SAXSdb — 3g6b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-accepting chemotaxis protein

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 41–253 链 B； UniProt 41–253	突变：N217I	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3G6B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3G67 Crystal Structure of a Soluble Chemoreceptor from Thermotoga maritima 提交 2009-02-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–253（213 aa）链 B 41–253（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.17 Å R-free 0.278
3UR1 The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with a truncated fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima. 提交 2011-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 107–191（85 aa）片段：unp residues 107-191 链 D 107–191（85 aa）片段：unp residues 107-191	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；293 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris, 15% w/v Polyethylene glycol 4,000, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 4.50 Å R-free 0.291
4JPB The structure of a ternary complex between CheA domains P4 and P5 with CheW and with an unzipped fragment of TM14, a chemoreceptor analog from Thermotoga maritima. 提交 2013-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 107–192（86 aa）链 C 107–192（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Cubic shaped crystals (50x50x50 um3) were grown from a mixture of 520 uM Tm14s, 457 uM CheA 354 and 121 uM CheW after 1 month by vapor diffusion from a 2 ul drop (1:1 mixture of protein and reservoir: 500 ul reservoir of 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 15% w/v polyethylene glycol 4,000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.19 Å R-free 0.220

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7DFA3_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–213； UniProt 41–253 作者链 B； PDB构建体 1–213； UniProt 41–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3g6b
沉积日期 deposition_date	2009-02-06
结构标题 title	Crystal structure of a Soluble Chemoreceptor from Thermotoga maritima Asn217Ile mutant
关键词 keywords	four-helix bundle, methyl-accepting chemotaxis protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.37 Å
零角强度 I(0) i0	38190100.00
分子量 molecular_weight	48086.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59895 Å³
包络体积 envelope_volume	80798 Å³
水化壳体积 shell_volume	20007 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.48 Å
包络 Rg envelope_rg	46.65 Å
形状 Rg shape_rg	45.42 Å
总 Rg total_rg	44.49 Å
总原子数 total_atoms	3365
残基数 n_residues	425
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.0 Å
Rg (实空间) rg_real	44.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5886
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.697
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.028; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.007; Smooth: 0.568

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3g6bA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Methyl-accepting chemotaxis protein

结构域编号 domain_id	3g6bB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Methyl-accepting chemotaxis protein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.353 Å
晶胞边长 b length_b	25.698 Å
晶胞边长 c length_c	119.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2590
R_free r_free	0.3050

描述 description	Methyl-accepting chemotaxis protein
分子量 formula_weight	24133.3 kDa
突变 mutation	N217I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3781

Crystal structure of a Soluble Chemoreceptor from Thermotoga maritima Asn217Ile mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-accepting chemotaxis protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	416

fit	/app/data/saxs_computation/g6/3g6b/3g6b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/3g6b/3g6b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/3g6b/3g6b.dat