SAXSdb — 3g3u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar transporter chaperone 4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 189–480	片段：UNP residues 189-480	POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.07 Å R-free 0.241
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 189–480	片段：UNP residues 189-480	POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10 % Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.07 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3G3U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 14 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.64 Å R-free 0.250
3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 15 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.64 Å R-free 0.250
3G3Q Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with a phosphate polymer 提交 2009-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480 链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 29 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；22% PEG 3350, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.64 Å R-free 0.250
3G3R Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with AppNHp-Mn2+ 提交 2009-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10% Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3G3R Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with AppNHp-Mn2+ 提交 2009-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；15% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, 10% Jeffamine M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3G3T Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with orthophosphate 提交 2009-02-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–480（292 aa）片段：UNP residues 189-480	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；1 M Na+/K+ phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.235
5IIG Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form A). 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–480（479 aa）片段：SPX domain, UNP residues 2-480	突变：E426N	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES, 1.5M Li2SO4	分辨率 2.99 Å R-free 0.273
5IIQ Structure of the SPX-TTM domain fragment of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 (form B). 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–480（479 aa）片段：SPX domain- TTM domain, UNP residues 2-480	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M HEPES, 1.5M AmSO4, 4% PEG 1000	分辨率 3.03 Å R-free 0.262
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–178（178 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–178（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–178（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302
7YTJ Cryo-EM structure of VTC complex 提交 2022-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 2–721（720 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8I6V Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1) 提交 2023-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–721（721 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
9UMG Cryo-EM structure of VTC complex(Vtc5/Vtc4/Vtc3/Vtc1) 提交 2025-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 196–721（526 aa）	突变：R264A,R266A,E426A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；150mM NaCl, 25mM Tris-HCL, 0.0002m/v GDN, 1mM IP6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTC4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–295； UniProt 189–480 作者链 B； PDB构建体 4–295； UniProt 189–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3g3u
沉积日期 deposition_date	2009-02-02
结构标题 title	Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate
关键词 keywords	;polyphosphate polymerase, polyphosphate kinase, VTC complex, vacuolar transporter chaperone, tunnel enzyme, Membrane, Phosphoprotein, Transmembrane, Vacuole, BIOSYNTHETIC PROTEIN ;; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.51 Å
零角强度 I(0) i0	77575800.00
分子量 molecular_weight	67841.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84583 Å³
包络体积 envelope_volume	109410 Å³
水化壳体积 shell_volume	33371 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.64 Å
包络 Rg envelope_rg	26.93 Å
形状 Rg shape_rg	27.53 Å
总 Rg total_rg	28.21 Å
总原子数 total_atoms	4773
残基数 n_residues	571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9031
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.543
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.891

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar transporter chaperone 4
分子量 formula_weight	34773.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5183

GAMGKQQNFVRQTTKYWVHPDNITELKLIILKHLPVLVFNTNKEFEREDSAITSIYFDNENLDLYYGRLRKDEGAEAHRLRWYGGMSTDTIFVERKTHREDWTGEKSVKARFALKERHVNDFLKGKYTVDQVFAKMRKEGKKPMNEIENLEALASEIQYVMLKKKLRPVVRSFYNRTAFQLPGDARVRISLDTELTMVREDNFDGVDRTHKNWRRTDIGVDWPFKQLDDKDICRFPYAVLEVKLQTQLGQEPPEWVRELVGSHLVEPVPKFSKFIHGVATLLNDKVDSIPFWLPQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	380

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3g3uA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — VTC, catalytic tunnel domain

结构域编号 domain_id	3g3uB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — VTC, catalytic tunnel domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.440 Å
晶胞边长 b length_b	100.730 Å
晶胞边长 c length_c	102.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	19.768 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2412

fit	/app/data/saxs_computation/g3/3g3u/3g3u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/3g3u/3g3u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/3g3u/3g3u.dat

Crystal structure of a eukaryotic polyphosphate polymerase in complex with pyrophosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar transporter chaperone 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction