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 86-753 链 C 42–56（15 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Cacodylate, 1.2M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.11 Å R-free 0.232
3WSZ SorLA Vps10p domain in complex with Abeta-derived peptide 提交 2014-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 86–753（668 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 86-753	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；0.1M Tris, 1.41M Sodium Acetate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.296
7VT0 Dimer structure of SORLA 提交 2021-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 89–752（664 aa）链 B 89–752（664 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.40 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SORL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 2202–2214 作者链 D； PDB构建体 1–13； UniProt 2202–2214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3g2t
沉积日期 deposition_date	2009-02-01
结构标题 title	VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide
关键词 keywords	ADP-ribosylation factor binding protein GGA1, VHS, acidic-cluster dileucine signal, SorLA, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.45 Å
零角强度 I(0) i0	22454500.00
分子量 molecular_weight	34935.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43067 Å³
包络体积 envelope_volume	50165 Å³
水化壳体积 shell_volume	21388 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.9 Å
壳层 Rg shell_rg	25.83 Å
包络 Rg envelope_rg	19.49 Å
形状 Rg shape_rg	19.42 Å
总 Rg total_rg	20.36 Å
总原子数 total_atoms	2389
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9079
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.157
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4251000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.969

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1
分子量 formula_weight	16958.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2667

GSMEPAMEPETLEARINRATNPLNKELDWASINGFCEQLNEDFEGPPLATRLLAHKIQSPQEWEAIQALTVLETCMKSCGKRFHDEVGKFRFLNELIKVVSPKYLGSRTSEKVKNKILELLYSWTVGLPEEVKIAEAYQMLKKQGIVKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phosphorylated C-terminal fragment of Sortilin-related receptor
分子量 formula_weight	1444.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ITGFSDDVPMVIA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	278

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3g2ta_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d3g2tb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3g2tA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	3g2tB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	55.800 Å
晶胞边长 b length_b	68.300 Å
晶胞边长 c length_c	100.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.502 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/g2/3g2t/3g2t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g2/3g2t/3g2t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g2/3g2t/3g2t.dat

VHS Domain of human GGA1 complexed with SorLA C-terminal Phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-binding protein GGA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphorylated C-terminal fragment of Sortilin-related receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)