3gd7

Crystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP (P-ATP)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFTR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–237； UniProt 1193–1427 作者链 B； PDB构建体 3–237； UniProt 1193–1427 作者链 C； PDB构建体 3–237； UniProt 1193–1427 作者链 D； PDB构建体 3–237； UniProt 1193–1427

;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;

Escherichia coli K-12

UniProt P68187

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	单体	蛋白 1	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ; × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MALK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 238–390； UniProt 219–371 作者链 B； PDB构建体 238–390； UniProt 219–371 作者链 C； PDB构建体 238–390； UniProt 219–371 作者链 D； PDB构建体 238–390； UniProt 219–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gd7
沉积日期 deposition_date	2009-02-23
结构标题 title	Crystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP (P-ATP)
关键词 keywords	;CFTR, ABC transporter, nucleotide binding domain, NBD, ATP, P-ATP, N6-Phenylethyl-ATP, ATP-binding, Chloride channel, Ion transport, Ionic channel, Transport, Cell inner membrane, Cell membrane, Hydrolase, Sugar transport ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gd7__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gd7__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gd7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.29 Å
Rg（电子密度）	25.87 Å
总 Rg	26.47 Å
原子数	2946
残基数	377
排除体积	52520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gd7__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gd7__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gd7__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3gd7__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3gd7__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;
分子量 formula_weight	43518.8 kDa
突变 mutation	Q1280E, Y1307N, E1308A, Q1309A, W1310H, H1402A, Q1411D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11834

SLIENSHVKKDDIWPSGGQMTVKDLTAKYTEGGNAILENISFSISPGQRVGLLGRTGSGKSTLLSAFLRLLNTEGEIQIDGVSWDSITLEQWRKAFGVIPQKVFIFSGTFRKNLDPNAAHSDQEIWKVADEVGLRSVIEQFPGKLDFVLVDGGCVLSHGHKQLMCLARSVLSKAKILLLDEPSAHLDPVTYQIIRRTLKQAFADCTVILCEARIEAMLECDQFLVIEENKVRQYDSILELYHYPADRFVAGFIGSPKMNFLPVKVTATAIDQVQVELPMPNRQQVWLPVESRDVQVGANMSLGIRPEHLLPSDIADVILEGEVQVVEQLGNETQIHIQIPSIRQNLVYRQNDVVLVEEGATFAIGLPPERCHLFREDGTACRRLHKEPGV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
通用名 common_name	human,bacteria
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-(2-phenylethyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) ;
分子量 formula_weight	611.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3gd7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3gd7A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	3gd7A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3gd7B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3gd7B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	3gd7B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3gd7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3gd7C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	3gd7C03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3gd7D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3gd7D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	3gd7D03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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晶胞边长 a length_a	137.837 Å
晶胞边长 b length_b	173.725 Å
晶胞边长 c length_c	82.574 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	54.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.3080

Crystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP (P-ATP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gd7__assembly_3__model_1

3gd7__assembly_3__model_1 | I(q)

3gd7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human NBD2 complexed with N6-Phenylethyl-ATP (P-ATP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Fusion complex of Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator, residues 1193-1427 and Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK, residues 219-371 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gd7__assembly_3__model_1

3gd7__assembly_3__model_1 | I(q)

3gd7__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)